| 研究課題/領域番号 |
18F18386
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 外国 |
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| 審査区分 |
小区分45040:生態学および環境学関連
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| 研究機関 | 沖縄科学技術大学院大学 |
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研究代表者 |
佐瀬 英俊 沖縄科学技術大学院大学, 植物エピジェネティクスユニット, 准教授 (70510006)
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| 研究分担者 |
MIRYEGANEH NODE MATIN 沖縄科学技術大学院大学, 植物エピジェネティクスユニット, 外国人特別研究員
MIRYEGANEH NODEHI MATIN 沖縄科学技術大学院大学, 植物エピジェネティクスユニット, 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2018-11-09 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2020年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2019年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2018年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
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| キーワード | Plant / Epigentics / Environment / Epigenetics / Plants |
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| 研究実績の概要 |
Mangrove communities show high adaptability to harsh coastal condition that makes them a valuable resource and model for studying the molecular mechanisms behind stress tolerance and adaptation to harsh environments. Using a comprehensive analysis of genome-wide gene expression and methylation profiles we investigated if epigenetic variations contribute to help these resistant trees cope with their harsh habitats. We first produced a high-quality reference genome for a representative mangrove species Bruguiera gymnorhiza using the combination of long read sequencing technology (PACBIO) supplemented by the more conventional platforms (Illumina Hi-seq and matepair). We then investigated how methylation variation is distributed among individuals from different habitats in different level of stress, and how this variation is correlated with their morphological differences and gene expression. We also performed RNA-seq analysis and gene expression analyses for the same populations and investigated the association of transcriptome and methylation among these samples. High-quality reference genome sequences built in this project offers new insights into the (epi)genome dynamics of these important plants and provide a basis for future studies, not only in mangrove but also in other tree species.
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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