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ヘテロ結合型力学モデルの構造設計による機能創生プロセスの探求

研究課題

研究課題/領域番号 18K03471
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分13010:数理物理および物性基礎関連
研究機関大阪電気通信大学

研究代表者

柳田 達雄  大阪電気通信大学, 工学部, 教授 (80242262)

研究分担者 中尾 裕也  東京工業大学, 工学院, 教授 (40344048)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード非線形・非平衡ダイナミクス / ビーズスプリングモデル / ハミルトン力学系 / 非一様性 / 特異摂動論 / エネルギー等分配 / ネットワーク / 高分子 / ハミルトン力学 / 緩和現象 / 多時間スケール / 高分子モデル / 準平衡状態 / 非線形ダイナミクス / 非一様エネルギー / マルコフ連鎖モンテカルロ法 / 構造デザイン / 多スケールダイナミクス / 非線形力学 / 緩和過程 / エネルギー不均一運動 / ヘテロ結合力学モデル / 非平衡ダイナミクス
研究成果の概要

共有結合・分子結合,分岐やループなどの非一様な結合構造による局所運動が生体高分子の機能に関与している.本研究は,生体高分子を粗視化した力学モデルである質点がバネでつながった系,ビーズスプリングモデル,が創出するダイナミクスを数値および理論的に解明し,機能生成に重要と考えられる不均一運動状態の動的生成機構を明らかにした.具体的には,1)ヘテロ結合分子と溶媒粒子が相互作用により系全体がエネルギー非一様状態となる準平衡状態が長時間維持される理論機構.2)分子内の非一様性運動の生成機構 3)動的剛性の生成機構を数値解析,エネルギー等分配則,特異摂動論により解明した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

生化学反応は構成要素のヘテロ結合により作り出された非平衡で多スケールのダイナミクスであり,分子の揺らぎや局所的な運動が機能に密接に関連している.高分子を粗視化した数理モデルであるビーズスプリング系を理論的,数値的に解析し,多時間スケールな結合構造から創出される現象:1)長時間維持される非平衡状態,2)高分子,溶媒のエネルギー非一様性,3)分子内での非一様なエネルギー状態,4)エネルギー励起に伴う分子形態の動的な変化,の数理機構を解明した.これらの基本機構が解明は,生体反応をはじめ交通網,流通網などの社会システムで起こりうる非一様性の生成や制御に対する指針が与えられ学際的な意義もある.

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 8件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Nonlinear phase-amplitude reduction of delay-induced oscillations2020

    • 著者名/発表者名
      Kotani Kiyoshi、Ogawa Yutaro、Shirasaka Sho、Akao Akihiko、Jimbo Yasuhiko、Nakao Hiroya
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 2 号: 3 ページ: 033106-033122

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.2.033106

    • NAID

      120006953169

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Turing patterns in a network-reduced FitzHugh-Nagumo model2020

    • 著者名/発表者名
      Carletti Timoteo、Nakao Hiroya
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 101 号: 2 ページ: 022203-0222015

    • DOI

      10.1103/physreve.101.022203

    • NAID

      120006953174

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Semiclassical optimization of entrainment stability and phase coherence in weakly forced quantum limit-cycle oscillators2020

    • 著者名/発表者名
      Kato Yuzuru、Nakao Hiroya
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 101 号: 1 ページ: 012210-012219

    • DOI

      10.1103/physreve.101.012210

    • NAID

      120006953175

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] バネで結合した鎖状質点系に現れる振動モードの解析2019

    • 著者名/発表者名
      YANAGITA Tatsuo、KONISHI Tetsuro
    • 雑誌名

      土木学会論文集A2(応用力学)

      巻: 75 号: 2 ページ: I_125-I_133

    • DOI

      10.2208/jscejam.75.2_I_125

    • NAID

      130007795410

    • ISSN
      2185-4661
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimization of linear and nonlinear interaction schemes for stable synchronization of weakly coupled limit-cycle oscillators2019

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Nobuhiro、Kato Yuzuru、Shirasaka Sho、Nakao Hiroya
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 100 号: 4 ページ: 042205-0422020

    • DOI

      10.1103/physreve.100.042205

    • NAID

      120006953177

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Semiclassical phase reduction theory for quantum synchronization2019

    • 著者名/発表者名
      Kato Yuzuru、Yamamoto Naoki、Nakao Hiroya
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 1 号: 3 ページ: 033012-0330127

