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複雑ネットワークの視点からの新規細胞タイプの進化

研究課題

研究課題/領域番号 18H04004
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
研究機関筑波大学

研究代表者

和田 洋  筑波大学, 生命環境系, 教授 (60303806)

研究分担者 矢田 哲士  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (10322728)
川島 武士  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (10378531)
市瀬 夏洋  京都大学, 情報学研究科, 特定准教授 (70302750)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
43,550千円 (直接経費: 33,500千円、間接経費: 10,050千円)
2022年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
2021年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
2020年度: 9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2019年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2018年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
キーワードネットワーク / 柔軟性 / 棘皮動物 / 個体変異 / 遺伝子発現ネットワーク / ウニ / 発生の頑健性 / 発生進化 / 遺伝子ネットワーク / 新規細胞 / プロモーター / 進化 / 遺伝子調節ネットワーク / 発生学的浮動 / 変異ロバスト性 / 新奇遺伝子 / 遺伝子制御ネットワーク / 新規細胞タイプ / ゲノム / 非モデル生物 / ヒトデ
研究成果の概要

遺伝子発現制御ネットワークの準安定状態が新規細胞タイプの進化に結びついたという仮説を検証すると同時に、その柔軟性が新規細胞タイプの進化の原動力となっていたという仮説の検証を目指した。理論研究から、ネットワークの安定性に遺伝子発現制御の入力と出力の分布が重要な役割を果たしていることを明らかにした。ウニのPmar1/HesCの二重抑制機構の進化のメカニズムに関する知見も得られ、初期発生過程の改変が発生を崩壊させることなく実現するメカニズムを解明した。最後に、ウニの発生過程における遺伝子発現に明瞭な個体差が見られることも明らかにし、遺伝子発現制御ネットーワの柔軟性を示す明瞭な証拠を提示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ダーウィンが「種の起源」を著す以前、多くの生物学者にとって、種内の個体差はノイズでしかなかった。しかし、ダーウィンはこの個体差に着目し、育種家が個体差に着目しながら、品種改良をしてきたことと対比させ、種の多様性、あるいは適応的な形態が個体変異を原動力として形成されることを論じた。現代でも発生過程の個体差は多くの発生学者にとってはノイズでしかないかもしれないが、この個体変異が形態進化の原動力になっている可能性を指摘したい。形態進化の視点からは、新しい準安定状態の探索を可能にしていると言える。このような発生の個体変異に新しい光を当て、集団発生生物学という新たな学問の形成にもつながると考えている。

報告書

(6件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2024 2023 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (13件) (うち査読あり 13件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Development of the vertebra and fin skeleton in the lamprey and its implications for the homology of vertebrate vertebrae.2024

    • 著者名/発表者名
      Hirofumi Kariyayama, Natalia Gogoleva, Keishi Harada, Hiromasa Yokoyama, Hiroki Ono, Daichi G. Suzuki, Yuji Yamazaki and Hiroshi Wada
    • 雑誌名

      Developmental Dynamics

      巻: 253 号: 3 ページ: 283-295

    • DOI

      10.1002/dvdy.657

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Early expression onset of tissue-specific effector genes during the specification process in sea urchin embryos.2023

    • 著者名/発表者名
      Shumpei Yamakawa, Atsuko Yamazaki, Yoshiaki Morino and Hiroshi Wada
    • 雑誌名

      EvoDevo

      巻: 14 号: 1 ページ: 7-7

    • DOI

      10.1186/s13227-023-00210-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Detection of TALEN-mediated genome cleavage during early embryonic stage of the starfish Patiria pectinifera.2023

    • 著者名/発表者名
      Shumpei Yamakawa, Yasunori Sasakura, Yoshiaki Morino and Hiroshi Wada
    • 雑誌名

      Developmental Dynamics

      巻: 252 号: 12 ページ: 1471-1481

    • DOI

      10.1002/dvdy.641

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamical robustness and its structural dependence in biological networks2021

    • 著者名/発表者名
      Ichinose N, Kawashima T, Yada T, Wada H
    • 雑誌名

      J Theor Biol

      巻: 526 ページ: 110808-110808

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2021.110808

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene regulation of adult skeletogenesis in starfish and modifications during gene network co-option2021

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki Atsuko、Yamakawa Shumpei、Morino Yoshiaki、Sasakura Yasunori、Wada Hiroshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 20111-20111

    • DOI

      10.1038/s41598-021-99521-4

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Generation of knock-in lampreys by CRISPR-Cas9-mediated genome engineering2021

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Daichi G.、Wada Hiroshi、Higashijima Shin-ichi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 19836-19836

    • DOI

      10.1038/s41598-021-99338-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Duplication of spiralian-specific TALE genes and evolution of the blastomere specification mechanism in the bivalve lineage2021

    • 著者名/発表者名
      Phuangphong Supanat、Tsunoda Jumpei、Wada Hiroshi、Morino Yoshiaki
    • 雑誌名

      EvoDevo

      巻: 12 号: 1 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1186/s13227-021-00181-2

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quasiperiodic-Chaotic Neural Networks and Short-Term Analog Memory.2021

    • 著者名/発表者名
      N. Ichinose
    • 雑誌名

      Int. J. Bifurc. Chaos

      巻: 31 号: 01 ページ: 1-18

    • DOI

      10.1142/s0218127421300032

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] pmar1/phb homeobox genes and the evolution of the double-negative gate for endomesoderm specification in echinoderms2020

    • 著者名/発表者名
      Yamazaki Atsuko、Morino Yoshiaki、Urata Makoto、Yamaguchi Masaaki、Minokawa Takuya、Furukawa Ryohei、Kondo Mariko、Wada Hiroshi
    • 雑誌名

      Development

      巻: 147 ページ: 182139-182139

    • DOI

      10.1242/dev.182139

    • NAID

      120007132931

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Establishment of the novel bivalve body plan through modification of early developmental events in mollusks2020

    • 著者名/発表者名
      Wada Hiroshi、Phuangphong Supanat、Hashimoto Naoki、Nagai Kiyohito
    • 雑誌名

      Evolution & Development

      巻: in press 号: 6 ページ: 463-470

    • DOI

      10.1111/ede.12334

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of the lamprey velum and implications for the evolution of the vertebrate jaw2020

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Hiromasa、Yoshimura Miho、Suzuki Daichi G.、Higashiyama Hiroki、Wada Hiroshi
    • 雑誌名

      Developmental Dynamics

      巻: 250 号: 1 ページ: 88-98

    • DOI

      10.1002/dvdy.243

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retinoic Acid Signaling Regulates the Metamorphosis of Feather Stars (Crinoidea, Echinodermata): Insight into the Evolution of the Animal Life Cycle2020

    • 著者名/発表者名
      Yamakawa Shumpei、Morino Yoshiaki、Kohtsuka Hisanori、Wada Hiroshi
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 10 号: 1 ページ: 37-37

    • DOI

      10.3390/biom10010037

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation of Metamorphosis by Environmental Cues and Retinoic Acid Signaling in the Lecithotrophic Larvae of the Starfish Astropecten latespinosus2019

    • 著者名/発表者名
      Yamakawa Shumpei、Morino Yoshiaki、Honda Masanao、Wada Hiroshi
    • 雑誌名

      The Biological Bulletin

      巻: 237 号: 3 ページ: 213-226

    • DOI

      10.1086/706039

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Interplay of the 2q-specific factors and within-lineage interactions in the SHELL field fate establishment2023

    • 著者名/発表者名
      Supanat Phuangphong, Yoshiaki Morino and Hiroshi Wada
    • 学会等名
      日本発生生物学会第56回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ウニ胚発生におけるPmar1- HesC 二重抑制機構の進化と klf2/4 の役割2023

    • 著者名/発表者名
      Nina Levine, Natalia Gogoleva, 山川隼平, 守野孔明,和田洋
    • 学会等名
      日本動物学会第94回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2025-01-30  

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