疾病機序理解のための遺伝子ネットワーク数理モデル基盤の構築

• 研究課題/領域番号: 18H04031
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 中区分50:腫瘍学およびその関連分野
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 岡田 眞里子 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (10342833)
• 研究分担者: 木村 周平 鳥取大学, 工学研究科, 教授 (20342777)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2022年度)
• 配分額: 43,810千円 (直接経費: 33,700千円、間接経費: 10,110千円); 2022年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円); 2021年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円); 2020年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円); 2019年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円); 2018年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円)
• キーワード: 数理モデル / シグナル伝達 / がん / 乳がん / TNBC / シミュレーション / 予測 / ゲノムデータ / 細胞周期 / ネットワーク / 大規模数理モデル / パラメータ推定

研究成果の概要

微分方程式を用いた細胞の数理モデリングは、発現量や変異などの多様な遺伝子情報を統合し、ネットワーク動態を解析することにより、各要素の影響を定量的に評価し、がんのメカニズムや薬剤感受性の予測が可能である。本研究では、がんシグナルネットワークの網羅的な数理モデルを構築し、遺伝子発現・変異情報を初期値やパラメータとして入力し、動態をシミュレーションすることにより、各要素の影響やがんの発症メカニズムを同定できる数理基盤を構築することを目指した。数理モデルと疾患オミクスデータを統合する計算ツールを開発し、これらの解析ツールを利用して、ネットワーク動態から、乳がんの予後分類と薬剤応答予測に成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、常微分方程式の数理モデルを用いて、遺伝子間のネットワーク動態から、ひとりひとりの患者のシグナル動態をインシリコで再現し、その解析から、メカニズムや薬剤応答の予測に成功した点で、がん研究の手法に新たな選択肢を加えた。また、数理モデルを用いて、スナップショットの生体分子の情報から、個体それぞれの動態を再構築するデジタルツインとしての利用も可能になり、がん以外の疾患にも応用できるようになった。この研究において、構築した数理モデリング基盤PasmopyおよびBioMASSは令和４年末までに、それぞれ、２万件以上、５万件以上ダウンロードされ、オープンサイエンスに大きく貢献した。

研究成果

• [国際共同研究] University College Dublin(アイルランド)
• [国際共同研究] UCLA(米国)
• [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)
• [国際共同研究] カリフォルニア大学ロサンジェ ルス校(米国)
• [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)
• [国際共同研究] カリフォルニア大学ロサンジェルス校(米国)
• [国際共同研究] 中国科学技術院(中国)
• [国際共同研究] University College Dublin(アイルランド)
• [国際共同研究] UCLA(米国)
• [国際共同研究] University of Chicago(米国)
• [雑誌論文] Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers. (2022)
  • 著者名/発表者名: Johannes N. Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada
  • 雑誌名: PLoS Genetics 巻: 18
  • DOI: 10.1101/2021.07.13.452147
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Systems biology of protein network (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 雑誌名: Biophys Rev 巻: 14 号: 6 ページ: 1231-1232
  • DOI: 10.1007/s12551-022-01023-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protocol for stratification of triple-negative breast cancer patients using in silico signaling dynamics (2022)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Imoto, Sawa Yamashiro, Ken Murakami, Mariko Okada. Protocol for stratification of triple-negative breast cancer patients using in silicosignaling dynamics.
