溶解性制御タグを用いたタンパク質の凝集性と免疫原性の関係解明及びその制御法の開発

• 研究課題/領域番号: 18H02385
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分43020:構造生物化学関連
• 研究機関: 東京農工大学
• 研究代表者: 黒田 裕 東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10312240)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2022-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2021年度)
• 配分額: 17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円); 2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2020年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円); 2019年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円); 2018年度: 10,010千円 (直接経費: 7,700千円、間接経費: 2,310千円)
• キーワード: 生物物理 / 免疫応答解析 / バイオテクノロジー / 免疫原性 / ウイルスタンパク質 / コロナ / 溶解性制御タグ / 免疫増強 / タンパク質 / 会合性の制御 / バイオインフォマティクス / デング

研究成果の概要

本研究では、モデルタンパク質（BPTI及びED3）の末端に溶解性制御ペプチドタグ（SCPタグ）を遺伝子組換え的に付加することで、タンパク質の会合性を再現性高く制御する技術を開発した。例えば、5個のIle から成るSCPタグによって会合させたBPTIの免疫原性を測ったところ、野生型の免疫原性の200倍以上に向上していた。デングウイルス由来のED3においても同様の結果を得た。この結果、抗デングのタンパク質を抗原と用いたサブユニットワクチンへの応用が期待される。

研究成果の学術的意義や社会的意義

凝集はタンパク質やペプチドの免疫原性に大きく影響を及ぼす因子であると従来から考えられてきた。しかし、タンパク質が形成する可溶性会合体の大きさや物性を適切に制御することが出来なかったため、凝集と免疫原性の関係を生化学的・物理化学的実験で検証することはなかった。本研究の学術的意義は、わずか5個のIleから成るSCPタグを付加することでモデルタンパク質の溶解性・凝集性を制御し、SCPタグによって会合させたタンパク質の免疫原性が飛躍的に向上するということである。社会的意義は、SCPタグがタンパク質を抗原とするサブユニットワクチンの可能性を大きく促進させた点である。

研究成果

• [国際共同研究] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)
• [国際共同研究] フランス国立科学研究センター（CNRS）(フランス)
• [国際共同研究] ニューヨーク州・レンセラー工科大学(米国)
• [国際共同研究] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)
• [国際共同研究] グラナダ大学・理学部(スペイン)
• [国際共同研究] モンペリエ大学・構造生化学研究センター(フランス)
• [国際共同研究] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)
• [国際共同研究] モンペリエ大学・構造生化学研究センター(フランス)
• [国際共同研究] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)
• [国際共同研究] モンペリエ大学・構造生化学研究センター(フランス)
• [雑誌論文] A Multi-Disulfide Receptor-Binding Domain (RBD) of the SARS-CoV-2 Spike Protein Expressed in E. coli Using a SEP-Tag Produces Antisera Interacting with the Mammalian Cell Expressed Spike (S1) Protein (2022)
  • 著者名/発表者名: Brindha Subbaian、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: International Journal of Molecular Sciences 巻: 23 号: 3 ページ: 1703-1703
  • DOI: 10.3390/ijms23031703
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Blocking PSD95‐PDZ3's amyloidogenesis through point mutations that inhibit high‐temperature reversible oligomerization (RO) (2022)
  • 著者名/発表者名: Saotome Tomonori、Onchaiya Sawaros、Brindha Subbaian、Mezaki Taichi、Unzai Satoru、Noguchi Keiichi、Martinez Jose C.、Kidokoro Shun‐ichi、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: The FEBS Journal 巻: 2021 号: 11 ページ: 1-12
  • DOI: 10.1111/febs.16339
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Assessment of prediction methods for protein structures determined by NMR in CASP14: Impact of AlphaFold2 (2021)
  • 著者名/発表者名: Huang Yuanpeng Janet、Zhang Ning、Bersch Beate、Fidelis Krzysztof、Inouye Masayori、Ishida Yojiro、Kryshtafovych Andriy、Kobayashi Naohiro、Kuroda Yutaka、Liu Gaohua、LiWang Andy、Swapna G.V.T、Wu Nan、Yamazaki Toshio、Montelione Gaetano T.
  • 雑誌名: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 巻: 89(12) 号: 12 ページ: 1959-1976
  • DOI: 10.1002/prot.26246
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Solubility Controlling Peptide Tags of Opposite Charges Generate a Bivalent Immune Response Against Dengue ED3 Serotypes 3 and 4 (2021)
  • 著者名/発表者名: Rahman Nafsoon、Miura Shiho、Okawa Mami、Kibria Md. Golam、Islam Mohammad Monirul、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Frontiers in Immunology 巻: 12 ページ: 671590-671590
  • DOI: 10.3389/fimmu.2021.671590
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Immune response with long-term memory triggered by amorphous aggregates of misfolded anti-EGFR VHH-7D12 is directed against the native VHH-7D12 as well as the framework of the analogous VHH-9G8 (2021)
  • 著者名/発表者名: Golam Kibria Md.、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics 巻: 165 ページ: 13-21
  • DOI: 10.1016/j.ejpb.2021.05.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Anti-EGFR VHH Antibody under Thermal Stress Is Better Solubilized with a Lysine than with an Arginine SEP Tag (2021)
  • 著者名/発表者名: Kibria Md. Golam、Fukutani Akari、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Biomolecules 巻: 11(6) 号: 6 ページ: 810-810
  • DOI: 10.3390/biom11060810
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] EGFR extracellular domain III expressed in Escherichia coli with SEP tag shows improved biophysical and functional properties and generate anti-sera inhibiting cancer cell growth (2021)
  • 著者名/発表者名: Brindha Subbaian、Kibria Md. Golam、Saotome Tomonori、Unzai Satoru、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 555 ページ: 121-127
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.03.102
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stochastic modelling of the effects of human-mobility restriction and viral infection characteristics on the spread of COVID-19 (2021)
  • 著者名/発表者名: Ando Shiho、Matsuzawa Yuki、Tsurui Hiromichi、Mizutani Tetsuya、Hall Damien、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11(1) 号: 1 ページ: 6856-6856
  • DOI: 10.1038/s41598-021-86027-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Solution structure of Gaussia Luciferase with five disulfide bonds and identification of a putative coelenterazine binding cavity by heteronuclear NMR. (2020)
  • 著者名/発表者名: N. Wu, N. Kobayashi, K. Tsuda, S. Unzai, T. Saotome, Y. Kuroda and T. Yamazaki.
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: 10 号: 1 ページ: 20069-20069
  • DOI: 10.1038/s41598-020-76486-4
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A systematic mutational analysis identifies a 5‐residue proline tag that enhances the in vivo immunogenicity of a non‐immunogenic model protein (2020)
  • 著者名/発表者名: Rahman Nafsoon、Islam Mohammad Monirul、Kibria Md. Golam、Unzai Satoru、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: FEBS Open Bio 巻: 10(10) 号: 10 ページ: 1947-1956
  • DOI: 10.1002/2211-5463.12941
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The immunogenicity of an anti-EGFR single domain antibody (VHH) is enhanced by misfolded amorphous aggregation but not by heat-induced aggregation (2020)
  • 著者名/発表者名: Kibria Md. Golam、Akazawa-Ogawa Yoko、Rahman Nafsoon、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics 巻: 152 ページ: 164-174
  • DOI: 10.1016/j.ejpb.2020.05.006
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nanometer-Sized Aggregates Generated Using Short Solubility Controlling Peptide Tags Do Increase the In Vivo Immunogenicity of a Nonimmunogenic Protein (2020)
