• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

トランスポーターの基質輸送速度を変える変異の理論的予測

研究課題

研究課題/領域番号 18H02415
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設) (2020)
分子科学研究所 (2018-2019)

研究代表者

岡崎 圭一  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 計算科学研究センター, 准教授 (50792529)

研究分担者 渡邉 力也  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (30540108)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
15,990千円 (直接経費: 12,300千円、間接経費: 3,690千円)
2020年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2018年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
キーワードトランスポーター / 分子動力学シミュレーション / 遷移パス / 基質輸送速度 / 疎水性ゲート / 生体膜マイクロチップ
研究成果の概要

本研究課題では、トランスポーターが基質を輸送する際の構造遷移ダイナミクスを分子動力学シミュレーションで明らかにして、基質輸送速度を変える変異の予測を行った。Na+/H+交換輸送体であるPaNhaPを対象として、基質輸送過程における内向き開・外向き開構造状態間の遷移ダイナミクスの全原子シミュレーションを行い、外側疎水性ゲートの開放が律速過程であることを同定した。そして、外側疎水性ゲートの相互作用を弱めた変異体における基質輸送能の測定実験を行い、野生型よりも基質輸送速度が向上していることを確認した。これにより、トランスポーターの機能制御メカニズムを解明することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

トランスポーターは細胞内外のイオン等基質濃度の制御に関わっており、その機能不全により様々な病気が引き起こされる。例えば、我々が研究対象としているNa+/H+交換輸送体はヒトにおいてはNHEと呼ばれており心不全や自閉症の発症に関わっている。従って、トランスポーターの動作メカニズム解明は、創薬など医学的な応用につながり得る。さらに、基質輸送速度を向上させる改変は、植物の塩耐性向上や糖度向上など農学的な応用の可能性もある。このような応用可能性に加えて、トランスポーターの物理化学的メカニズム解明は、分子科学において新しいチャレンジであり重要な成果である。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 4件、 招待講演 9件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Max Planck Institute of Biophysics(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] マックスプランク生物物理学研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] Optimizing Go-MARTINI Coarse-Grained Model for F-BAR Protein on Lipid Membrane2021

    • 著者名/発表者名
      Mahmood Md. Iqbal、Poma Adolfo B.、Okazaki Kei-ichi
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 8 ページ: 619381-619381

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.619381

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemical-State-Dependent Free Energy Profile from Single-Molecule Trajectories of Biomolecular Motors: Application to Processive Chitinase2020

    • 著者名/発表者名
      Okazaki Kei-ichi、Nakamura Akihiko、Iino Ryota
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 号: 30 ページ: 6475-6487

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c02698

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide2020

    • 著者名/発表者名
      Mori Yusuke、Okazaki Kei-ichi、Mori Toshifumi、Kim Kang、Matubayasi Nobuyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 153 号: 5 ページ: 054115-054115

    • DOI

      10.1063/5.0009066

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of the electroneutral sodium/proton antiporter PaNhaP from transition-path shooting2019

    • 著者名/発表者名
      Okazaki Kei-ichi、Wohlert David、Warnau Judith、Jung Hendrik、Yildiz Ozkan、Kuhlbrandt Werner、Hummer Gerhard
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 1742-1742

    • DOI

      10.1038/s41467-019-09739-0

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes via molecular dynamics simulations2019

    • 著者名/発表者名
      Mahmood Md. Iqbal、Noguchi Hiroshi、Okazaki Kei-ichi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 14557-14557

    • DOI

      10.1038/s41598-019-51202-z

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ion Binding and Selectivity of the Na+/H+ Antiporter MjNhaP1 from Experiment and Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Warnau Judith、Wohlert David、Okazaki Kei-ichi、Yildiz Ozkan、Gamiz-Hernandez Ana P.、Kaila Ville R. I.、Kuhlbrandt Werner、Hummer Gerhard
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 124 号: 2 ページ: 336-344

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b08552

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] キチン加水分解酵素は熱ゆらぎを利用して1方向に動きながら結晶性バイオマスを分解する2019

    • 著者名/発表者名
      NAKAMURA Akihiko、OKAZAKI Kei-ichi、FURUTA Tadaomi、SAKURAI Minoru、IINO Ryota
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 59 号: 6 ページ: 330-333

    • DOI

      10.2142/biophys.59.330

    • NAID

      130007750992

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 生体分子マシンにおける機能発現ダイナミクスの解明とその制御2021

    • 著者名/発表者名
      岡崎圭一
    • 学会等名
      第1回生体分子シミュレーション・モデリング研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Curvature induction and sensing of the F-BAR protein Pacsin1 on lipid membranes via molecular dynamics simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子モーターの1方向性運動モデルの新規推定法の開発 ―キチナーゼへの応用2020

    • 著者名/発表者名
      岡崎圭一
    • 学会等名
      第10回分子モーター討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Mechanism of Na+/H+ antiporter from transition path sampling and engineering of a faster transporter2020

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      Frontiers of Computational Physics from meV to MeV
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic energy landscape of a linear motor chitinase from single-particle tracking trajectories2019

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular simulation and modeling of functional dynamics in FoF1 ATP synthase2019

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      2nd Tokyo ATPase Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 遷移パスサンプリングによる膜輸送タンパク質の基質輸送メカニズムの解明2019

    • 著者名/発表者名
      岡崎圭一
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mechanism of electroneutral sodium/proton antiporter from transition-path shooting2018

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      Institute Seminar, Max-Planck Institute of Biophysics
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体分子マシンにおける機能ダイナミクスの解明2018

    • 著者名/発表者名
      岡崎圭一
    • 学会等名
      生物物理若手の会第58回夏の学校
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mechanism of Na+/H+ antiporter from transition-path simulations: Making faster transporter based on mechanism2018

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      Workshop: Trends in Computational Molecular Biophysics
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Transport mechanism of sodium/proton antiporter from transition-path simulations2018

    • 著者名/発表者名
      Kei-ichi Okazaki
    • 学会等名
      the 2nd workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems --- Biological Systems
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] トランスポーターがイオンを輸送する瞬間のシミュレーションに成功 ―高速トランスポーターをデザイン―

    • URL

      https://www.ims.ac.jp/news/2019/04/17_4308.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi