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プロテアソームを中心とした分解ネットワークの解明

研究課題

研究課題/領域番号 18H03993
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関公益財団法人東京都医学総合研究所

研究代表者

佐伯 泰  公益財団法人東京都医学総合研究所, 基礎医科学研究分野, プロジェクトリーダー (80462779)

研究分担者 新井 大祐  早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (20624951)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
44,070千円 (直接経費: 33,900千円、間接経費: 10,170千円)
2021年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2020年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2019年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2018年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
キーワードプロテアソーム / ユビキチン / タンパク質分解 / 質量分析 / 細胞分化
研究成果の概要

細胞内の主要なタンパク質分解経路であるユビキチン・プロテアソーム系について、プロテアソームを中心とした分子ネットワークを解明し、ストレスや細胞分化による変動を解析することで、プロテアソーム分解を駆動する分子機構の詳細に迫った。1)プロテアソーム基質はp97-UFD1-NPL4複合体とRAD23Bにより選別され、プロテアソームに運搬されること、2)ストレス下において、プロテアソームはユビキチン化基質と共に液-液相分離し分解のための細胞内液滴を形成すること、3)ES細胞の神経細胞への分化に伴いプロテアソーム結合分子ECPASの発現が増加すること、細胞分化に必要であることが明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、高浸透圧ストレス下において、プロテアソームが分解のための細胞内液滴を形成すること、ユビキチン鎖とシャトル分子のマルチバレント相互作用が液-液相分離を駆動することを明らかにした(Nature 2020)。この研究成果はタンパク質分解の新たな様式であり、ライフサイエンス研究全般に大きなインパクトを与えた。また、ユビキチン依存的な液-液相分離の異常が、神経変性疾患で観察されるユビキチン陽性タンパク質封入体の形成に関与する可能性があり、神経変性疾患発症機構の理解につながる。また、プロテアソーム経路の分子機構の理解は、現在、爆発的に拡大しているユビキチン創薬の分子基盤となる研究である。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (20件) (うち国際共著 8件、 査読あり 20件、 オープンアクセス 17件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 3件、 招待講演 11件) 図書 (3件) 備考 (6件)

  • [国際共同研究] Max Planck Institute of Biochemistry(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] ENTREP/FAM189A2 encodes a new ITCH ubiquitin ligase activator that is downregulated in breast cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Takumi Tsunoda, Miho Riku, Norika Yamada, Hikaru Tsuchiya, Takuya Tomita, Minako Suzuki, Mari Kizuki, Akihito Inoko, Hideaki Ito, Kenta Murotani, Hideki Murakami, Yasushi Saeki, Kenji Kasai
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 23 号: 2

    • DOI

      10.15252/embr.202051182

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] RNA polymerase II condensate formation and association with Cajal and histone locus bodies in living human cells2021

    • 著者名/発表者名
      Imada Takashi、Shimi Takeshi、Kaiho Ai、Saeki Yasushi、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: - 号: 5 ページ: 298-312

    • DOI

      10.1111/gtc.12840

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ストレスとユビキチンに依存したプロテアソームの液–液相分離2020

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰、安田 さや香、土屋 光
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 92 号: 6 ページ: 822-826

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920822

    • NAID

      40022454281

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2020-12-25
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞内のユビキチン鎖長解析2020

    • 著者名/発表者名
      土屋 光、佐伯 泰
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 92 号: 1 ページ: 14-19

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920014

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2020-02-25
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multi-Step Ubiquitin Decoding Mechanism for Proteasomal Degradation2020

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya Hikaru、Endo Akinori、Saeki Yasushi
    • 雑誌名

      Pharmaceuticals

      巻: 13 号: 6 ページ: 128-128

    • DOI

      10.3390/ph13060128

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] α-synuclein strains that cause distinct pathologies differentially inhibit proteasome2020

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Genjiro、Imura Sei、Hosokawa Masato、Katsumata Ryu、Nonaka Takashi、Hisanaga Shin-Ichi、Saeki Yasushi、Hasegawa Masato
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 9

    • DOI

      10.7554/elife.56825

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stress- and ubiquitylation-dependent phase separation of the proteasome2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Sayaka、Tsuchiya Hikaru、Kaiho Ai、Guo Qiang、Ikeuchi Ken、Endo Akinori、Arai Naoko、Ohtake Fumiaki、Murata Shigeo、Inada Toshifumi、Baumeister Wolfgang、Fernandez-Busnadiego Ruben、Tanaka Keiji、Saeki Yasushi
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 578 号: 7794 ページ: 296-300

