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新規ペプチドエピメラーゼ類の反応基盤解明

研究課題

研究課題/領域番号 18H03937
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分38:農芸化学およびその関連分野
研究機関北海道大学

研究代表者

大利 徹  北海道大学, 工学研究院, 教授 (70264679)

研究分担者 森田 洋行  富山大学, 学術研究部薬学・和漢系, 教授 (20416663)
濱野 吉十  福井県立大学, 生物資源学部, 教授 (50372834)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
44,070千円 (直接経費: 33,900千円、間接経費: 10,170千円)
2021年度: 10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
2020年度: 8,970千円 (直接経費: 6,900千円、間接経費: 2,070千円)
2019年度: 11,440千円 (直接経費: 8,800千円、間接経費: 2,640千円)
2018年度: 13,130千円 (直接経費: 10,100千円、間接経費: 3,030千円)
キーワードペプチド / エピメラーゼ / ペプチドグリカン / リボソームペプチド / ポリグルタミン酸 / ペプチドエピメラーゼ / ラッソペプチド / 異性化 / タンパク質 / 異性化酵素 / γ-ポリグルタミン酸 / グルタミン酸エピメラーゼ / 生合成
研究成果の概要

(1)ペプチドグリカン新規生合成経路の中間体UDP-MurNAc-L-Ala-L-Gluの末端L-Gluのエピメリ化を触媒するMurLのX線結晶構造解析を行った結果、MurLの基質結合部位の揺らぎが判明し反応機構解析にはアデニル化された反応中間体との共結晶が必要なことがわかった。(2)リボソームにより合成されるMS-271ペプチドのC末のTrpを異性化するMslHのX線結晶構造解析を行い、活性残基、基質結合残基、2価金属を配位するアミノ残基を同定した。(3)ポリグルタミン酸に含まれるD-Gluの比率は、生合成酵素PgsAが決定していることを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

(1)ペプチドグリカンの新規生合成経路に関与するMurLは、イネ白葉枯病菌(Xanthomonas属細菌)や果樹病原菌(Xylella属細菌)が利用することから、その阻害剤を見出せれば特異的農薬としての開発が期待される。(2)MslHは補酵素を要求しない異性化酵素である。その反応機構が解明できれば他の酵素に応用し安価な光学活性化合物の製造に利用できる可能性がある。(3)ポリグルタミン酸は、乾燥土壌での保湿剤としての利用が見込まれているが分解されやすいのが難点である。D-Glu含有度が高いと分解されにくい報告がありD-Gluが100%のポリグルタミン酸の製造に応用できる可能性がある。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (51件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (38件) (うち国際学会 6件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] North Carolina State University(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Discovery of an alternative pathway of peptidoglycan biosynthesis: A new target for pathway specific inhibitors2021

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara Yasushi、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

      巻: 48 号: 9-10

    • DOI

      10.1093/jimb/kuab038

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of Cyclopropane Formation in the Biosyntheses of Hormaomycins and Belactosins: Sequential Nitration and Cyclopropanation by Metalloenzymes2021

    • 著者名/発表者名
      Li Xiaojun、Shimaya Ryo、Dairi Tohru、Chang Wei‐chen、Ogasawara Yasushi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 7

    • DOI

      10.1002/anie.202113189

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of pulvomycin as an inhibitor of the futalosine pathway2021

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara Yasushi、Umetsu Shuhei、Inahashi Yuki、Nonaka Kenichi、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 74 号: 11 ページ: 825-829

    • DOI

      10.1038/s41429-021-00465-8

    • NAID

      120007193348

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of the peptide epimerase MslH responsible for d-amino acid introduction at the C-terminus of ribosomal peptides2021

    • 著者名/発表者名
      Feng Zhi、Ogasawara Yasushi、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 12 号: 7 ページ: 2567-2574

    • DOI

      10.1039/d0sc06308h

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Flavonoids from Woodfordia fruticosa as potential SmltD inhibitors in the alternative biosynthetic pathway of peptidoglycan2021

    • 著者名/発表者名
      Lee Yuan-E、Kodama Takeshi、Win Nwet Nwet、Ki Dae-Won、Hoang Nhat Nam、Wong Chin Piow、Lae Khine Zar Wynn、Ngwe Hla、Dairi Tohru、Morita Hiroyuki
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 36 ページ: 127787-127787

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2021.127787

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] High Production of Ergothioneine in Escherichia coli using the Sulfoxide Synthase from Methylobacterium strains2020

    • 著者名/発表者名
      Kamide Tomoyuki、Takusagawa Shun、Tanaka Naoyuki、Ogasawara Yasushi、Kawano Yusuke、Ohtsu Iwao、Satoh Yasuharu、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Journal of Agricultural and Food Chemistry

      巻: 68 号: 23 ページ: 6390-6394

    • DOI

      10.1021/acs.jafc.0c01846

    • NAID

      120007044519

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent advances in functional analysis of polyunsaturated fatty acid synthases2020

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Shohei、Satoh Yasuharu、Ogasawara Yasushi、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Current Opinion in Chemical Biology

