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ブラディリゾビウム属細菌と植物の共進化:根粒菌とエンドファイトの実験室進化

研究課題

研究課題/領域番号 18H02112
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分38010:植物栄養学および土壌学関連
研究機関東北大学

研究代表者

南澤 究  東北大学, 生命科学研究科, 特任教授 (70167667)

研究分担者 三井 久幸  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (40261466)
菅原 雅之  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (90742776)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 採択後辞退 (2021年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2019年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2018年度: 8,060千円 (直接経費: 6,200千円、間接経費: 1,860千円)
キーワード根粒菌 / 窒素固定 / エフェクター誘導性免疫 / 実験室進化 / ブラディリゾビウム属 / ダイズ / 共生 / エンドファイト / ソルガム / ブラディリゾビウム / ゲノム進化 / 微生物接種資材
研究実績の概要

(i)Bradyrhizobium属根粒菌の共生アイランドの動的進化の解明
前年度sacB選抜とRj2ダイズ選抜の欠失パターンが異なっていた。sacB特異的な欠失株をRj2ダイズに接種を行ったところ、(競合的)根粒形成能が明らかに低下していた。したがって、Bradyrhizobium属根粒菌の共生アイランドは自由生活(培養過程)で確率的に挿入配列(IS)介在型欠失が生成しており、Rj2ダイズ選抜ではその一部が選択されていることが判明した。さらに、根粒菌コレクションから共生アイランド内のIS間が重複している獲得型株が見出された。以上の結果は、根粒菌の共生アイランドが挿入配列(IS)を介して欠失と重複を起こす動的な存在であることを実験室内で証明したものとして、高く評価できる。
(ii) Bradyrhizobium属の窒素固定エンドファイトと根粒菌の共有進化
ダイズ根粒から分離したBradyrhizobium属根粒菌を、レニーの半流動培地に接種し、アセチレン還元活性を測定したところ、自由生活で窒素固定能を発現する非共生型Bradyrhizobium属細菌と同じレベルでアセチレン還元活性を示す株は得られなかった。したがって、本アプローチからは共生アイランドとゲノムコアの両方にnif遺伝子群を持つハイブリッド型のBradyrhizobium属細菌は見出されなかった。ソルガム根由来のBradyrhizobium属細菌は「根粒菌型」、「自由生活窒素固定型」、「非窒素固定型」3つの窒素固定様式に分類された。それらの詳細な系統解析とゲノム解析により、ある系統において「根粒菌型」と「非窒素固定型」の両方のタイプが共存し、Bradyrhizobium属細菌において、共生アイランドの水平伝達が起りやすい系統の存在が示唆された。

現在までの達成度 (段落)

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

今後の研究の推進方策

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (41件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 4件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (32件) (うち国際学会 13件、 招待講演 14件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] Strains of Bradyrhizobium cosmicum sp. nov., isolated from contrasting habitats in Japan and Canada possess photosynthesis gene clusters with the hallmark of genomic islands2020

    • 著者名/発表者名
      Wasai-Hara Sawa、Minamisawa Kiwamu、Cloutier Sylvie、Bromfield Eden S. P.
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      巻: 70 号: 9 ページ: 5063-5074

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.004380

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Levels of Periplasmic Nitrate Reductase during Denitrification are Lower in <i>Bradyrhizobium japonicum</i> than in <i>Bradyrhizobium diazoefficiens</i>2020

    • 著者名/発表者名
      Siqueira Arthur Fernandes、Sugawara Masayuki、Arashida Haruka、Minamisawa Kiwamu、S?nchez Cristina
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 35 号: 3 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME19129

    • NAID

      130007855292

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Diversity of <i>Bradyrhizobium</i> in Non-Leguminous Sorghum Plants: <i>B. ottawaense</i> Isolates Unique in Genes for N<sub>2</sub>O Reductase and Lack of the Type VI Secretion System2020

    • 著者名/発表者名
      Wasai-Hara Sawa、Hara Shintaro、Morikawa Takashi、Sugawara Masayuki、Takami Hideto、Yoneda Junich、Tokunaga Tsuyoshi、Minamisawa Kiwamu
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 35 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME19102

    • NAID

      130007784458

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular Analyses of the Distribution and Function of Diazotrophic Rhizobia and Methanotrophs in the Tissues and Rhizosphere of Non-Leguminous Plants2019

    • 著者名/発表者名
      Yoneyama、Terakado-Tonooka、Bao、Minamisawa
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 8 号: 10 ページ: 408-408

    • DOI

      10.3390/plants8100408

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Symbiotic incompatibility between soybean and Bradyrhizobium arises from one amino acid determinant in soybean Rj2 protein2019

    • 著者名/発表者名
      Sugawara Masayuki、Umehara Yosuke、Kaga Akito、Hayashi Masaki、Ishimoto Masao、Sato Shusei、Mitsui Hisayuki、Minamisawa Kiwamu
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 14 号: 9 ページ: e0222469-e0222469

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0222469

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of Nitrogen-Fixing Bradyrhizobium Associated With Roots of Field-Grown Sorghum by Metagenome and Proteome Analyses2019

    • 著者名/発表者名
      Hara Shintaro、Morikawa Takashi、Wasai Sawa、Kasahara Yasuhiro、Koshiba Taichi、Yamazaki Kiyoshi、Fujiwara Toru、Tokunaga Tsuyoshi、Minamisawa Kiwamu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 10 ページ: 407-407

    • DOI

      10.3389/fmicb.2019.00407

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Variation in bradyrhizobial NopP effector determines symbiotic incompatibility with Rj2-soybeans via effector-triggered immunity2018

    • 著者名/発表者名
      Sugawara Masayuki、Takahashi Satoko、Umehara Yosuke、Iwano Hiroya、Tsurumaru Hirohito、Odake Haruka、Suzuki Yuta、Kondo Hitoshi、Konno Yuki、Yamakawa Takeo、Sato Shusei、Mitsui Hisayuki、Minamisawa Kiwamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 号: 1 ページ: 3139-3139

    • DOI

      10.1038/s41467-018-05663-x

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Plant-Associated Microbes: From Rhizobia To Plant Microbiomes2018

    • 著者名/発表者名
      Wasai Sawa、Minamisawa Kiwamu
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 33 号: 1 ページ: 1-3

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME3301rh

    • NAID

      130006581775

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Mitigation of greenhouse gas emissions from agricultural lands by optimizing nitrogen and carbon cycles2021

    • 著者名/発表者名
      Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      The First International Symposium on “Cool Earth via Microbes in Agriculture”. (March 1, 2021, Digital) (Invited Speaker and Organizer)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 根粒菌とマメ科植物の攻防とゲノム進化2021

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      第36回資源植物科学シンポジウム及び第12回植物ストレス科学研究シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 窒素循環を担う植物共生微生物に関する研究2020

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ダイズ根粒およびソルガム根のBradyrhizobium属細菌のrpoB群集構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      原 新太郎,和才(原) 沙和,徳永 毅,南澤 究
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 窒素循環を担う植物共生微生物に関する研究2020

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      2020年植物微生物研究会オンラインシンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 窒素循環を担う植物共生微生物に関する研究2020

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      2020年度日本土壌肥料学会東北支部大会(宮城大会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Experimental genome reduction of bradyrhizobia by plant.2019

    • 著者名/発表者名
      Haruka Odake, Haruka Arashida, Masayuki Sugawara, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      5th Asian Conference on Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation.
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Symbiotic incompatibility via effector-triggered immunity between soybean Rj2-genotype and bradyrhizobial NopP: Rj2 allele distribution in soybean resources.2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Sugawara, Yosuke Umehara, Satoko Takahashi, Akito Kaga, Masaki Hayashi, Masao Ishimoto, Shusei Sato, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      5th Asian Conference on Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Metagenome and proteome analyses revealed nitrogen fixation by Bradyrhizobium in roots of field-grown sorghum2019

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Hara, Takashi Morikawa, Sawa Wasai, Yasuhiro Kasahara, Taichi Koshiba, Kiyoshi Yamazaki, Toru Fujiwara, Tsuyoshi Tokunaga and Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      5th Asian Conference on Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bradyrhizobium from sorghum roots suggests T3SS/T4SS/T6SS diversity and symbiosis island exchange in non-diazotrophic and rhizobial members2019

    • 著者名/発表者名
      Sawa Hara, Shintaro Hara, Takashi Morikawa, Masayuki Sugawara, Junichi Yoneda Tsuyoshi Tokunaga, and Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      5th Asian Conference on Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Experimental genome deletion via insertion sequences on bradyrhizobial symbiosis island by sacB system2019

    • 著者名/発表者名
      Haruka Arashida, Haruka Odake, Masayuki Sugawara, Hisayuki Mitsui and Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      5th Asian Conference on Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 根粒菌共生アイランドの大規模欠失と土壌環境適応2019

    • 著者名/発表者名
      嵐田 遥,大竹 遥,菅原雅之,三井久幸,南澤 究
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会2019年度大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 根粒菌の生活史をゲノムで読む:植物が土壌微生物を育む?2019

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      東京大学微生物科学イノベーション連携研究機構 微生物ウィーク2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] イネ科植物ソルガムから分離したBradyrhizobium属細菌のゲノム解析:窒素固定能とタンパク質分泌系の多様性2019

    • 著者名/発表者名
      原沙和、原新太郎、菅原雅之、森川峻志、米田淳一、徳永毅、南澤究
    • 学会等名
      第13回細菌学若手コロセウムinみやぎ蔵王
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 根粒菌共生アイランドの実験室進化:nif/T3SS遺伝子の大規模欠失2019

