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色素構造認識ペプチドの進化的創成による有用分子ツールの開発

研究課題

研究課題/領域番号 18H02103
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分37030:ケミカルバイオロジー関連
研究機関東京大学 (2020-2021)
埼玉大学 (2018-2019)

研究代表者

寺井 琢也  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任准教授 (00508145)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2020年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2019年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2018年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
キーワード有機色素 / ペプチド / 細胞イメージング / タンパク質精製 / 進化分子工学
研究成果の概要

本研究では「有機小分子の合理設計」と「生体高分子の配列改変」の2つのアプローチを有機的に統合することで、小分子・ペプチド複合体に基づく新規分子ツールの開発を目的とした。中でも有機色素分子の構造を認識するペプチドおよびタンパク質を進化分子工学的手法により取得することで、様々なケミカルバイオロジーへの応用を目指した。研究の結果、cDNA display法によって「色素分子の構造変化を可逆的に認識するポリペプチド」の探索に成功したほか、カルシウム濃度に応じてタンパク質の立体構造が変化する事で、そこに化学修飾された色素の蛍光強度が変わるセンサー分子の開発を達成した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

現代の生物学研究では蛍光イメージングや光遺伝学的摂動、タンパク質精製などで様々な分子ツールが使われているが、そのほとんどは有機合成低分子あるいは生体高分子のいずれかであり、両方を活用した分子ツールは極めて稀である。そもそも化学において有機低分子と生体高分子は歴史的、学問分野的に独立して研究されており、これらを融合させようとする試み(chemi-genetics)は最近になってようやく注目されつつある。本研究では、特に有機合成色素とタンパク質(ポリペプチド)との複合化に着目し、両者の相互作用があって初めて機能を発揮する新たな分子ツールの開発を行った。

報告書

(4件)
  • 2021 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 6件) 備考 (2件) 産業財産権 (3件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Barcodes, co-cultures, and deep learning take genetically encoded biosensor multiplexing to the nth degree2022

    • 著者名/発表者名
      Terai Takuya、Campbell Robert E.
    • 雑誌名

      Molecular Cell

      巻: 82 号: 2 ページ: 239-240

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2021.12.017

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際共著
  • [雑誌論文] Interleukin-17A Peptide Aptamers with an Unexpected Binding Moiety Selected by cDNA Display under Heterogenous Conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Anzai Hiroki、Terai Takuya、Wakabayashi-Nakao Kanako、Noguchi Taro、Kumachi Shigefumi、Tsuchiya Masayuki、Nemoto Naoto
    • 雑誌名

      ACS Medicinal Chemistry Letters

      巻: 12 号: 9 ページ: 1427-1434

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.1c00217

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In Vitro Construction of Large-scale DNA Libraries from Fragments Containing Random Regions using Deoxyinosine-containing Oligonucleotides and Endonuclease V2020

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Yasuhide、Terai Takuya、Kumachi Shigefumi、Nemoto Naoto
    • 雑誌名

      ACS Combinatorial Science

      巻: 22 号: 4 ページ: 165-171

    • DOI

      10.1021/acscombsci.9b00167

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocrosslinking of cDNA Display Molecules with Their Target Proteins as a New Strategy for Peptide Selection2020

    • 著者名/発表者名
      Terai Takuya、Koike Tomoyuki、Nemoto Naoto
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 6 ページ: 1472-1472

    • DOI

      10.3390/molecules25061472

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In vitro selection of anti-gliadin single-domain antibodies from a na?ve library for cDNA-display mediated immuno-PCR2020

    • 著者名/発表者名
      Jayathilake Chathuni、Kumachi Shigefumi、Arai Hidenao、Motohashi Maiko、Terai Takuya、Murakami Akikazu、Nemoto Naoto
    • 雑誌名

      Analytical Biochemistry

      巻: 589 ページ: 113490-113490

    • DOI

      10.1016/j.ab.2019.113490

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] cDNA Display Mediated Immuno-PCR (cD-IPCR): A Novel PCR-based Antigen Detection Method2019

    • 著者名/発表者名
      Jayathilake Chathuni、Terai Takuya、Nemoto Naoto
    • 雑誌名

      BIO-PROTOCOL

      巻: 9 号: 24

    • DOI

      10.21769/bioprotoc.3457

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A novel immuno-PCR method using cDNA display2019

    • 著者名/発表者名
      Anzai Hiroki、Terai Takuya、Jayathilake Chathuni、Suzuki Takeru、Nemoto Naoto
    • 雑誌名