      巻: 59 ページ: 30-36

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2020.04.015

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Involvement of Peptide Epimerization in Poly-γ-glutamic Acid Biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara Yasushi、Shigematsu Mayuko、Sato Shota、Kato Hinata、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 21 号: 11 ページ: 3972-3975

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.9b01121

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In vitro characterization of MitE and MitB: Formation of N-acetylglucosaminyl-3-amino-5-hydroxybenzoyl-MmcB as a key intermediate in the biosynthesis of antitumor antibiotic mitomycins2019

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara Yasushi、Nakagawa Yo、Maruyama Chitose、Hamano Yoshimitsu、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 29 号: 16 ページ: 2076-2078

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2019.07.009

    • NAID

      120007132051

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biosynthetic Gene Cluster of a D-Tryptophan-Containing Lasso Peptide, MS-2712018

    • 著者名/発表者名
      Feng Zhi、Ogasawara Yasushi、Nomura Satoshi、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 19 号: 19 ページ: 2045-2048

    • DOI

      10.1002/cbic.201800315

    • NAID

      120006727595

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Peptide Epimerization Machineries Found in Microorganisms2018

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara Yasushi、Dairi Tohru
    • 雑誌名

      Front. Microbiol.

      巻: 9 ページ: 1-9

    • DOI

      10.3389/fmicb.2018.00156

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 高機能性生体分子の創成をめざした生合成マシナリーの基盤解明~新規ペプチドエピメラーゼの発見と機能解析~2022

    • 著者名/発表者名
      大利 徹
    • 学会等名
      科研費-新学術領域-生合成リデザイン取りまとめシンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 有用化合物の微生物発酵生産~EPAと抗酸化剤エルゴチオネイン~2022

    • 著者名/発表者名
      大利 徹
    • 学会等名
      ファーマラボ EXPO 大阪 アカデミックフォーラム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 微細藻類由来DHA合成酵素の炭素鎖伸長反応の解析2022

    • 著者名/発表者名
      仲間 陸、佐藤 康治、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2022年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 三員環構造を有するペプチド抗生物質ベラクトシンとホルマオマイシンの生合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      島谷 諒、大利 徹、小笠原 泰志
    • 学会等名
      2022年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ラッソペプチドRES-701の生合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      山谷 優花、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2022年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Involvement of Peptide Epimerization in the biosynthesis of Linaridin Class Ribosomally Synthesized and Post-translationally Modified Peptides2022

    • 著者名/発表者名
      Wanlu Xiao、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2022年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] New Peptide Epimerase in the Biosynthesis of a D-Tryptophan Containing Lasso Peptide, MS-2712021

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Ogasawara and Tohru Dairi
    • 学会等名
      Directing Biosynthesis
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis of a novel pathway for para-aminobenzoate biosynthesis in bacteria2021

    • 著者名/発表者名
      Wanlu Xiao, Yasuharu Satoh, Yasushi Ogasawara, Tohru Dairi
    • 学会等名
      日本農芸化学会北海道支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 微細藻類由来DHA合成酵素の炭素鎖長制御機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      仲間 陸、佐藤 康治、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      日本農芸化学会北海道支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 新規メナキノン生合成経路阻害剤の探索2021

    • 著者名/発表者名
      梅津 秀平、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      日本農芸化学会北海道支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Flavonoids from Woodfordia fruticosa as potential SmltD inhibitors in the alternative biosynthetic pathway of peptidoglycan2021

    • 著者名/発表者名
      Yuan-E Lee, Takeshi Kodama, Nwet Nwet Win, Dae-Won Ki, Tohru Dairi, Hiroyuki Morita
    • 学会等名
      日本生薬学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] メナキノン新規生合成経路阻害剤の探索2021

    • 著者名/発表者名
      梅津 秀平、小笠原 泰志、稲橋 佑起、野中 健一、大利 徹
    • 学会等名
      日本放線菌学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] メナキノン新規生合成経路阻害剤の探索2021

    • 著者名/発表者名
      梅津 秀平、小笠原 泰志、稲橋 佑起、野中 健一、大利 徹
    • 学会等名
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 三員環構造を有するペプチド抗生物質ベラクトシンとホルマオマイシンの生合成研究2021

    • 著者名/発表者名
      島谷 諒、大利 徹、小笠原 泰志
    • 学会等名
      日本農芸化学会北海道支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 微細藻類由来DHA合成酵素のdehydrataseドメインの機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      小林 飛悠、佐藤 康治、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      日本農芸化学会北海道支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Linaridin natural products containing d-amino acids2021

    • 著者名/発表者名
      Wanlu Xiao, Yasushi Ogasawara, and Tohru Dairi
    • 学会等名
      日本農芸化学会北海道支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 病原微生物が持つ特異代謝経路をターゲットとした高特異性抗生剤の探索2021

    • 著者名/発表者名
      大利 徹
    • 学会等名
      ファーマラボ EXPO [東京] アカデミックフォーラム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] New Enzymes catalyzing peptide epimerizations2021

    • 著者名/発表者名
      Tohru Dairi
    • 学会等名
      PacifiChem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規ATP依存ペプチドエピメラーゼMurLの反応機構解析2021