    • DOI

      10.1038/s41586-020-1982-9

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Two distinct modes of DNMT1 recruitment ensure stable maintenance DNA methylation2020

    • 著者名/発表者名
      A. Nishiyama, C. Mulholland, S. Bultmann, S. Kori, A. Endo, Y. Saeki, W. Qin, C. Trummer, Y. Chiba, H. Yokoyama, S. Kumamoto, T. Kawakami, H. Hojo, G. Nagae, H. Aburatani, K. Tanaka, K. Arita, H. Leonhardt, M. Nakanishi
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 11 号: 1 ページ: 1222-1222

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15006-4

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] RQT complex dissociates ribosomes collided on endogenous RQC substrate SDD12020

    • 著者名/発表者名
      Matsuo Yoshitaka、Tesina Petr、Nakajima Shizuka、Mizuno Masato、Endo Akinori、Buschauer Robert、Cheng Jingdong、Shounai Okuto、Ikeuchi Ken、Saeki Yasushi、Becker Thomas、Beckmann Roland、Inada Toshifumi
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology

      巻: 27 号: 4 ページ: 323-332

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0393-9

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 最先端プロテオミクス解析を用いたユビキチン研究2020

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 56 号: 1 ページ: 21-25

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.56.1_21

    • NAID

      130007779041

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stepwise multipolyubiquitination of p53 by the E6AP-E6 ubiquitin ligase complex2019

    • 著者名/発表者名
      Masuda Y, Saeki Y, Arai N, Kawai H, Kukimoto I, Tanaka K, Masutani C.
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 294 号: 41 ページ: 14860-14875

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.008374

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into ubiquitin recognition and Ufd1 interaction of Npl42019

    • 著者名/発表者名
      Sato Yusuke、Tsuchiya Hikaru、Yamagata Atsushi、Okatsu Kei、Tanaka Keiji、Saeki Yasushi、Fukai Shuya
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 5708-5708

    • DOI

      10.1038/s41467-019-13697-y

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Methods to measure ubiquitin chain length and linkage.2019

    • 著者名/発表者名
      Ohtake, F., Tsuchiya, H., Tanaka, K., and Saeki, Y.
    • 雑誌名

      Methods Enzymol

      巻: 618 ページ: 105-133

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2018.12.019

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Detection of ubiquitination activity and identification of ubiquitinated substrates using TR-TUBE2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshida, Y., Saeki, Y., Tsuchiya, H., and Tanaka, K.
    • 雑誌名

      Methods Enzymol

      巻: 618 ページ: 135-147

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2018.12.032

    • ISBN
      9780128163597
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Collided ribosomes form a unique structural interface to induce Hel2‐driven quality control pathways2019

    • 著者名/発表者名
      Ikeuchi Ken、Tesina Petr、Matsuo Yoshitaka、Sugiyama Takato、Cheng Jingdong、Saeki Yasushi、Tanaka Keiji、Becker Thomas、Beckmann Roland、Inada Toshifumi
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 38 号: 5

    • DOI

      10.15252/embj.2018100276

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Deubiquitylases USP5 and USP13 are recruited to and regulate heat-induced stress granules through their deubiquitylating activities2018

    • 著者名/発表者名
      Xie Xuan、Matsumoto Shunsuke、Endo Akinori、Fukushima Toshiaki、Kawahara Hiroyuki、Saeki Yasushi、Komada Masayuki
    • 雑誌名

      Journal of Cell Science

      巻: 131 号: 8 ページ: 210856-210856

    • DOI

      10.1242/jcs.210856

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] HERC2 facilitates BLM and WRN helicase complex interaction with RPA to suppress G-quadruplex DNA.2018

    • 著者名/発表者名
      Wu W, Rokutanda N, Takeuchi J, Lai Y, Maruyama R, Togashi Y, Nishikawa H, Arai N, Miyoshi Y,Suzuki N, Saeki Y, Tanaka K, Ohta T.
    • 雑誌名

      Cancer Res.

