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クロマチン構造解析から明らかにする成人T細胞白血病の発症分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 18J40119
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 腫瘍生物学
研究機関東京大学 (2019-2021)
京都大学 (2018)

研究代表者

田中 梓  東京大学, 医学系研究科, 特別研究員(RPD)

研究期間 (年度) 2019-01-04 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2021年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
キーワード成人T細胞白血病 / エピゲノム / 成人T細胞白血病ウイルス / クロマチン構造
研究実績の概要

成人T細胞白血病 (ATL) は、ヒトT細胞白血病ウイルス (HTLV-1: Human T-cell Leukemia Virus type 1) の感染により発症する難治性のT細胞悪性腫瘍である。多くの先行研究において、がんは遺伝子変異の蓄積と考えられ、様々ながんを対象に、発がんメカニズムの解明や治療標的分子の発見を目指した網羅的変異解析が行われてきた。しかし、近年、ヒストン修飾の変化などエピゲノムの異常も発がんに重要な役割を果たしていることが明らかになり、エピゲノムの異常をターゲットとした創薬の開発が期待される。そこで本研究では、オープンクロマチン領域をゲノムワイドに調べるATAC-seqという技術を用いて、ATL症例由来のHTLV-1感染細胞のクロマチン構造を健常人由来の細胞と比較解析することでATL発症機序の解明を目指してきた。
ATLと健常人由来の細胞の比較解析により、ATL特有のクロマチン構造異常とそれに関連する遺伝子発現の異常、転写因子の結合パターンの変化、症例間でクロマチン構造には大きくばらつきがあることなどを明らかにした。また、ATLはT細胞由来の白血病であるにも関わらず、そのクロマチン構造は必ずしもT細胞に類似しているわけではないこともわかった。ATLと同じHTLV-1関連疾患であるHTLV-1関連脊髄症のクロマチン構造解析も行い、ATLとHAMで共通しているクロマチン構造異常と遺伝子発現異常を明らかにした。そのような遺伝子の1つであるTLL1の機能解析も行った。これらの結果を元に、1細胞レベルでのクロマチン構造解析、遺伝子発現解析も実施した。本年度は最終年度ということもあり、これまで得られたデータをまとめた論文の作成に注力した。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Whole genome sequencing with long-reads reveals complex structure and origin of structural variation in human genetic variations and somatic mutations in cancer.2021

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto A, Wong JH, Yoshii Y, Akiyama S, Tanaka A, Yagi H, Shigemizu D, Nakagawa H, Mizokami M, and Shimada M.
    • 雑誌名

      Genome Medicine

      巻: 13 号: 1 ページ: 65-65

    • DOI

      10.1186/s13073-021-00883-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Systematic clustering algorithm for chromatin accessibility data and its application to hematopoietic cells2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Azusa、Ishitsuka Yasuhiro、Ohta Hiroki、Fujimoto Akihiro、Yasunaga Jun-ichirou、Matsuoka Masao
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 16 号: 11 ページ: e1008422-e1008422

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1008422

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of intermediate-sized deletions and inference of their impact on gene expression in a human population.2019

    • 著者名/発表者名
      Wong JH, Shigemizu D, Yoshii Y, Akiyama S, Tanaka A, Nakagawa H, Narumiya S, Fujimoto A
    • 雑誌名

      Genome Medicine

      巻: 11 号: 1 ページ: 44-44

    • DOI

      10.1186/s13073-019-0656-4

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 成人T細胞白血病細胞のクロマチン構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      田中梓、安永純一朗、藤本明洋、松岡雅雄
    • 学会等名
      第5回日本HTLV-1学会学術集会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-01-16   更新日: 2024-03-26  

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