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医薬ビッグデータ解析による革新的AI創薬手法の開発と難治性疾患治療薬の発見

研究課題

研究課題/領域番号 18H03334
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関九州工業大学

研究代表者

山西 芳裕  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (60437267)

研究分担者 沖米田 司  関西学院大学, 理工学部, 教授 (90398248)
谷 憲三朗  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (00183864)
土方 康基  東京大学, 医科学研究所, 特任助教 (80460856)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円)
2020年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2019年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2018年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード機械学習 / ビッグデータ / 創薬 / 人工知能 / 難治性疾患
研究成果の概要

本研究では、医薬ビッグデータと人工知能(AI)の基盤技術である機械学習を用いた創薬を実現するための情報基盤技術を構築する。医薬品、植物、食品成分などの化合物に関する情報、遺伝子、タンパク質、糖鎖など生体分子に関する情報、難治性疾患に関するオミックス情報やSNPなどのゲノム情報を基に、グラフ畳み込みニューラルネットワークや再帰的ニューラルネットワークの枠組みで、化合物の標的タンパク質プロファイルを予測するためのモデルを構築した。化合物の化学構造の適用範囲を考慮したアルゴリズムも構築した。最終的に、悪性リンパ腫と嚢胞性線維症に対して、医薬品候補化合物を網羅的に予測し、予測結果の一部を検証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

疾患治療に有用な化合物の同定は、人類の医療やヘルスケアにとって最重要課題である。現在でも有効な治療法が無い難治性疾患や希少疾患は多く、疾患に苦しむ患者に対する迅速な救済措置が必要である。しかしながら、最近の新薬開発は低迷しており、新薬を一個開発するのに数千億円の研究開発費と10年以上の歳月を要すると云われている。本研究では、医薬ビッグデータと人工知能(AI)の基盤技術である機械学習を用いた創薬「AI創薬」を提唱し、それを実現するための機械学習手法の研究開発を行なった。深層学習の予測モデルを構築し、医薬品候補の化合物を情報化学的にスクリーニングする技術基盤を構築することができた。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 3件、 招待講演 18件)

  • [雑誌論文] Lean-Docking: Exploiting Ligands’ Predicted Docking Scores to Accelerate Molecular Docking2021

    • 著者名/発表者名
      Berenger Francois、Kumar Ashutosh、Zhang Kam Y. J.、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 5 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c01452

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ranking Molecules with Vanishing Kernels and a Single Parameter: Active Applicability Domain Included2020

    • 著者名/発表者名
      Berenger, F. and Yamanishi, Y.
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 60 号: 9 ページ: 43764387-43764387

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b01075

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of the Health Effects of Food Peptides and Elucidation of the Mode-of-action Using Multi-task Graph Convolutional Neural Network2020

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga, I., Sawada, R., Shibata, T., Kaitoh, K., Sakai, Y., and Yamanishi, Y.,
    • 雑誌名

      Molecular Informatics

      巻: 39(1-2) 号: 1-2

    • DOI

      10.1002/minf.201900134

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Omics-based identification of glycan structures as biomarkers for a variety of diseases2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyoshi, S., Iwata, M., Berenger, F., and Yamanishi, Y.
    • 雑誌名

      Molecular Informatics

      巻: 39(1-2) 号: 1-2

    • DOI

      10.1002/minf.201900112

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemoinformatics and structural bioinformatics in OCaml.2019

    • 著者名/発表者名
      Berenger F, Zhang KYJ, Yamanishi Y.
    • 雑誌名

      J Cheminform.

      巻: 11 号: 1 ページ: 10-10

    • DOI

      10.1186/s13321-019-0332-0

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Distance-Based Boolean Applicability Domain for Classification of High Throughput Screening Data.2019

    • 著者名/発表者名
      Berenger F, Yamanishi Y.
    • 雑誌名

      J Chem Inf Model.

      巻: 59 号: 1 ページ: 463-476

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.8b00499

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 機械学習によるデータ駆動型創薬2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      日本薬学会 第141年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第58回日本糖尿病学会関東甲信越地方会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      ALDOCKセミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬や医療2020

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      Science Pioneers Consortium (SPC) 2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Multiple omics-based diseasome analysis on gene expression machinery toward understanding disease-disease relationships and drug discovery2020

    • 著者名/発表者名
      岩田通夫, 沖真弥, 山西芳裕
    • 学会等名
      第43回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによる漢方薬の作用機序解析と効能予測2020

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第2回日本東洋医学会福岡県部会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 摂動応答トランスクリプトームを用いた創薬標的分子と治療薬の探索2020

    • 著者名/発表者名
      難波里子, 岩田通夫, 飯田緑, 山西芳裕
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 深層学習による食品ペプチドの健康効果の予測と作用機序の解明2020

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga, I., Sawada, R., Shibata, T., Kaitoh, K., Sakai, Y., and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 深層学習を用いた漢方薬リポジショニングと作用機序解析2020

    • 著者名/発表者名
      Douke, A., Sawada, R., Iwata, M., Sakai, Y., Kadowaki, M., and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      第9回生命医薬情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Data-driven drug discovery and medical treatment by machine learning2019

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      ACS Fall 2019 National Meeting & Exposition, Herman Skolnik Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Data-driven drug discovery and medical treatment by machine learning2019

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      The 6th Autumn School of Chemoinformatics in Nara 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Prediction of Health Effects of Food Peptides and Elucidation of The Mode-of-action Using Multi-task Graph Convolutional Neural Networks2019

    • 著者名/発表者名
      Fukunaga, I., Sawada, R., Shibata, T., Kaitoh, K., Sakai, Y., and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      情報計算化学生物学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] AI創薬:化合物の薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第46回日本毒性学会学術年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第66回日本実験動物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第63回日本リウマチ学会総会・学術集会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:化合物の薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      ファーマIT&デジタルエキスポ2019
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 機械学習によるデータ駆動型創薬とパスウェイ創薬2019

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第92回日本薬理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:化合物の薬効を予測するデータ駆動型アプローチ2019

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第1回日本メディカルAI学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第31回日本動物実験代替法学会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ディジーゾーム解析による疾患間の関連性理解と創薬応用2018

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第12回メタボロームシンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第39回富山大学和漢医薬学総合研究所特別セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      新学術領域(研究領域提案型)「化学コミュニケーションのフロンティア」第1回若手シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      構造活性フォーラム2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬:薬効や副作用を予測するデータ駆動型アプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      九州大学-理化学研究所-福岡市 三者連携シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Data-driven drug discovery and repositioning by machine learning methods2018

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      ACS Skolnik Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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