    • 著者名/発表者名
      中尾優文、小笠原泰志、佐藤康治、大利 徹
    • 学会等名
      2021年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Identification and Characterization of the Novel Peptide Epimerase Responsible for the C-terminal D-Tryptophan Introduction in the Biosynthesis of Lasso Peptide, MS-2712021

    • 著者名/発表者名
      Zhi Feng, Yasushi Ogasawara, and Tohru Dairi
    • 学会等名
      2021年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ポリグルタミン酸生合成におけるエピメリ化酵素の同定2021

    • 著者名/発表者名
      加藤陽菜多、小笠原泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2021年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質マイトマイシンの生合成解析2021

    • 著者名/発表者名
      中川 陽、小笠原泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2021年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 植物病原菌に見出した新規ペプチドグリカン生合成経路2020

    • 著者名/発表者名
      小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      第6回 北大・部局横断シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 新規ATP依存ペプチドエピメラーゼMurLの反応機構解析2020

    • 著者名/発表者名
      中尾 優文、小笠原 泰志、佐藤 康治、大利 徹
    • 学会等名
      2020年度 日本農芸化学会北海道支部/日本栄養・食糧学会北海道支部 合同学術講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ポリグルタミン酸生合成におけるエピメリ化酵素の同定2020

    • 著者名/発表者名
      加藤 陽菜多、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2020年度 日本農芸化学会北海道支部/日本栄養・食糧学会北海道支部 合同学術講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Identification and Characterization of the Peptide Epimerase Catalyzing Isomerization of the C-terminal L-Tryptophan Residue in the Biosynthesis of Lasso Peptide, MS-2712020

    • 著者名/発表者名
      Zhi Feng, Yasushi Ogasawara, and Tohru Dairi
    • 学会等名
      2020年度 日本農芸化学会北海道支部/日本栄養・食糧学会北海道支部 合同学術講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質マイトマイシンの生合成解析2020

    • 著者名/発表者名
      中川 陽、小笠原泰志、大利 徹
    • 学会等名
      2020年度 日本農芸化学会北海道支部/日本栄養・食糧学会北海道支部 合同学術講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] In vitro characterization of early steps in the biosynthesis of antitumor antibiotics mitomycins2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Ogasawara, Y. Nakagawa, C. Maruyama, Y. Hamano, and T. Dairi
    • 学会等名
      3rd International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Investigation of a novel epimerase in the biosynthesis of D-tryptophan containing lasso peptide, MS-2712020

    • 著者名/発表者名
      Z. Feng, Y. Ogasawara, and T. Dairi
    • 学会等名
      2020年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Biosynthetic Gene Cluster of a D-Tryptophan-containing lasso peptide, MS-2712019

    • 著者名/発表者名
      Z. Feng, Y. Ogasawara, S. Nomura, and T. Dairi
    • 学会等名
      International Symposium on Biopolymer Synthesis and degradation
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ポリグルタミン酸生合成における新規エピメリ化反応2019

    • 著者名/発表者名
      加藤 陽菜多、重松 真由子、佐藤 将太、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      第3回 新学術領域研究「生合成リデザイン」若手シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ポリグルタミン酸生合成における新規エピメリ化反応2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 将太、重松 真由子、加藤 陽菜多、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質マイトマイシンの生合成解析2019

    • 著者名/発表者名
      中川 陽、小笠原 泰志、大利 徹
    • 学会等名
      第71回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質マイトマイシンの初期生合成機構のin vitro解析2019

    • 著者名/発表者名
      中川 陽、小笠原 泰志、丸山 千登勢、濱野 吉十、大利 徹
    • 学会等名
      2019年度(第34回)日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Biosynthetic gene cluster of a D-tryptophan-containing lasso peptide, MS-2712019

    • 著者名/発表者名
      Z. Feng, Y. Ogasawara, S. Nomura, and T. Dairi
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia meeting on Chemical Biology and Drug Discovery
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biosynthetic Gene Cluster of a D-Tryptophan Containing Lasso Peptide, MS-2712019

    • 著者名/発表者名
      Zhi Feng, Yasushi Ogasawara, Satoshi Nomura and Tohru Dairi
    • 学会等名
      2nd China-Japan Joint Symposium on Natural Product Biosynthesis
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biosynthetic Gene Cluster of a D-Tryptophan Containing Lasso Peptide, MS-2712019

    • 著者名/発表者名
      Zhi Feng, Yasushi Ogasawara, Satoshi Nomura and Tohru Dairi
    • 学会等名
      2019年度日本農芸化学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Biosynthetic Gene Cluster of a-D-Tryptophan Containing Lasso Peptide, MS-2712018

    • 著者名/発表者名
      Zhi Feng, Yasushi Ogasawara, Satoshi Nomura and Tohru Dairi
    • 学会等名
      2018年度(第33回)日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] ペプチドの立体構造を反転させる新規酵素を発見~生理活性ペプチドの安定化への貢献に期待~

    • URL

      https://www.hokudai.ac.jp/news/2021/02/post-794.html

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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