| 研究課題/領域番号 |
18J01703
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
獣医学
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| 研究機関 | 北海道大学 |
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研究代表者 |
草木迫 浩大 北海道大学, 獣医学研究院, 特別研究員(PD)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-25 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | マダニ / 次世代シークエンサー / RNA-seq / 共生微生物 / 抗酸化 / 過酸化水素消去酵素 / カタラーゼ / 組換え蛋白質 / 次世代シークエンス解析 |
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| 研究実績の概要 |
本年度は、当初、マダニ由来 Cat 遺伝子並びに蛋白質の吸血期におけるマダニ体内での発現動態並びに局在解析を予定していた。しかし、今後必要となるマダニの人工吸血系を学べる機会を得られたため、ドイツで開催されたマダニとダニ媒介性感染症の国際学会である 13th International Symposium on Ticks and Tick-borne Diseases (ISTTBD-XIII) に参加した後、海外産マダニで人工吸血実験を行っているドイツ・ベルリン自由大学の Ard Nijhof 博士を訪問し、海外産マダニを用いた人工吸血技術の教示を受けた。そこで、海外産マダニ式の人工吸血装置を用いて日本産マダニを使用した人工吸血系を試行した。
一方、前年度より進めていたフタトゲチマダニのトランスクリプトーム解析を東京大学医科学研究所ヒトゲノムセンターのスーパーコンピューターである “SHIROKANE” を使用して進めた。方法としては、両性生殖系フタトゲチマダニである大分株を吸血前ならびに吸血後 2 日目に回収後に解剖し、臓器 (中腸、卵巣、唾液腺、マルピーギ管) をそれぞれ採取した。試料から全 RNA を抽出し、Illumina HiSeq を用いた RAN-seq 解析を行った。まず、得られたリードをトリミング後、Trinity を用いて全ての試料より得られたリードをアセンブルした。次に、TransDecoder を用いて、機能遺伝子の ORF の予測を行った後、Interproscan を使用してアノテーションを行った。最終的に 229,404 の遺伝子を推定し、その内 859 個の細菌由来の推定遺伝子が得られた。現在、これらの遺伝子配列において、細菌由来 Cat 遺伝子の検索を行っているところである。
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| 現在までの達成度 (段落) |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
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