      Analytical Biochemistry

      巻: - ページ: 1-6

    • DOI

      10.1016/j.ab.2019.04.017

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selection of peptides that associate with dye-conjugated solid surfaces in a pH-dependent manner using cDNA display2019

    • 著者名/発表者名
      Takuya Terai, Hiroki Anzai, and Naoto Nemoto
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 4 号: 4 ページ: 7378-7384

    • DOI

      10.1021/acsomega.9b00631

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Synthesis of unsymmetrical Si-rhodamine fluorophores and application to a far-red to near-infrared fluorescence probe for hypoxia2018

    • 著者名/発表者名
      Hanaoka Kenjiro、Kagami Yu、Piao Wen、Myochin Takuya、Numasawa Koji、Kuriki Yugo、Ikeno Takayuki、Ueno Tasuku、Komatsu Toru、Terai Takuya、Nagano Tetsuo、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 54 号: 50 ページ: 6939-6942

    • DOI

      10.1039/c8cc02451k

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a Series of Practical Fluorescent Chemical Tools to Measure pH Values in Living Samples2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shodai、Kagami Yu、Hanaoka Kenjiro、Terai Takuya、Komatsu Toru、Ueno Tasuku、Uchiyama Masanobu、Koyama-Honda Ikuko、Mizushima Noboru、Taguchi Tomohiko、Arai Hiroyuki、Nagano Tetsuo、Urano Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 140 号: 18 ページ: 5925

    • DOI

      10.1021/jacs.8b00277

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] cDNA display法によるユビキチン化酵素(E3)基質配列のスクリーニング手法の開発研究2022

    • 著者名/発表者名
      劉建和、寺井琢也、CAMPBELL Robert
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ピペラジン誘導体と HaloTag-緑色蛍光タンパク質(GFP)融合タン パク質を用いた二酸化炭素検出蛍光バイオセンサーの開発2022

    • 著者名/発表者名
      柳町拓海、Kelvin Tsao、Wenchao Zhu、寺井琢也、Robert E. Campbell
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Rapid construction of L-lactate biosensor color variants by transposon-mediated insertion2022

    • 著者名/発表者名
      Fu Chai, Karl Matthew Lin, Yusuke Nasu, Takuya Terai, Robert E. Campbell
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内ナトリウムイオンのイメージングを目指した蛍光タンパク質有機分子融合型センサーの開発2022

    • 著者名/発表者名
      竹内 志織、Wenchao Zhu、寺井 琢也、Robert Campbell
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 小分子キレーターと蛍光タンパク質を用いた化学遺伝学的Ca2+センサーの開発2022

    • 著者名/発表者名
      朱 文超、寺井 琢也、那須 雄介、Robert Campbell
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 指向性進化を活用した新規 chemi-geneticカルシウム蛍光センサーの開発2021

    • 著者名/発表者名
      寺井 琢也、朱 文超、程 大洲、那須 雄介、CAMPBELL Robert
    • 学会等名
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Photoactive Yellow Protein タグを用いたchemi-genetic蛍光カルシウムイオンセンサーの開発2021

    • 著者名/発表者名
      門屋 颯人、那須 雄介, 寺井 琢也, Campbell Robert
    • 学会等名
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Prototype Screening of HaloTag-based Chemigenetic Indicators2021

    • 著者名/発表者名
      Dazhou Cheng, Wenchao Zhu, Takuya Terai, Yusuke Nasu, Robert E. Campbell
    • 学会等名
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Development of a new type of chemi-genetic calcium ion indicator2021

    • 著者名/発表者名
      Wenchao Zhu, Takuya Terai, Yusuke Nasu, Robert E. Campbell
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In vitro selection of polypeptides using cDNA display technology2021

    • 著者名/発表者名
      Takua Terai, Naoto Nemoto
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Chemi-genetic fluorescent probes for visualizing local dynamics of metal ions2021

    • 著者名/発表者名
      Takuya Terai, Tomoya Hirata, Ryo Taguchi, Wenchao Zhu, Yasuteru Urano, Robert Earl Campbell
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Self-complementing split fluorescent protein-based biosensors for calcium ion2021

    • 著者名/発表者名
      Issei Yamaguchi, Yusuke Nasu, Takuya Terai, Robert E Campbell
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] cDNA display 技術を活用したプロテアーゼ蛍光プローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      寺井 琢也、藤谷 聡、根本 直人
    • 学会等名
      日本化学会 第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Towards a chemigenetic calcium ion sensor based on an engineered calmodulin and an environmentally sensitive synthetic dye fluorophore2021

    • 著者名/発表者名
      Peter Wojnicki, Kelvin Tsao, Yusuke Nasu, Takuya Terai, Robert Earl Campbell
    • 学会等名
      日本化学会 第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] cDNA display技術を活用した酵素基質ペプチドの網羅探索2020

    • 著者名/発表者名
      寺井琢也、藤谷聡、根本直人
    • 学会等名
      日本化学会 第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 核酸光架橋を利用した新規ペプチドアプタマー探索法の開発2020

    • 著者名/発表者名
      寺井琢也、小池知幸、根本直人
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 光架橋塩基を活用した新規ペプチドアプタマー探索法の基盤開発2019

    • 著者名/発表者名
      小池知幸、寺井琢也、根本直人
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会第14回年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 分子夾雑系内淘汰によるIL-17A結合ペプチドの取得2019

    • 著者名/発表者名
      寺井琢也、安齋宏紀、根本直人
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会第14回年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] cDNA display法を用いたpH感受性色素結合ペプチドの探索とタンパク質精製への応用2019

    • 著者名/発表者名
      寺井琢也、安齋宏紀、山田陸、根本直人
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] cDNA display法によるプロテアーゼ基質ペプチドの網羅的スクリーニング2019

    • 著者名/発表者名
      藤谷聡、寺井琢也、根本直人
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Functionalization of liposomes using artificially evolved peptides against lipid membranes2019

    • 著者名/発表者名
      Takuya Terai, Shota Kobayashi, Yuki Yoshikawa, Yasuhito Utsugi, Naoto Nemoto
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] cDNA displayの光架橋によるペプチドアプタマー探索の基盤研究2019

    • 著者名/発表者名
      寺井琢也、小池知幸、根本直人
    • 学会等名
      新学術領域「分子夾雑の生命化学」第2回関東地区シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] A cDNA display mediated novel immuno-PCR method2019

    • 著者名/発表者名
      Chathuni Jayathilate, Hiroki Anzai, Takuya Terai, Naoto Nemoto
    • 学会等名
      Next Generation Protein Analysis and Detection (3rd ed.)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] cDNA display法を用いた夾雑環境下での試験管内淘汰2019

    • 著者名/発表者名
      安齋 宏紀、根本 直人、寺井 琢也
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] In vitro selection of peptide aptamers that recognize a specific conformation of an organic dye2019

    • 著者名/発表者名
      寺井 琢也、安齋 宏紀、山田 陸、根本 直人
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 進化分子工学による低分子認識ポリペプチドの開発2019

    • 著者名/発表者名
      寺井 琢也、安齋 宏紀、山田 陸、根本 直人
    • 学会等名
      Future Trend in Polymer Science 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] pH応答型タンパク質精製システムを目指した低分子結合ペプチドの探索研究2018

    • 著者名/発表者名
      山田 陸、安齋 宏紀、寺井 琢也、根本 直人
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] cDNA display法を用いたプロテアーゼの基質探査法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      藤谷 聡、寺井 琢也、根本 直人
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Development of Phenolphthalein Binding Peptide Aptamers Using cDNA Display2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Anzai, Riku Yamada, Takuya Terai, Naoto Nemoto
    • 学会等名
      10th International Peptide Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考] 東京大学大学院理学系研究科化学専攻生体分子化学研究室ホームページ

    • URL

      https://www.chem.s.u-tokyo.ac.jp/campbell/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 埼玉大学工学部応用化学科根本研究室ホームページ

    • URL

      http://park.saitama-u.ac.jp/~nemoto/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [産業財産権] A novel immune-PCR method using cDNA display2020

    • 発明者名
      根本直人、安斎宏紀、鈴木武尊、熊地重文、寺井琢也
    • 権利者名
      埼玉大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] 光架橋塩基を活用した、新規ペプチドアプタマー探索用標的モジュール、新規ペプチドアプタマー探索用リンカー及びそれらを用いる新規ペプチドアプタマーの探索方法2020

    • 発明者名
      根本直人、寺井琢也
    • 権利者名
      埼玉大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2020-043550
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [産業財産権] 分子精製用リガンド、分子精製用タグペプチド及びこれらを用いた分子精製方法2018

    • 発明者名
      根本直人、寺井琢 也、安齋宏紀、山田 陸
    • 権利者名
      埼玉大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2018-162831
    • 出願年月日
      2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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