  • 著者名/発表者名: Rahman Nafsoon、Islam Mohammad Monirul、Unzai Satoru、Miura Shiho、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Molecular Pharmaceutics 巻: 17(5) 号: 5 ページ: 1629-1637
  • DOI: 10.1021/acs.molpharmaceut.0c00071
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Thermodynamic Analysis of Point Mutations Inhibiting High-Temperature Reversible Oligomerization of PDZ3 (2020)
  • 著者名/発表者名: Saotome Tomonori、Mezaki Taichi、Brindha Subbaian、Unzai Satoru、Martinez Jose C.、Kidokoro Shun-ichi、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 119(7) 号: 7 ページ: 1391-1401
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2020.08.023
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Reversible oligomerization and reverse hydrophobic effect induced by isoleucine tags attached at the C-terminus of a simplified BPTI variant (2020)
  • 著者名/発表者名: Shigeyoshi Nakamura, MD. Golam Kibria, Satoru Unzai, Yutaka Kuroda, Shun-ichi Kidokoro
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 59 号: 39 ページ: 3660-3668
  • DOI: 10.1021/acs.biochem.0c00436
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Anti-Dengue ED3 Long-Term Immune Response With T-Cell Memory Generated Using Solubility Controlling Peptide Tags (2020)
  • 著者名/発表者名: Islam Mohammad M.、Miura Shiho、Hasan Mohammad N.、Rahman Nafsoon、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Frontiers in Immunology 巻: 11 ページ: 333-333
  • DOI: 10.3389/fimmu.2020.00333
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] How A Novel Scientific Concept Was Coined the “Molten Globule State” (2020)
  • 著者名/発表者名: Kuroda Yutaka、Endo Shigeru、Nakamura Haruki
  • 雑誌名: Biomolecules 巻: 10 号: 2 ページ: 269-269
  • DOI: 10.3390/biom10020269
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A novel caged Cookson‐type reagent toward a practical vitamin D derivatization method for mass spectrometric analyses (2019)
  • 著者名/発表者名: Seki Masahiko、Sato Makoto、Takiwaki Masaki、Takahashi Koji、Kikutani Yoshikuni、Satoh Mamoru、Nomura Fumio、Kuroda Yutaka、Fukuzawa Seketsu
  • 雑誌名: Rapid Communications in Mass Spectrometry 巻: 34 号: 7
  • DOI: 10.1002/rcm.8648
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Folding of the Ig-like domain of the envelope protein from dengue virus analyzed by high hydrostatic pressure NMR at a residue-level resolution (2019)
  • 著者名/発表者名: Saotome Tomonori, Doret Maxime, Kulkarni R Manjiri, Yang Yin-Shan, Barthe Philippe, Kuroda Yutaka, Roumestand Christian
  • 雑誌名: Biomolecules 巻: 9（8） 号: 8 ページ: 309-309
  • DOI: 10.3390/biom9080309
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Misfolding of a Single Disulfide Bonded Globular Protein into a Low-Solubility Species Conformationally and Biophysically Distinct from the Native One (2019)
  • 著者名/発表者名: Saotome Tomonori、Yamazaki Toshio、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Biomolecules 巻: 9（6） 号: 6 ページ: 250-250
  • DOI: 10.3390/biom9060250
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Hydrophobic surface residues can stabilize a protein through improved water?protein interactions (2019)
  • 著者名/発表者名: Islam Mohammad M.、Kobayashi Kei、Kidokoro Shun‐Ichi、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: The FEBS Journal 巻: 286（20） 号: 20 ページ: 4122-4134
  • DOI: 10.1111/febs.14941
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Large-scale all-atom molecular dynamics alanine-scanning of IAPP octapeptides provides insights into the molecular determinants of amyloidogenicity (2019)
  • 著者名/発表者名: Tambi Richa、Morimoto Gentaro、Kosuda Satoshi、Taiji Makoto、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 9(1) 号: 1 ページ: 2530-2530