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.1.033012

    • NAID

      120006953178

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phase reduction and synchronization of a network of coupled dynamical elements exhibiting collective oscillations2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroya Nakao, Sho Yasui, Masashi Ota, Kensuke Arai, and Yoji Kawamura
    • 雑誌名

      Chaos

      巻: 28 号: 4 ページ: 045103-045103

    • DOI

      10.1063/1.5009669

    • NAID

      120006953245

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Koopman eigenfunctionals and phase-amplitude reduction of rhythmic reaction-diffusion systems2018

    • 著者名/発表者名
      H. Nakao and I. Mezic
    • 雑誌名

      Proceedings of the SICE Annual Conference 2018

      巻: 1 ページ: 74-77

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 強結合 Bead-Spring 分子の準平衡状態の解析2021

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄,小西哲郎
    • 学会等名
      日本物理学会 第76回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 束縛鎖状系の運動エネルギーと分散の質量比依存性2021

    • 著者名/発表者名
      小西哲郎,柳田達雄
    • 学会等名
      日本物理学会 第76回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics of bead-spring model in quasi-equilibrium2021

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Yanagita
    • 学会等名
      Mathematical Science of Complex Systems: Physics, Chemistry, Biology, Information and Chaos
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Continuous Measurement and Feedback Control for Enhancement of Quantum Synchronization2020

    • 著者名/発表者名
      Yuzuru Kato and Hiroya Nakao
    • 学会等名
      Proceedings of the 59th IEEE Conference on Decision and Control (CDC)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ネットワーク結合バネ玉モデルにおける準平衡状態とエネルギー等分配への緩和2020

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄,小西哲郎
    • 学会等名
      日本物理学会 2020年第75回年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 束縛のある鎖状多体系の熱平衡状態:質点の運動エネルギーの分散2020

    • 著者名/発表者名
      小西哲郎,柳田達雄
    • 学会等名
      日本物理学会 2020年第75回年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] バネで結合した鎖状質点系に現れる振動モードの解析2020

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄,小西哲郎
    • 学会等名
      第65回理論応用力学講演会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 擬似的に束縛された系の準平衡状態と誘導的緩和現象とゆらぎ2019

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄,小西哲郎
    • 学会等名
      日本物理学会 2019年秋季大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Emergence of quasi-equilibrium in Hamiltonian system2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo YANAGITA
    • 学会等名
      XXXIX. Dynamics Days Europe, International Conference on Dynamics
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Koopman eigenfunctionals and reduced description of partial differential equations2019

    • 著者名/発表者名
      H. Nakao
    • 学会等名
      IPAM workshop on Operator Theoretic Methods in Dynamic Data Analysis and Control (Institute for pure and applied mathematics UCLA)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Slow relaxation to equipartition and emergence of quasi-equilibrium in slow-fast Hamiltonian systems2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Yanagita and Tetsuro Konishi
    • 学会等名
      The 10th Dynamics Days Asia Pacific Huaqiao University Xiamen China
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Emergence of quasi-equilibrium and slow relaxation to equipartition in heterogenous Hamiltonian dynamical systems2018

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Yanagita
    • 学会等名
      Dynamics Days Europe 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 擬似的に束縛された鎖状系の準平衡状態と誘導的緩和現象2018

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄・小西哲郎
    • 学会等名
      日本物理学会 2018年秋季大会 (同志社大学)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 束縛のある鎖状多体系の熱平衡状態:質点の運動エネルギーの期待値と末端部のエネルギー過剰2018

    • 著者名/発表者名
      小西哲郎・柳田達雄
    • 学会等名
      日本物理学会 2018年秋季大会(同志社大学)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 擬似的に束縛された鎖状系の緩和現象2018

    • 著者名/発表者名
      柳田達雄・小西哲郎
    • 学会等名
      日本物理学会 第73回年次大会(東京理科大学)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Phase and amplitude description of complex oscillatory systems2018

    • 著者名/発表者名
      H. Nakao
    • 学会等名
      Physics of Biological Oscillators: New Insights into Non- Equilibrium and Non-Autonomous Systems(Chicheley Hall Buckinghamshire UK)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phase-Amplitude Reduction - Synchronization and Control of Collective Oscillations in Networks of Dynamical Systems2018

    • 著者名/発表者名
      H. Nakao
    • 学会等名
      2018 Gordon Research Conference on Oscillations and Dynamic Instabilities in Chemical Systems(Les Diablerets Conference Center Les Diablerets Switzerland)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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