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日本人の起源と進化-集団ゲノム学的アプローチによる縄文人由来ゲノム領域の抽出-

研究課題

研究課題/領域番号 18H02514
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分45050:自然人類学関連
研究機関東京大学

研究代表者

大橋 順  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円)
2020年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2018年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円)
キーワード縄文人 / 渡来人 / 日本列島人 / 遺伝的多様性 / 現代日本人の形成モデル / SNP / 特異的変異 / ハプロタイプ / 集団サイズ / 縄文人特異的変異 / 大陸系渡来人 / 本土日本人 / 混血 / 自然選択 / 全ゲノム配列解析 / 日本人 / 核ゲノム / シミュレーション / 弥生人 / 集団ゲノム学
研究成果の概要

日本人男性345名のY染色体の全塩基配列決定を行い系統解析を行った。その結果、本土日本人男性では35.4%の頻度で観察されるが、他の東アジア人には観察されないクレードを発見した。遺伝子系図解析によって過去の人口変動を推定したところ、縄文時代晩期から弥生時代にかけて人口が急激に減少したことが示された。
47都道府県の全ゲノムSNPアリル頻度データを用いて解析を行い、都道府県間の遺伝的差異は、縄文人に由来するゲノム成分の程度と地理的位置関係によって説明できることを見出した。興味深い発見の一つは、近畿地方及び四国地方の人々が遺伝的に中国・漢民族に近いことであった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

Y染色体の解析結果は、遺跡数や規模をもとに、縄文時代後期・晩期に縄文人の人口が減少したと推定した先行研究と符合するものであった。縄文時代晩期は世界的に寒冷化した時期であり、気温が下がったことで食料供給量が減ったことが、急激な人口減少の主な要因と思われる。47都道府県の遺伝的多様性解析の結果は、弥生時代以降に大陸から日本列島に移住してきた渡来人の中に、近畿地方と四国地方に進出・増加した人々が相対的に多かったことを示唆している。
本研究の成果は、縄文時代から弥生時代への移行期における日本列島人の進化史の理解に役立つと期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2019

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] Analysis of whole Y-chromosome sequences reveals the Japanese population history in the Jomon period2019

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Yusuke、Naka Izumi、Khor Seik-Soon、Sawai Hiromi、Hitomi Yuki、Tokunaga Katsushi、Ohashi Jun
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 8556-8556

    • DOI

      10.1038/s41598-019-44473-z

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Human Biology of Japan2019

    • 著者名/発表者名
      Cameron, N., Yamauchi, T., & Ohashi, J.
    • 雑誌名

      Annals of Human Biology

      巻: 46 号: 4 ページ: 285-286

    • DOI

      10.1080/03014460.2019.1671675

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 現代人のゲノムデータから過去の人口変動を推定する : 縄文人が経験した急激な人口減少2019

    • 著者名/発表者名
      大橋 順、渡部裕介
    • 雑誌名

      遺伝 : 生物の科学

      巻: 73 ページ: 424-428

    • NAID

      40022041155

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 現代日本人の集団ゲノムデータに基づく縄文人の全ゲノムSNPのアリル頻度の推定2021

    • 著者名/発表者名
      渡部裕介,河合洋介,大前陽輔,宮原麗子,Seik-Soon Khor,野入英世,大橋順,徳永勝士
    • 学会等名
      第75回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 理論集団遺伝学的視点からみた縄文人と渡来人の混血が日本人ゲノムに与えた影響2021

    • 著者名/発表者名
      大橋順,渡部裕介,中伊津美
    • 学会等名
      第66回日本人類遺伝学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 旧人由来候補変異密度を用いた非アフリカ人集団の集団史に関する検討2021

    • 著者名/発表者名
      三輪華子,大橋順
    • 学会等名
      第75回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 旧人由来候補変異密度を用いた非アフリカ人集団の集団史に関する検討2021

    • 著者名/発表者名
      三輪華子,大橋順
    • 学会等名
      第66回日本人類遺伝学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 古代縄文人ゲノムおよび現代日本人集団ゲノムに基づく縄文人のHLA型の推定2019

    • 著者名/発表者名
      渡部裕介、覚張隆史、中伊津美、Khor Seik Soon、澤井裕美、人見祐樹、西田奈央、徳永勝士、太田博樹、大橋順
    • 学会等名
      第28回日本組織適合性学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 現代日本人ゲノム中の縄文人由来候補SNPの検出2019

    • 著者名/発表者名
      渡部 裕介、大橋 順
    • 学会等名
      日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 主成分分析を用いた混血率の推定2019

    • 著者名/発表者名
      久我 明穂、太田 博樹、大橋 順
    • 学会等名
      日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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