  • DOI: 10.1038/s41598-018-38401-w
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Design and assessment of an active anti-epidermal growth factor receptor (EGFR) single chain variable fragment (ScFv) with improved solubility (2019)
  • 著者名/発表者名: Nautiyal Kalpana、Kibria Md Golam、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 508(4) 号: 4 ページ: 1043-1049
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.11.170
  • 査読あり
• [学会発表] The conformational stability analysis of dengue virus envelope domain III (ED3) wild type and its mutants by accelerated Molecular Dynamics simulation (2021)
  • 著者名/発表者名: Xian Jingwen、Hiromichi Tsurui、Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 第11回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] Analysis of amino acid sequence variation in the RBD of SARS-CoV-2 (2021)
  • 著者名/発表者名: Cheng Zhirui、Matsuzawa Yuki、Kurotani Atsushi、Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第11回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] In vivo immunogenicity of amorphous aggregates made of misfolded anti-EGFR single domain antibody (VHH) (2021)
  • 著者名/発表者名: Md. Golam Kibria、Yoko Akazawa-Ogawa、Yoshihisa Hagihara、Yutaka kuroda
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 静電相互作用により凝集したデングウイルス由来エンベロープタンパク質の物性及び多価免疫に対する評価 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大川 真実、Nafsoon Rahman、三浦 史帆、Md. Kibria、Mohammad Islam、黒田 裕
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Reverse engineering of high-temperature reversible oligomers and amyloids in PDZ3 (2021)
  • 著者名/発表者名: Sawaros Onchaiya、Tomonori Saotome、Shun-ichi Kidokoro、Jose C. Martinez、Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Expression of two disulfide-bonded EGFR extracellular domain III in Escherichia coli using a SEP tag: Biophysical, functional characterization, and its immunogenic potential (2021)
  • 著者名/発表者名: Subbaian Brindha、Md. Golam Kibria、Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] セレンテラジン誘導体を用いたガウシアルシフェラーゼ基質相互作用の核磁気共鳴法による研究 (2021)
  • 著者名/発表者名: 髙津 京子、小林 直宏、Yves JANIN、山崎 俊夫、黒田 裕
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] アルギニンまたはリジンで構成される溶解性向上ペプチドタグの蛋白質熱凝集抑制能評価 (2021)
  • 著者名/発表者名: 福谷 星、Kibria Md.Golam、赤澤 陽子、萩原 義久、黒田 裕
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 溶解性成業ペプチド（SCP）タグによって会合させた BPTI 蛋白質の物性と免疫原性の解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕、Rahman Nafsoon、Kabir M. Golam、Islam M, Mohammad
  • 学会等名: 第59回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Stochastic modeling of the effect of vaccination strategies on the spread of a COVID-19-type virus (2021)
  • 著者名/発表者名: Yuki Matsuzawa、Shiho Ando、Mc Gahan Patricia、Hiromichi Tsurui、Hall Damien、Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 第59回日本生物物理学会年会
• [学会発表] The conformational stability analysis of dengue virus envelope domain III(ED3) wild type and its mutants by molecular dynamics simulation (2021)
  • 著者名/発表者名: Jingwen Xian、Hiromichi Tsurui、Atsushi Kurotani、Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 第59回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Analysis of amino acid sequence variation in the RBD of SARS-CoV-2 (2021)
  • 著者名/発表者名: Cheng ZhiRui、Yutaka Kuroda、Atsushi Kurotani
  • 学会等名: 第59回日本生物物理学会年会
• [学会発表] PSD95-PDZ3 の一残基置換による高温での可逆的なオリゴマー（RO）形成の阻害およびアミロイド線維の抑制 (2021)
  • 著者名/発表者名: 早乙女 友規、Onchaiya Sawaros、目崎 太一、Martinez Jose、城所 俊一、黒田 裕
  • 学会等名: 第59回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Flashing Luciferase: its new structure and various level of dynamics (2021)
  • 著者名/発表者名: Tosho Yamazaki、Naohiro Kobayashi、Nan Wu、Tomonori Saotome、Kyoko Takatsu、 Satoru Unzai、Yutaka Kuroda
  • 学会等名: ISMAR (international NMR conference), 22nd International Society of Magnetic Resonance Conference 9th Asia-pacific NMR symposium(APNMR9)
  • 国際学会
• [学会発表] Physical and Biophysical Chemistry (Division I) (2021)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 51st IUPAC General Assembly
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Terminology, Nomenclature and Symbols (ICTNS) (2021)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Kuroda
  • 学会等名: 51st IUPAC General Assembly
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] ラテックス凝集法を用いた抗デング3 型ウイルス由来エンベロープタンパク質第3 ドメイン抗体の検出 (2020)
  • 著者名/発表者名: 井上 絢惠、福谷 星、黒田 裕
  • 学会等名: 第10回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] PSD95-PDZ3 の熱変性過程で可逆的に形成された高温での可逆的なオリゴマーのリバースエンジニアリング (2020)
  • 著者名/発表者名: Onchaiya Sawaros、早乙女 友規、城所 俊一、黒田 裕
  • 学会等名: 第10回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] デング熱ウィルスED3における高頻出アミノ酸変異箇所の効率的な予測手法の開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: Xian Jingwen、黒谷 篤之、黒田 裕
  • 学会等名: 第10回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] 格子モデルを用いたCOVID-19等伝染性ウイルスの感染拡大シミュレーション (2020)
  • 著者名/発表者名: 安東 紫帆、松沢 佑紀、黒田 裕
  • 学会等名: 第10回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] 新型コロナウイルスの変異体予測モデルの開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: Cheng ZhiRui、黒谷篤之、黒田裕
  • 学会等名: 第10回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] デング・エンベロープ蛋白質第3ドメインのミスフォールディングと凝集 (2020)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕 、早乙女 友規
  • 学会等名: 第58回日本生物物理学会年会
• [学会発表] 溶解性制御タグ（SCPタグ）を用いたタンパク質凝集体の形成速度の解析及びその制御法の開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: Onchaiya Sawaros、Velmurugan Punitha、黒田裕
  • 学会等名: 第9回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] Pictet-Spengler 反応を用いた抗EGFR-VHHのN末端特異的蛍光標識 (2020)
  • 著者名/発表者名: 福谷 星、福沢 世傑、黒田 裕
  • 学会等名: 第9回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] 静電相互作用により会合したデングED3タンパク質凝集体の物性と免疫原性の評価 (2020)
  • 著者名/発表者名: 大川 真実、Rahman Nafsoon、三浦 史帆、黒田 裕
  • 学会等名: 第9回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] Biophysical analysis of protein solubility and aggregation (2019)
  • 著者名/発表者名: Kuroda Yutaka
  • 学会等名: International Powder and Nanotechnology Forum(IPNF) 2019
  • 招待講演
• [学会発表] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers (2019)
  • 著者名/発表者名: Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第5回国立精神神経医療センター・東京農工大学合同シンポジウム
• [学会発表] Biophysical studies of protein misfolding, solubility,and aggregation (2019)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Kuroda, Tomonori Saotome
  • 学会等名: The 19th KIAS（Korea Institute for Advanced Study） Conference on Protein Structure and Function
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers (2019)
  • 著者名/発表者名: Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Nanometer scale sub-visible aggregates can enhance a protein's immunogenicity (2019)
  • 著者名/発表者名: Rahman Nafsoon, Islam M Mohammad, Unzai Satoru, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Biophysical and immunological study of natively folded and low soluble precipitate species of anti-EGFR single domain antibody (VHH) (2019)
  • 著者名/発表者名: Kibria Md Golam, Akazawa-Ogawab Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 深層学習によるドメインリンカー予測の改良 (2019)
  • 著者名/発表者名: 松沢 佑紀、黒田 裕
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Biophysical studies of a protein’s amorphous aggregation and its effect on immune response (2019)
  • 著者名/発表者名: Kuroda Yutaka
  • 学会等名: BSBMB (Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology) Conference 2019 “Life Sciences in Achieving Sustainable Development Goals”
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 液液相分離の粗粒化モデル作成 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小原 真、河村 直樹、黒田 裕
  • 学会等名: 第8回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] DEN4ED3におけるプロ配列（pro region）付加によるジスルフィド結合の形成に関する解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山本 裕子、早乙女 友規、黒田 裕
  • 学会等名: 第8回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] BPTIをモデルタンパク質に用いた疎水性ペプチドタグの付加によるアモルファス会合体の細胞毒性 (2019)
  • 著者名/発表者名: 前田 華子、Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, 太田 善浩、黒田 裕
  • 学会等名: 第8回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] 疎水性の短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの免疫原性及び物性の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 塩飽 祐佳里、三浦 史帆、黒田 裕
  • 学会等名: 第8回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] SCPタグを付加したBPTIの溶解傾向性におけるアミノ酸の寄与の探究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 髙木 開生、黒田 裕
  • 学会等名: 第8回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] Nanometer scale sub-visible aggregates can enhance a protein’s immunogenicity (2018)
  • 著者名/発表者名: Rahman Nafsoon, Islam M Mohammad, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインにおける会合状態および免疫原性の評価 (2018)
  • 著者名/発表者名: 三浦 史帆、Islam M Mohammad、黒田 裕
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Design and development of a soludle single-chain variable fragment (ScFc biological activity) (2018)
  • 著者名/発表者名: Kibria Md Golam, Nautiyal Kalpana, Akazawa-Ogawa Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 深層学習を用いたドメインリンカー予測 (2018)
  • 著者名/発表者名: 松沢 佑紀、河村 直樹、黒田 裕
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション (2018)
  • 著者名/発表者名: 小原 真、河村 直樹、黒田 裕
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 生物情報科学的手法を用いた蛋白質の構造・物性解析とその実験的検証 (2018)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕 (座長：渡辺元)
  • 学会等名: 第161回日本獣医学会学術集会
  • 招待講演
• [学会発表] 蛋白質立体構造解析のフロンティア (2018)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕(オーガナイザー：城所 俊一)
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 蛋白質・ペプチドの凝集と膜のないオルガネラ (2018)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕(オーガナイザー：永井 義隆)
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 蛋白質のアモルファス凝集の生物物理学的研究 (2018)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] K4型デングウイルス由来エンベロープ第3ドメインの封入体の巻き戻しから生じる構造の異なる二種類のコンホマーに関する考察 (2018)
  • 著者名/発表者名: 早乙女 友規、山崎 俊夫、黒田 裕
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープ蛋白質ドメイン3における会合状態および免疫原性の評価 (2018)
  • 著者名/発表者名: 三浦 史帆、Islam M Mohammad、黒田 裕
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Enhancing Solubility of Anti-EGFR Single chain Antibody Fragment (ScFV) via Solubility Enhancing Peptides (SEP) Tags (2018)
  • 著者名/発表者名: Nautiyal Kalpana, Kibria Md.Golam, Akazawa-Ogawa Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Biophysical characterization of an insoluble species formed by a chemically intact single disulfide bonded BPTI (2018)
  • 著者名/発表者名: Velmurugan Punitha, Kuroda Yutaka
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [図書] 「溶解性制御ペプチドタグを用いた蛋白質のアモルファス凝集の物理化学的解析とその免疫原性増強効果」月刊「細胞」8月号 (2021)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕
  • 総ページ数: 4
  • 出版者: ニューサイエンス社
• [図書] 化学工業「タンパク質表面電荷が溶解性に及ぼす影響の格子モデル解析」 (2019)
  • 著者名/発表者名: 小原 真、黒田 裕
  • 出版者: 化学工業社
• [図書] タンパク質のアモルファス凝集と溶解性―基礎研究からバイオ産業・創薬研究への応用まで― (2019)
  • 著者名/発表者名: 黒田 裕、有坂 文雄（監修）
  • 総ページ数: 283
  • 出版者: シーエムシー出版
  • ISBN: 9784781313979
• [備考] ～ロックダウンによるコロナウイルス感染拡大抑制効果の相対的な予測に向けて～
  • URL: https://www.tuat.ac.jp/outline/disclosure/pressrelease/2020/20200818_01.html