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生体組織の成長を理解するための新規力学モデルの発展と応用

研究課題

研究課題/領域番号 18H01185
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関東京大学

研究代表者

石原 秀至  東京大学, 大学院総合文化研究科, 准教授 (10401217)

研究分担者 杉村 薫  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50466033)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
12,740千円 (直接経費: 9,800千円、間接経費: 2,940千円)
2020年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2019年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード組織力学 / 個体発生 / 連続体力学 / パターン形成 / 発生生物学 / レオロジー理論 / 固体発生 / 細胞集団協同運動 / 多細胞連続体モデル / 理論生物物理学 / 形態形成 / 統計学的手法
研究成果の概要

(1) 生体組織の連続体モデルの開発をおこなった。このモデルは、細胞形態変化、細胞再配置、細胞分裂・細胞死などが複雑に絡み合う組織の変形を記述できる。さらに、フェーズフィールド法によって、組織全体の形態や二種細胞系を扱えるようにモデルを拡張した。(2) 細胞輪郭が可視化された動画データから細胞や組織の変形をテンソル量で計測する手法を改良し、連続体モデルで提案した関係式の検証を行った。(3) 細胞集団のパターン形成過程を調べた。分子量保存による粗大化、曲面が引き起こすパターン伝播機構について、パターン形成について一般に言える新規な現象を発見した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

分子・細胞の振る舞いから現れる多細胞パターンや多細胞組織の物性を理解することは、個体発生や再生、創傷治癒、免疫応答の統合的理解に重要である。細胞の再配置や分裂など、組織の変形は複雑な過程であり、数理的な記述が確立してはいない。本研究では、細胞の形態自由度を取り入れた連続体モデルによって、細胞分裂による組織成長や二種細胞混合系のモデルを構築した。同時に、動画データから細胞や組織の変形を解析する手法を確立し、理論モデルとの整合性を確認した。さらに、曲面が引き起こすパターン伝播機構の発見など、新規で基本的な知見を得た。これらは今後、多細胞組織の力学モデリング、データ解析に広く活用されると期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2022 2021 2020 2018 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 8件、 招待講演 11件) 図書 (2件)

  • [国際共同研究] Sorbonne University(フランス)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Institut Curie/PSL Research University/Sorbonne Universite,(フランス)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Interfacial-curvature-driven coarsening in mass-conserved reaction-diffusion systems2021

    • 著者名/発表者名
      M. Tateno and S. Ishihara
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 3 号: 2 ページ: 023198-023198

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.3.023198

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 組織変形の定量化手法と多階層連続体モデル2020

    • 著者名/発表者名
      石原秀至
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 60 号: 1 ページ: 037-043

    • DOI

      10.2142/biophys.60.037

    • NAID

      130007790184

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Kalman inversion stress microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      V. Nier, G. Peyret, J. d’Alessandro, S. Ishihara, B. Ladoux, and P. Marcq
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 115 ページ: 1808-1816

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Image-based model construction and parameter estimation for epithelial mechanics.2022

    • 著者名/発表者名
      Goshi Ogita, Takefumi Kondo, Keisuke Ikawa, Tadashi Uemura, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2022 EMERGENCE in Biological Systems: Challenges to Bridging
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 曲率によって駆動されるパターンダイナミクスの弱非線形解析II2022

    • 著者名/発表者名
      西出亮介、石原秀至
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 変形可能なアクティブ粒子集団におけるジャミング現象2022

    • 著者名/発表者名
      斉藤稔,石原秀至
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 接着力を取り入れたアクティブブラウン粒子モデルにおける半凝集相2022

    • 著者名/発表者名
      嶋村壮太,斉藤稔,石原秀至
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年会 国内、口頭発表
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Mechanical control of epithelial morphogenesis.2021

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Sugimura
    • 学会等名
      Mathematical Mechanobiology
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 多細胞組織力学のモデリングとパラメータ推定2021

    • 著者名/発表者名
      杉村薫
    • 学会等名
      2021年日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 上皮組織力学モデルとイメージングデータの統合解析2021

    • 著者名/発表者名
      杉村薫
    • 学会等名
      第94回日本生化学大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 曲率に駆動される進行波パターン2021

    • 著者名/発表者名
      石原秀至
    • 学会等名
      京都大学理学部物理学科談話会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dissecting molecular and physical mechanisms underlying cell rearrangement2021

    • 著者名/発表者名
      Kaoru Sugimura, Keisuke Ikawa, Goshi Ogita, Shuji Ishihara
    • 学会等名
      The 51st NIPS International Symposium, Frontiers in Epithelial Cell Biolog
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 多細胞パターン形成の力学 定量、分子、理論の融合2021

    • 著者名/発表者名
      杉村薫
    • 学会等名
      京大薬学研究セミナー「未踏薬学領域を切り開く創発科学とは」
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多細胞上皮集団の力学計測とモデリング2021

    • 著者名/発表者名
      杉村薫
    • 学会等名
      第四回 AMED-CREST/PRIME メカノバイオロジー 分科会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Kalman smoother traction force microscopy for robust force inference2021

    • 著者名/発表者名
      Aozora Matsuda、Toshinori Namba, Shuji Ishihara
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Image-based parameter estimation for epithelial mechanics.2021

    • 著者名/発表者名
      Goshi Ogita, Takefumi Kondo, Keisuke Ikawa, Tadashi Uemura, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Image-based statistical inference of mechanical parameters governing epithelial morphogenesis.2021

    • 著者名/発表者名
      Goshi Ogita, Takefumi Kondo, Keisuke Ikawa, Tadashi Uemura, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura
    • 学会等名
      The 51st NIPS International Symposium, Frontiers in Epithelial Cell Biology 国際、ポスター
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 上皮組織の画像から細胞の力学パラメータを推定する2021

    • 著者名/発表者名
      荻田豪士, 近藤武史, 井川敬介, 上村匡, 石原秀至, 杉村薫
    • 学会等名
      メカノバイオ討論会2021  国内、ポスター
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] A continuum model for epithelial tissue deformation.2018

    • 著者名/発表者名
      S. Ishihara, P. Marcq, K. Sugimura
    • 学会等名
      Jamming in Biological Systems.
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] From cell to tissue: a continuum model for epithelial tissue deformation2018

    • 著者名/発表者名
      S. Ishihara, P. Marcq, K. Sugimura
    • 学会等名
      UBI-MBI joint symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterizing and modeling mechanics of cell population2018

    • 著者名/発表者名
      石原秀至
    • 学会等名
      ソフトバイオ研究会2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 上皮組織変形のための連続体モデル:細胞から組織へ2018

    • 著者名/発表者名
      石原秀至
    • 学会等名
      第41回分子生物学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 数理と実験で解き明かす生体組織の成長メカニズム2018

    • 著者名/発表者名
      杉村薫 石原秀至
    • 学会等名
      iTHEMS 数理創造プログラム特別講演貝
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 多繊毛細胞の繊毛配向・配列秩序形成における細胞骨格極性の役割2018

    • 著者名/発表者名
      難波利典 石原秀至
    • 学会等名
      第74回物理学会年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [図書] 力を計測して生き物の形づくりを解き明かす2021

    • 著者名/発表者名
      杉村薫
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      高分子 70: 417, 2021 8月号
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] 定量生物学 第七章「組織の力・応力の定量生物学」2018

    • 著者名/発表者名
      杉村薫 石原秀至
    • 総ページ数
      17
    • 出版者
      化学同人
    • ISBN
      9784759817300
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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