  • 雑誌名: STAR Protoc 巻: 3 号: 3 ページ: 101619-101619
  • DOI: 10.1016/j.xpro.2022.101619
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A text-based computational framework for patient-specific modeling for classification of cancers (2022)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Imoto, Sawa Yamashiro, Mariko Okada
  • 雑誌名: iScience 巻: 25 号: 3 ページ: 103944-103944
  • DOI: 10.1016/j.isci.2022.103944
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Systems approaches to investigate the role of NF-κB signaling in aging (2022)
  • 著者名/発表者名: Masatoshi Haga, Mariko Okada
  • 雑誌名: Biochemical Journal 巻: 479 号: 2 ページ: 161-183
  • DOI: 10.1042/bcj20210547
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] IκBα is required for full transcriptional induction of some NFκB-regulated genes in response to TNF in MCF-7 cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Minami Ando, Shigeyuki Magi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Takeya Kasukawa, Diane Lefaudeux, Alexander Hoffmann, Mariko Okada
  • 雑誌名: NPJ systems biology and applications 巻: 7 号: 1 ページ: 1-15
  • DOI: 10.1038/s41540-021-00204-7
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A combination approach of pseudotime analysis and mathematical modeling for understanding drug-resistant mechanisms. (2021)
  • 著者名/発表者名: Shigeyuki Magi, Sewon Ki, Masao Ukai, Elisa Dominguez-Huettinger, Atsuhiko Naito, Yutaka Suzuki, Mariko Okada.
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 11 号: 1 ページ: 18511-18511
  • DOI: 10.1038/s41598-021-97887-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Reengineering protein-phosphorylation switches (2021)
  • 著者名/発表者名: Boris N Kholodenko, Mariko Okada
  • 雑誌名: Science 巻: 373 号: 6550 ページ: 25-26
  • DOI: 10.1126/science.abj5028
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Building patient‐specific models for receptor tyrosine kinase signaling networks (2021)
  • 著者名/発表者名: Ebata Kyoichi、Yamashiro Sawa、Iida Keita、Okada Mariko
  • 雑誌名: The FEBS Journal 巻: - 号: 1 ページ: 90-101
  • DOI: 10.1111/febs.15831
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mathematical Modeling and Transcriptome Profiling of Breast Cancer Cells During Tamoxifen Treatment Reveal Multiple Trajectories for Resistant Subtypes (2021)
  • 著者名/発表者名: Magi Shigeyuki、Ki Sewon、Ukai Masao、Naito Atsuhiko、Suzuki Yutaka、Okada Mariko
  • 雑誌名: Research Square 巻: -
  • DOI: 10.21203/rs.3.rs-136924/v1
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Cell Shape‐Based Chemical Screening Reveals an Epigenetic Network Mediated by Focal Adhesions (2021)
  • 著者名/発表者名: Kanazawa Tomomi、Michida Hiroki、Uchino Yuki、Ishihara Akari、Zhang Suxiang、Tabata Sho、Suzuki Yutaka、Imamoto Akira、Okada Mariko
  • 雑誌名: The FEBS Journal 巻: - 号: 19 ページ: 5613-5628
  • DOI: 10.1111/febs.15840
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression (2020)
  • 著者名/発表者名: Michida Hiroki、Imoto Hiroaki、Shinohara Hisaaki、Yumoto Noriko、Seki Masahide、Umeda Mana、Hayashi Tetsutaro、Nikaido Itoshi、Kasukawa Takeya、Suzuki Yutaka、Okada-Hatakeyama Mariko
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: 31 号: 9 ページ: 107724-107724
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107724
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A Computational Framework for Prediction and Analysis of Cancer Signaling Dynamics from RNA Sequencing Data?Application to the ErbB Receptor Signaling Pathway (2020)
  • 著者名/発表者名: Imoto Hiroaki、Zhang Suxiang、Okada Mariko
  • 雑誌名: Cancers 巻: 12 号: 10 ページ: 2878-2878
  • DOI: 10.3390/cancers12102878
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Inference of Genetic Networks From Time-Series and Static Gene Expression Data: Combining a Random-Forest-Based Inference Method With Feature Selection Methods (2020)
  • 著者名/発表者名: Kimura Shuhei、Fukutomi Ryo、Tokuhisa Masato、Okada Mariko
  • 雑誌名: Frontiers in Genetics 巻: 11
  • DOI: 10.3389/fgene.2020.595912
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The number of transcription factors at an enhancer determines switch-like gene expression. (2020)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Michida, Hiroaki Imoto, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Masahide Seki, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Kasukawa Takeya, Yutaka Suzuki, Mariko Okada-Hatakeyama.