      巻: 78 号: 22 ページ: 6371-6385

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-18-1877

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Specific modification of aged proteasomes revealed by tag-exchangeable knock-in mice.2018

    • 著者名/発表者名
      Tomita, T., Hirayama, S., Sakurai, Y., Ohte, Y., Yoshihara, H., Saeki, Y., Hamazaki, J., and Murata, S.
    • 雑誌名

      Mol. Cell Biol.

      巻: 39 号: 1

    • DOI

      10.1128/mcb.00426-18

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sameuramide A, a new cyclic depsipeptide isolated from an ascidian of the family Didemnidae.2018

    • 著者名/発表者名
      Machida K, Arai D, Katsumata R, Otsuka S, Yamashita JK, Ye T, Tang S, Fusetani N, Nakao Y
    • 雑誌名

      Bioorg. Med. Chem.

      巻: 26 号: 13 ページ: 3852-3857

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2018.06.042

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Kakeromamide A, a new cyclic pentapeptide inducing astrocyte differentiation isolated from the marine cyanobacterium2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura F, Maejima H, Kawamura M, Arai D, Okino T, Zhao M, Ye T, Lee J, Chang Y-T, Fusetan N, Nakao Y
    • 雑誌名

      Bioorg.Med.Chem.Lett.

      巻: - 号: 12 ページ: 2206-2209

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2018.04.067

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] ユビキチン依存的なプロテアソームの液-液相分離2021

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰、土屋 光、遠藤彬則
    • 学会等名
      第94回日本生化学大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Understanding the ubiquitin-proteasome system by advanced proteomics2021

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Saeki、Hikaru Tsuchiya、Takuya Tomita、Akinori Endo
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RAD23BはLLPSを駆動するユビキチンデコーダーである2020

    • 著者名/発表者名
      遠藤彬則、土屋光、田中啓二、佐伯泰
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ケモテクノロジーと質量分析計を活用したユビキチンコードの解読2019

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰、遠藤彬則、土屋 光、大竹史明
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第14回年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ユビキチン研究の新展開―相分離から分解誘導剤まで2019

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 学会等名
      第19回 日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Orbitrap Fusion Lumosを使った革新的ユビキチン研究2019

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 学会等名
      サーモフィッシャーサイエンティフィック 質量分析フォーラム2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ユビキチンによるタンパク質分解のしくみ:We will degrade you!2019

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 学会等名
      第9回CSJ化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] MSを用いたユビキチンシグナルの網羅的解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 学会等名
      第11回 LC/MSワークショップ
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高浸透圧ストレスによるプロテアソーム液滴形成と核内タンパク質分解2019

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 学会等名
      第14回日本臨床ストレス応答学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Stress- and ubiquitylation-dependent phase separation of the proteasome2019

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Saeki
    • 学会等名
      42nd MBSJ, Symposium ”Frontiers of in-cell protein sciences”
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Ub-ProT reveals global length and composition of protein ubiquitylation in cells.2018

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Saeki
    • 学会等名
      The 8th Proteasome and Autophagy Congress.
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The Cdc48-Rad23/Dsk2 Axis Contributes to K48 Ubiquitin Chain Specificity of the Proteasome.2018

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Saeki
    • 学会等名
      FASEB SRC “Ubiquitin and Cellular Regulation”
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 相分離 メカニズムと疾患2021

    • 著者名/発表者名
      佐伯 泰
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758103954
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 相分離生物学の全貌2020

    • 著者名/発表者名
      土屋 光、佐伯 泰
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      東京化学同人
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] イメージング時代の構造生命科学2020

    • 著者名/発表者名
      安田さや香、田中啓二、佐伯 泰
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758103855
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 公益財団東京都医学総合研究所蛋白質代謝プロジェクトホームページ

    • URL

      https://www.igakuken.or.jp/pro-meta/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻ホームページ

    • URL

      http://www.cbms.k.u-tokyo.ac.jp/lab/rinsho.html#saeki

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [備考] 公益財団東京都医学総合研究所研究室ホームページ

    • URL

      https://www.igakuken.or.jp/pro-meta/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 公益財団法人東京都医学総合研究所蛋白質代謝研究室ホームページ

    • URL

      http://www.igakuken.or.jp/pro-meta/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [備考] 液-液相分離が担う核内タンパク質分解機構の発見

    • URL

      http://www.igakuken.or.jp/topics/2020/0205.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] Proteasome Phase separation for destruction

    • URL

      http://www.igakuken.or.jp/english/topics/2020/e-0206.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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