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チトクロム酸化酵素結晶の高精度高分解能X線回折強度データ収集システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 18770088
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪大学

研究代表者

山下 栄樹  大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (00294132)

研究期間 (年度) 2006 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2007年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
2006年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
キーワードチトクロム酸化酵素 / 膜蛋白質複合体 / 結晶構造解析 / 放射光
研究概要

チトクロム酸化酵素は呼吸鎖の末端に位置し,チトクロムcから電子を受け取り分子状酸素を水にまで還元するとともに、そのとき得られる自由エネルギーによって、プロトンを膜の内側から外側へと能動輸送を行う膜貫通型膜蛋白質複合体である。このチトクロム酸化酵素のプロトン能動輸送機構を解明するためには、酵素内の水素原子の座標を決定する必要がある。このためには、高分解能高精度のX線回折強度データを収集し、精密な構造を得る必要がある。本研究では、放射光の大強度で平行性の良いX線を利用し、高分解能の回折斑点が得られるチトクロム酸化酵素結晶を効率良く選択できるシステムを構築するとともに、高分解能高精度のX線回折強度データを収集するための測定法の開発を行なった。
平成18年度に本研究で開発しSPring-8生体超分子複合体ビームライン(BL44XU)に導入した1枚のX線回折像から回折斑点のS/Nを計算することにより分解能を見積るソフトウェアを用い、チトクロム酸化酵素の回折撃度測定において入射X線の条件や測定方法の検討を行った結果、入射X線の密度を高くすることが最も効果的で、1.8Å以上の回折強度測定が可能になった。

報告書

(2件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2008 2007 2006

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (11件)

  • [雑誌論文] Structures and physiological roles of 13 integral lipids of bovine heart cytochrome c oxidase2007

    • 著者名/発表者名
      Shinzawa-Itoh K.
    • 雑誌名

      EMBO J. 26

      ページ: 1713-1725

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The.Crystal structure of a Virus-like Particle from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus Provides Insight into the Evolution of Viruses.2007

    • 著者名/発表者名
      Akita F.
    • 雑誌名

      J Mol.Biol. 368

      ページ: 1469-1483

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A histidine residue acting as a controlling site for dioxygen reduction and proton pumping by cytochrome c oxidase2007

    • 著者名/発表者名
      Muramoto K.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A 104

      ページ: 7881-7886

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of the cytochrome b6f complex: quinone analogue inhibi tors as li sands of heme cn2007

    • 著者名/発表者名
      Yamashita E.
    • 雑誌名

      J Mol. Biol. 370

      ページ: 39-52

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] structure of the Complex of the Colicin E2 R-domain and lts BtuB Receptor: THE OUTER MEMBRANE COLICIN TRANSLOCON2007

    • 著者名/発表者名
      Sharma 0.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 282

      ページ: 23163-23170

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ultrafast Optical Pump-Probe studies of the Cytochrome b(6)f Complex in Solution and Crystalline states.2007

    • 著者名/発表者名
      Dashdorj N.
    • 雑誌名

      J.Phys. Cbem. B 111

      ページ: 14405-14410

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The asymmetric IscA homodimer with an exposed [2Fe-2S]cluster suggests the structural basis of the Fe-S cluster biosynthetic scaffold.2006

    • 著者名/発表者名
      Morimoto K., Yamashita E., Kondou Y., Lee S.J., Arisaka F., Tsukihara T., Nakai M.
    • 雑誌名

      JournaL of molecular Biology 360

      ページ: 117-132

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal tructures of the catalytic domain of human stromelysin-1(MMP-3) and collagenase-3 (MMP-13) with a hydroxamic acid inhibitor SM-254532006

    • 著者名/発表者名
      Kohno T., Hochigai H., Yamashita E., Tsukihara T., Kanaoka M.
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications 344

      ページ: 315-322

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures of a multidrug transporter reveal a functionally rotating mechanism2006

    • 著者名/発表者名
      Murakami S., Nakashima R., Yamashita E., Matsumoto T., Yamaguchi A.
    • 雑誌名

      Nature 443

      ページ: 173-179

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal Structure of DsbB-DsbA Complex Revealing a Cysteine Relocation Mechanism2006

    • 著者名/発表者名
      Inaba K., Murakami S., Suzuki M., Nakagawa A., Yamashita E., Okada K., Ito K.
    • 雑誌名

      Cell 127

      ページ: 789-801

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] In Meso Structure of the Cobalamin Transporter, BtuB, at 1.95 A Resolution2006

    • 著者名/発表者名
      Cherezov V., Yamashita E., Liu W., Zhalnina M., Cramer W.A., Caffrey M.
    • 雑誌名

      JournaL of molecular Biology 364

      ページ: 716-734

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [学会発表] SPring-8生体超分子複合体構造解析ビームライン(BL44XU)2008

    • 著者名/発表者名
      吉村政人
    • 学会等名
      第21回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      立命館大学びわこ草津キャンパス
    • 年月日
      2008-01-14
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] SPring-8生体超分子複合体構造解析ビームライン(BL44XU)の現状2008

    • 著者名/発表者名
      山下栄樹
    • 学会等名
      第21回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      立命館大学びわこ草津キャンパス
    • 年月日
      2008-01-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ウシ心筋チトクロム酸化酵素の反応中間体のX線構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      鍋倉 弘行
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ウシ心筋チトクロム酸化酵素のZn阻害部位のX線構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      村本 和優
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 部分還元型ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      谷口 槙
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] シアン化物結合型チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      望月 正雄
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 酸化型ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線構造2007

    • 著者名/発表者名
      青山 浩
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] structure of the Cytochrome b_6f Compex: Quinone Analogue Inhibitors as Ligands of Heme c_n2007

    • 著者名/発表者名
      Yamashita E.
    • 学会等名
      The 8th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Howard International House Taipei, Taiwan R. O. C.
    • 年月日
      2007-09-06
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] The crystal structure of a virus-like particle from hyperthermophillic arcaheon pyrococcus furiosus provide insight into the evolution of viruses2007

    • 著者名/発表者名
      Akita F.
    • 学会等名
      The 8th Conference of the Asian Crystallographic Association
    • 発表場所
      Howard International House Taipei, Taiwan R.0.C.
    • 年月日
      2007-09-05
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌Pyrococcus furiosus由来ウィルス様粒子の自己組織化及び耐熱機構について2007

    • 著者名/発表者名
      秋田総理
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      仙台国際センター
    • 年月日
      2007-05-26
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ラット肝臓由来vaultのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      田中秀明
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京工業大学・大岡山キャンパス
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2006-04-01   更新日: 2016-04-21  

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