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Computational prediction of the signal-dependent gene expression dynamics by integrating bioinformatics and modeling approaches. (2020)
  • 著者名/発表者名: Sufeng Chiang, Jia-Hsin Huang, Huai-Kuang Tsai, Mariko Okada.
  • 雑誌名: FEBS Letter 巻: - 号: 10 ページ: 1477-1496
  • DOI: 10.1002/1873-3468.13757
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Essential role of the Crk family-dosage in DiGeorge-like anomaly and metabolic homeostasis. (2020)
  • 著者名/発表者名: Akira Imamoto, Sewon Ki, Leiming Li, Kazunari Iwamoto, Venkat Maruthamuthu, John Devany, Ocean Lu, Tomomi Kanazawa, Suxiang Zhang, Takuji Yamada, Akiyoshi Hirayama, Shinji Fukuda, Yutaka Suzuki, Mariko Okada
  • 雑誌名: Life Science Alliance 巻: - 号: 2 ページ: e201900635-e201900635
  • DOI: 10.26508/lsa.201900635
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Signal-dependent regulation of early-response genes and cell cycle: a quantitative view (2019)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Imoto, Mariko Okada
  • 雑誌名: Current Opinion in Systems Biology 巻: -
  • 査読あり
• [雑誌論文] Postnatal liver functional maturation requires Cnot complex-mediated decay of mRNAs encoding cell cycle and immature liver genes (2019)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Toru、Kikuguchi Chisato、Nishijima Saori、Nagashima Takeshi、Takahashi Akinori、Okada Mariko、Yamamoto Tadashi
  • 雑誌名: Development 巻: 146 号: 4
  • DOI: 10.1242/dev.168146
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Hunt for the tipping point during endocrine resistance process in breast cancer by dynamic network biomarkers (2018)
  • 著者名/発表者名: Rui Liu, Jinzeng Wang, Masao Ukai, Ki Sewon, Pei Chen, Yutaka Suzuki, Haiyun Wang, Kazuyuki Aihara, Mariko Okada-Hatakeyama, Luonan Chen
  • 雑誌名: Journal of Molecular Cell Biology 巻: - 号: 8 ページ: 1-16
  • DOI: 10.1093/jmcb/mjy059
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Base-pairing probability in the microRNA stem region affects the binding and editing specificity of human A-to-I editing enzymes ADAR1-p110 and ADAR2 (2018)
  • 著者名/発表者名: Ishiguro Soh、Galipon Josephine、Ishii Rintaro、Suzuki Yutaka、Kondo Shinji、Okada-Hatakeyama Mariko、Tomita Masaru、Ui-Tei Kumiko
  • 雑誌名: RNA Biology 巻: 15 号: 7 ページ: 976-989
  • DOI: 10.1080/15476286.2018.1486658
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Tamoxifen mechanically reprograms the tumor microenvironment via HIF‐1A and reduces cancer cell survival (2018)
  • 著者名/発表者名: Cortes Ernesto、Lachowski Dariusz、Robinson Benjamin、Sarper Muge、Teppo Jaakko S、Thorpe Stephen D、Lieberthal Tyler J、Iwamoto Kazunari、Lee David A、Okada‐Hatakeyama Mariko、Varjosalo Markku T、del R?o Hern?ndez Armando E
  • 雑誌名: EMBO reports 巻: 20 号: 1
  • DOI: 10.15252/embr.201846557
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] [Regular Paper] Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-Series and Static Gene Expression Data (2018)
  • 著者名/発表者名: Kimura Shuhei、Tokuhisa Masato、Okada-Hatakeyama Mariko
  • 雑誌名: Proc. of the 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering 巻: - ページ: 98-103
  • DOI: 10.1109/bibe.2018.00026
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Pulmonary phagocyte-derived NPY controls the pathology of severe influenza virus infection (2018)
  • 著者名/発表者名: Seiki Fujiwara, Midori Hoshizaki, Yu Ichida, Dennis Lex, Etsushi Kuroda, Ken Ishii, Shigeyuki Magi, Mariko Okada, Hiroyuki Takao, Masahiro Gandou, Hirotaka Imai, Ryujiro Hara, Herbert Herzog, Akihiko Yoshimura, Hitoshi Okamura, Josef Penninger, Arthur Slutsky, Stefan Uhlig, Keiji Kuba, and Yumiko Imai
  • 雑誌名: Nature Microbiology 巻: 9 ページ: 460-460
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 疾患シグナルネットワークの患者固有モデルの構築と応用 (2023)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 日本生理学会第100回記念大会
• [学会発表] Osaka University WPI Premium Research Institute for Human Metaverse Medicine Kick-off Symposium (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: Patient-specific Modeling of Human Diseases.
