• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

ゲノムに残されたデモグラフィー情報の比較解析で探る生物多様性の環境変動応答

研究課題

研究課題/領域番号 18H02496
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分45030:多様性生物学および分類学関連
研究機関京都大学

研究代表者

井鷺 裕司  京都大学, 農学研究科, 教授 (50325130)

研究分担者 陶山 佳久  東北大学, 農学研究科, 教授 (60282315)
伊津野 彩子  国立研究開発法人森林研究・整備機構, 森林総合研究所, 研究員 (80816249)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
2020年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2019年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2018年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード生物多様性 / 適応放散 / ゲノム解読 / PSMC / 種分化 / 隠蔽種 / 個体群動態 / 保全ゲノミクス / 比較デモグラフィー / 新規ゲノム解読 / ニューカレドニア / 保全ゲノムクス / デモグラフィー / MINion
研究成果の概要

Oxera約30種のうち25分類群を対象にゲノムリシーケンスを行い、PSMC法によって過去数百万年間に及ぶ個体群動態の比較解析を行った。その結果、多くの種で適応放散的種分化に伴う新たなニッチの開拓により個体数が増大していた。その一方で、超塩基性土壌に適応した種は、個体数が小さく保たれてきたことがわかった。
さらに、low coverage genome sequencingとtairway plotで、詳細かつ高精度に個体群動態の推定や、新種候補11種を含む全38種1370サンプルを対象にMIG-seq法によるゲノム縮約解読で、各種・集団・個体の系統的位置付けを明らかにすることができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

様々な生態系において人為活動により生物多様性は劣化しつつある。本研究は、生物多様性ホットスポットであるニューカレドニアにおいて、過去数百万年の間に種分化を繰り返してきたOxera属25種を対象に、適応的種分化によって生物多様性が創出されてきた過程を最新のゲノム解析技術によって明らかにしたものである。本成果は、生物多様性創出機構の解明という学術的意義に加えて、生物多様性に生態系機能、生物資源、文化的意義など多面的な価値があることが認識されつつある現在、社会的にも意義のある成果といえる。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 3件、 招待講演 6件)

  • [国際共同研究] Institut Agronomique neo-Caledonien(その他の国・地域)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] 森林遺伝育種学的研究におけるMIG-seq法の利用2019

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 雑誌名

      森林遺伝育種

      巻: 印刷中

    • NAID

      130007637943

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 島嶼性固有植物の保全ゲノミクス2019

    • 著者名/発表者名
      井鷺裕司・兼子伸吾・安倍哲人・伊津野彩子・牧野能士
    • 雑誌名

      森林科学

      巻: 印刷中

    • NAID

      130007676732

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] PSMC法によるニューカレドニア準固有Oxera属 (シソ科)24種の過去の個体群動態比較2020

    • 著者名/発表者名
      河合良弥、伊津野彩子、陶山佳久、Gildas Gatable、井鷺裕司
    • 学会等名
      種生物学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 新規全ゲノム解読に基づくニューカレドニア産シソ科植物の比較デモグラフィー2020

    • 著者名/発表者名
      河合良弥、伊津野 彩子、陶山 佳久、Gildas Gateble、井鷺 裕司
    • 学会等名
      第67回生態学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq分析によるニューカレドニア産シソ科Oxera属の隠蔽種の発見2020

    • 著者名/発表者名
      長岡麟平, Gildas Gateble, 井鷺裕司, 陶山佳久
    • 学会等名
      日本生態学会第67回全国大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ニューカレドニア産準固有属Oxera(シソ科)の個体群動態推定のためのde novo全ゲノムアセンブル2019

    • 著者名/発表者名
      河合良弥、伊津野 彩子、陶山 佳久、Gildas Gateble、井鷺 裕司
    • 学会等名
      第51回種生物学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq法によるゲノム情報により示されたニューカレドニア産シソ科Oxera palmatinerviaの近縁隠蔽種の可能性2019

    • 著者名/発表者名
      長岡麟平、佐藤光彦、廣田峻、松尾歩、Gildas Gateble, 井鷺裕司、陶山佳久
    • 学会等名
      第51回種生物学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム情報を活用した生物多様性保全2019

    • 著者名/発表者名
      井鷺裕司
    • 学会等名
      第28回DNA多型学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Introduction of next-generation biodiversity assessment using MIG-seq2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama
    • 学会等名
      The 11th APBON Workshop -Asia-Pacific Biodiversity Observation Network
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ゲノムワイドSNP分析によるニューカレドニア産シソ科Oxera属における隠蔽種の発見2019

    • 著者名/発表者名
      長岡麟平, 佐藤光彦, 廣田峻, 松尾歩, Gildas Gateble, 井鷺裕司, 陶山佳久
    • 学会等名
      日本生態学会東北地区会第64回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq法を用いた絶滅危惧植物の保全遺伝学的解析2019

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 学会等名
      第66回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq法:次世代シーケンサーを用いた手軽なゲノムワイド塩基配列分析2019

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度東京大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] MIG-seq and multiplexed DNA barcoding: efficient tool for phylogeography and conservation genetics2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshihisa Suyama, Ayumi Matsuo, Shun Hirota
    • 学会等名
      The 2nd International Academic Conference on the Formation Mechanism of Plant Diversity and Conservation of Endangered Plants in East Asia
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 森林遺伝育種学的研究のためのMIG-seq(multiplexed ISSR genotyping by sequencing)法の開発2018

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 学会等名
      森林遺伝育種学会第7回大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 次世代シーケンサーを用いた手軽な分子系統・集団遺伝解析2018

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 学会等名
      日本生態学会東北地区会第63回弘前大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] MIG-seqとマルチプレックスDNAバーコーディングによる分子系統・集団遺伝解析2018

    • 著者名/発表者名
      陶山佳久
    • 学会等名
      第50回種生物学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Genetic diversity, population demography and adaptation of Oxera baladica (Lamiaceae) and an undescribed species in New Caledonia.2018

    • 著者名/発表者名
      Ryosuke Imai, Kohei Kamasaka, Dominique Fleurot, Gildas Gatable, Ayu Narita, Kentaro Uchiyama, Yoshihisa Suyama, Yoshiaki Tsuda, Yuji Isagi
    • 学会等名
      The 8th East Asian Federation of Ecological Societies (EAFES) International Congress
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi