複数の遺伝子を用いる系統樹推定の統計的手法開発

• 研究課題/領域番号: 18770216
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 徐 泰健 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任助教 (60401189)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 3,770千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 270千円); 2008年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2007年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円); 2006年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
• キーワード: 分子系統樹 / 距離行列法 / 分子進化 / ブートストラップ確率

研究概要

複数の遺伝子の塩基配列を結合せずに、個別に解析する新しい分子系統樹推定法を開発した。また遺伝子と配列サイトを再抽出する2段階サンプリング方式を提案し、この方法の妥当性を哺乳類の核遺伝子の解析で検証した。新しい方法の適用により、遺伝子ごとに違う進化的特徴を保ちながら系統樹の不確実性を測ることができるようになった。分子進化モデルと分岐年代推定法の開発も並行して行い、哺乳類の分岐年代とミトコンドリアタンパク質コード遺伝子の同義置換・非同義置換の変動パタンを推定した。

研究成果

• [雑誌論文] Classification of nucleotide sequences using Support Vector Machines (2009)
  • 著者名/発表者名: Seo T-K
  • 雑誌名: (submitted)
• [雑誌論文] Statistical comparison of nucleotide-, amino-acid-, and codon-substit ution models for evolutionary analysis of protein-coding sequences (2009)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo and Hirohisa Kishino
  • 雑誌名: Systematic Biology (未定)(in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rates of nucleotide substitution in Cornaceae (Cornales)-correlation between molecular variation and morphological change, Mol (2008)
  • 著者名/発表者名: Xiang, Q-Y, Thorne, J, Seo, T-K, Zhang, W., Thomas, D.,Ricklefs, R
  • 雑誌名: Phylogenet. Evol. 49 ページ: 327-342
• [雑誌論文] Synonymous substitutions substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Seo T-K, Kishino H
  • 雑誌名: Syst. Biol. 57 ページ: 367-377
• [雑誌論文] コドンモデルを用いた分岐年代のベイズ推定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 徐 泰健, 岸野 洋久, Jeffrey L. Thorne
  • 雑誌名: 統計数理 56 ページ: 37-54
  • NAID: 120006019013
• [雑誌論文] 遺伝子型の分子進化と表現型の適応進化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡部 輝明, 徐 泰健, 岸野 洋久
  • 雑誌名: 統計数理 56 ページ: 55-66
  • NAID: 120006019009
• [雑誌論文] Calculating bootstrap probabilities of phylogeny using multilocus sequence data (2008)
  • 著者名/発表者名: Seo T-K
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 25 ページ: 960-971
• [雑誌論文] Calculating Bootstrap Probabilities of Phylogeny Using Multilocus Sequence Data (2008)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 25 ページ: 960-971
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synonymous substitutions substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo and Hirohisa Kishino
  • 雑誌名: Systematic Biology 57 ページ: 367-377
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rates of nucleotide substitution in Cornaceae (Cornales)-correlation between molecular variation and morphological change (2008)
  • 著者名/発表者名: Xiang, Q-Y, Thorne, J, Seo, T-K, Zhang, W., Thomas, D.,Ricklefs, R.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 49 ページ: 327-342
  • 査読あり
• [雑誌論文] コドンモデルを用いた分岐年代のベイズ推定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 徐泰健、岸野洋久、Jeffrey Thorne
  • 雑誌名: 統計数理 56 ページ: 37-54
  • NAID: 120006019013
  • 査読あり
• [雑誌論文] 遺伝子型の分子進化と表現型の適応進化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡部輝明、徐泰健、岸野洋久
  • 雑誌名: 統計数理 56 ページ: 55-66
  • NAID: 120006019009
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synonymous substitutions substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo and Hirohisa Kishino
  • 雑誌名: Systematic Biology (未定)(in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] コドンモデルを用いた分岐年代のベイズ推定 (掲載決定) (2008)
  • 著者名/発表者名: 徐泰健、岸野洋久、Jeffrey Thorne
  • 雑誌名: 統計数理 (未定)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 遺伝子型の分子進化と表現型の適応進化(掲載決定) (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡部輝明、徐泰健、岸野洋久
  • 雑誌名: 統計数理 (未定)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical comparison of nucleotide, amino acid, and codon substitution models for evolutionary analysis of protein-coding sequences
  • 著者名/発表者名: Seo T-K, Kishino H
  • 雑誌名: Syst. Biol. (in press)
• [学会発表] Statistical comparison of nucleotide-, amino-acid-, and codon-substit ution models for evolutionary analysis of protein-coding sequences (2008)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo and Hirohisa Kishino
  • 学会等名: 日本進化学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-08-25
• [学会発表] Statistical comparison of nucleotide-, amino-acid-, and codon-substit ution models for evolutionary analysis of protein-coding sequences (2008)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo and Hirohisa Kishino
  • 学会等名: Annual Meeting of SMBE 2008
  • 発表場所: Barcelona, Spain
  • 年月日: 2008-06-06
• [学会発表] Statistical Comparison of Nucleotide-, Amino-Acid-, and Codon-Substitution Models for Evolutionary Analysis of Protein-Coding Sequences (2008)
  • 著者名/発表者名: Seo, T-K, Kishino, H
  • 学会等名: SMBE meeting
• [学会発表] Statistical Comparison of Nucleotide-, Amino-Acid-, and Codon-Substitution Models for Evolutionary Analysis of Protein-Coding Sequences (2008)
  • 著者名/発表者名: Seo, T-K, Kishino, H
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] Synonymous substitutions substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2007)
  • 著者名/発表者名: 徐泰健
  • 学会等名: 第九回日本進化学会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2007-09-01
• [学会発表] Bayesian Divergence Time Estimation Using Codon Models (2007)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo
  • 学会等名: Annual meeting of the Korean Society of Biological Sciences
  • 発表場所: Seoul, Korea
  • 年月日: 2007-08-17
• [学会発表] Synonymous substitutions substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2007)
  • 著者名/発表者名: Tae-Kun Seo
  • 学会等名: Annual meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution
  • 発表場所: Halifax, Canada
  • 年月日: 2007-06-27
• [学会発表] Synonymous substitution substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2007)
  • 著者名/発表者名: Seo, T-K., Kishino, H
  • 学会等名: SMBE meeting
• [学会発表] Synonymous substitution substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins (2007)
  • 著者名/発表者名: Seo, T-K, Kishino, H
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] Calculating bootstrap probabilities of phylogeny using multilocus sequence data (2006)
  • 著者名/発表者名: Seo, T-K
  • 学会等名: SMBE meeting
• [学会発表] Thorne Estimating absolute rates of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitution in order to characterize natural selection and date species divergences (2006)
  • 著者名/発表者名: Seo T-K, Kishino H. Jeffrey L
  • 学会等名: 日本進化学会