  • 国際学会
• [学会発表] Gene expression heterogeneity arising from signaling networks. (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: INSERM-JSPS Joint Seminar
  • 国際学会
• [学会発表] Modeling cell-cell heterogeneity from a signaling network (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: IBS BIMAG seminar
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Gene expression heterogeneity arises from signaling networks (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: ICSB 2022 Berlin
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Pasmopy: Patient-Specific Modeling in Python for Classification of Cancers (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 8th Conference on Systems Biology of Mammalian cells
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] NF-κB転写制御におけるデジタル応答のメカニズム解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 臨床オミクスを用いた患者固有シミュレーション基盤と今後の展望 (2022)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 2022年日本バイオインフォマティクス学会年会 第1１回 生命医薬情報学連合大会
  • 招待講演
• [学会発表] 数理モデリングは本当に役に立つのか？臨床データ解析編 (2022)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 第433回CBI学会講演会 CBI学会関西部会
  • 招待講演
• [学会発表] Stratification of cancer patients based on the signaling dynamics. (2022)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2022
  • 国際学会
• [学会発表] A computational platform for mathematical modeling of cancer networks. (2021)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The international Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PacifiChem)
  • 国際学会
• [学会発表] 細胞AI学習に基づくがん増殖メカニズム同定法の開発 (2021)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 上原記念生命科学財団研究計画発表会
• [学会発表] バイオDXを支える誰にでも使いやすい細胞モデリング基盤の構築と応用 (2021)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: バイオDXの最前線JST CREST キックオフシンポジウム
• [学会発表] 個別化医療に向けた臨床オミクスデータの数理モデルへの適用 (2021)
  • 著者名/発表者名: 岡田 眞里子
  • 学会等名: 第47回東北眼疾患病態研究会
• [学会発表] 細胞シミュレーションによる患者固有モデルの構築 (2021)
  • 著者名/発表者名: 岡田 眞里子
  • 学会等名: 大阪大学 数理・データ科学教育研究センター主催 講演会 「医学研究における数理的方法」
• [学会発表] Prediction and validation of NF-kB mediated gene expression mechanisms in B cells using bulk and single cell sequencing data (2020)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: 8th Annual Meeting of the International Cytokine & Interferon Society
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Reclassification of cancer subtypes based on the dynamic cell behaviors (2020)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 1st International Symposium on Human InformatiX
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 細胞制御メカニズム理解のための数理モデル構築とツール開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 第16回 生物数学の理論とその応用ー生命現象の定量的理解に向けてー
  • 招待講演
• [学会発表] Quantitative analysis of immune response using Omics and imaging. (2019)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: 1st International Symposium on Inflammation Cellular Society
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Cooperative mechanism in epigenetic network controls gene expression quantity (2019)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: Bioinformatics Seminar, Academia Sinica, Taiwan
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Analyze immune response using Omics and imaging (2019)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 3rd International Symposium for Trans-Omics
  • 国際学会
• [学会発表] Quantitative analysis of biological networks using mathematical models (2019)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 9th International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2019
  • 国際学会
• [学会発表] Model-based understanding of cell proliferation (2019)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
• [学会発表] Analyze Omics data using kinetic model (2019)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