    • 著者名/発表者名
      南澤究、嵐田遥、大竹遥、菅原雅之
    • 学会等名
      第13回細菌学若手コロセウムinみやぎ蔵王
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ソルガム由来 Bradyrhizobium属細菌株の窒素固定とタンパク質分泌系の多様性2019

    • 著者名/発表者名
      原 沙和、原 新太郎、菅原 雅之、森川 峻志、米田 淳一、徳永 毅、南澤 究
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第33回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 根粒菌の窒素固定遺伝子を含むゲノム欠失と土壌環境適応2019

    • 著者名/発表者名
      嵐田 遥,大竹 遥,菅原 雅之,三井 久幸,南澤 究
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第33回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ダイズ根粒菌共生アイランドの実験室進化:nif / rhc遺伝子群の大規模欠失とその意義2019

    • 著者名/発表者名
      南澤 究,嵐田 遥,大竹遥,菅原雅之,三井久幸
    • 学会等名
      植物微生物研究会第29回研究交流会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Identification of the host specificity determinant of bradyrhizobia based on genomic comparison2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Sugawara, Yuki Konno, Yoshiyuki Ohtsubo, Masaya Kajiwara, Tomoyuki Nemoto, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      21st International Congress on Nitrogen Fixation. (October 10-15, Wuhan, China)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Hidden adaptations of symbiotic systems to the environments2019

    • 著者名/発表者名
      Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      21st International Congress on Nitrogen Fixation. (October 10-15, Wuhan, China) (Invited Speaker and Chair in Plenary Session)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Symbiotic interactions with bacteria and plants-their biogeochemical functions and evolutionary processes2019

    • 著者名/発表者名
      Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      Symposium of Biodiversity Research Center, Academia Sinica, Taiwan, (Nov. 7, 2019, Taipei)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Symbiotic incompatibility via effector-triggered immunity between soybean Rj2-genotype and bradyrhizobial NopP2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Sugawara, Yosuke Umehara, Satoko Takahashi, Akito Kaga, Masaki Hayashi, Masao Ishimoto, Shusei Sato, Hisayuki Mitsui and Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      International Plant & Animal Genome XXVII(January 12-16, San Diego, USA)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 根粒菌の共生不和合性システムと環境に優しい根粒菌集団の育種2019

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      第13回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Environmental dynamics of plant-associated bacteria: From rhizobia towards plant microbiomes2018

    • 著者名/発表者名
      Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      RIKEN International Symposium “Frontiers in Integrated Symbiology”
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Experimental evolution of bradyrhizobial symbiosis island by symbiotic incompatibility2018

    • 著者名/発表者名
      Kiwamu Minamisawa
    • 学会等名
      7th International Legume Conference "Legume Systematics for Next Generation"
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 土壌接種による Bradyrhizobium 属根粒菌共生アイランドの実験室進化2018

    • 著者名/発表者名
      大竹 遥,菅原 雅之,南澤 究
    • 学会等名
      植物微生物研究会第28回研究交流会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] オーミック解析に基づくソルガム根窒素固定細菌の特定2018

    • 著者名/発表者名
      原 新太郎,森川 峻志,和才 沙和,笠原 康裕,小柴 太一,山崎 清志,藤原 徹,徳永 毅,南澤 究
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会2018年度大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 植物マイクロバイオーム研究 ~ホロビオームから鍵となる新規相互作用や微生物を見出せるか~Plant microbiome: Can we find key interactions between plant and microbe from holobiome?2018

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      微生物生態学会第32回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 植物共生細菌の進化機構と育種戦略:根粒菌からマイクロバイオーム農業へ2018

    • 著者名/発表者名
      南澤 究
    • 学会等名
      日本育種学会第134回講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ソルガム根からの Bradyrhizobium 属窒素固定細菌の分離と特性解析2018

    • 著者名/発表者名
      森川 峻志,原 新太郎,原 沙和,徳永 毅,南澤 究
    • 学会等名
      植物微生物研究会第28回研究交流会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ソルガム根における Bradyrhizobium 属細菌分離株の nif 遺伝子群と窒素固定能2018

    • 著者名/発表者名
      原 沙和,森川 峻志,原 新太郎,菅原 雅之,米田淳一,徳永 毅,南澤 究
    • 学会等名
      植物微生物研究会第28回研究交流会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ソルガム由来Bradyrhizobiumの窒素固定とゲノム情報に基づく機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      原 沙和, 原 新太郎, 森川 峻志, 菅原 雅之, 米田 淳一, 徳永 毅, 南澤 究
    • 学会等名
      第13回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] 5th Asian Conference on Plant-Microbe Symbiosis and Nitrogen Fixation. (May 15-17, Sakura Hall, Tohoku University, Sendai, JAPAN)2019

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-12-27  

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