• [学会発表] Quantitative evaluation of kinase activities and transcriptional regulation using mathematical model (2019)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 第92回日本薬理学会年会
• [学会発表] Modeling and Omics analysis of NF-kB system (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: 'IPR Seminar "BioNetworks in Health and Diseases"
  • 国際学会
• [学会発表] 細胞ネットワークの数理モデリングと疾患研究への応用 (2018)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 公開シンポジウム「医療情報分析の実際」
  • 招待講演
• [学会発表] Integrative analysis to reveal transcriptional regulation of NF-kB (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: IMS-JSI International Symposium on Immunology 2018 "Checkpoint in medical science and its technology
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Modeling of signal-transcriptional network (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: 18th World Congress of Basic and Clinical Pharmacology (WCP2018 Kyoto)
  • 国際学会
• [学会発表] Quantitative transcriptional control of NF-kB (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: ISMB 2018, Chicago
  • 国際学会
• [学会発表] Quantitative transcriptional control of NF-kB (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: Seminar at UCLA Biology Institute
  • 国際学会
• [学会発表] Data-driven modelling of cellular network (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 2018 International Conference on Computational Systems B Biology (ISB 2018)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Mechanisms of biphasic transcriptional responses in cell fate regulation (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: RIKEN Center for Sustainable Resource Science (CSRS) Seminar
• [学会発表] Understanding biological systems from multi-order kinetics (2018)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 第91回日本生化学会大会「多次元速度論からの生物の理解」
• [学会発表] Quantitative analysis of transcriptional regulation (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: Seminar at Chinese Academy of Sciences, Shanghai
• [学会発表] Quantitative Transcription Control Mediated by Signaling Network (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: The 19th International Conference on Systems Biology (ICSB 2018)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Dynamics and regulatory principles of biological networks (2018)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 蛋白研６０週年記念講演会
• [学会発表] 細胞システム解析の考え方と基礎・応用 (2018)
  • 著者名/発表者名: 岡田眞里子
  • 学会等名: 第16回日本糖鎖科学コンソーシアム シンポジウム
• [学会発表] Signal-dependent transcriptional regulation for cell fate control (2018)
  • 著者名/発表者名: Mariko Okada
  • 学会等名: 3rd Symposium on Complex Biodynamics & Networks
  • 国際学会
• [図書] Quantitative imaging analysis of NF-κB for mathematical modelling applications. Computational Modeling of Signaling Networks (Edited by Lan Nguyen). (2020)
  • 著者名/発表者名: Johannes Nicolaus Wibisana, Takehiko Inaba, Yasushi Sako, Mariko Okada
  • 出版者: Methods in Molecular Biology, Springer Nature
• [備考] 数理モデリング基盤その他
  • URL: https://github.com/okadalabipr
• [備考] イン・シリコ患者固有モデルでがんの予後と薬剤応答を予測 細胞シミュレーションによる疾患分類法の開発
  • URL: https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2022/20220311_1
• [備考] Pasmopy Patient-Specific Modeling in Python
  • URL: https://github.com/okadalabipr/pasmopy
• [備考] 細胞モデリング基盤 BioMASS
  • URL: https://github.com/okadalabipr/biomass
• [備考] 細胞システム研究室
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/cell_systems/index_ja.html
• [備考] 蛋白質研究所 細胞システム研究室
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/cell_systems/
• [備考] 細胞システム研究室 数理モデル＠GitHub
  • URL: https://github.com/okadalabipr
• [産業財産権] 腫瘍のサブタイプ決定方法及びその応用、並びにサブタイプ決定のための方法 (2021)
  • 発明者名: 井元宏明、山城紗和、岡田眞里子
  • 権利者名: 井元宏明、山城紗和、岡田眞里子
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2021-128753
  • 出願年月日: 2021