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水和水ダイナミクスによって誘起されるタンパク質機能関連モードの観測

研究課題

研究課題/領域番号 18K03559
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関自治医科大学

研究代表者

山本 直樹  自治医科大学, 医学部, 助教 (90580671)

研究分担者 富永 圭介  神戸大学, 分子フォトサイエンス研究センター, 教授 (30202203)
中西 真大  福岡工業大学, 工学部, 助教 (00707763)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードタンパク質水和 / 広帯域誘電分光 / 中性子散乱 / ダイナミクスと機能の相関 / タンパク質ダイナミクス / 水和水 / タンパク質機能活性化 / 水和水回転緩和 / テラヘルツ分光 / タンパク質の水和水 / ベクトルネットワークアナライザ / テラヘルツ時間領域分光 / 回転緩和 / 低振動運動 / タンパク質と水和水のダイナミクス / テラヘルツ時間領域分光計 / サブTHz領域
研究成果の概要

本研究ではサブTHz (THz = 1012 Hz)領域における水和タンパク質の複素誘電スペクトルを水和及び温度依存的に評価した。50 GHz(GHz = 109 Hz)まで測定可能なベクトルネットワークアナライザ、および0.02-0.3 THz領域が測定可能なテラヘルツ時間領域分光計を用いることによって、サブTHz領域の複素誘電率スペクトルを測定することができた。GHzからTHzにわたる広帯域複素誘電率スペクトルを理論式によって解析することでサブTHz領域に緩和と振動の性質を併せ持つようなスペクトル成分が存在することが明らかとなり、タンパク質機能発現に関わる構造揺らぎと推察された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、タンパク質まわりに存在する水、水和水がタンパク質ダイナミクスに果たす役割を理解するためのものであり、今回の結果より水和水とタンパク質の動きが互いに影響を及ぼしあうことでタンパク質の機能発現に必要な動きを活性化することが示唆された。また同時にその活性化が複雑な分子論的メカニズムによってもたらされることもわかり、計算機を用いた分子動力学シミュレーション等により理論的な理解を進める必要性があることもわかった。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 2件、 招待講演 8件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Freezable and Unfreezable Hydration Water: Distinct Contributions to Protein Dynamics Revealed by Neutron Scattering2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Naoki、Kofu Maiko、Nakajima Kenji、Nakagawa Hiroshi、Shibayama Naoya
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 号: 8 ページ: 2172-2176

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c03786

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Protein hydration dynamics probed by broadband dielectric spectroscopy and neutron scattering2020

    • 著者名/発表者名
      Naoki Yamamoto
    • 学会等名
      Dynamics of Chemical and Biological Systems, IIT Kampur
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 広帯域誘電分光によるタンパク質水和水ダイナミクスの評価2020

    • 著者名/発表者名
      山本直樹
    • 学会等名
      分子フォト研究会 「誘電応答から見るソフトマターの水和ダイナミクス」
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 広帯域誘電分光を用いたタンパク質水和水のダイナミクス観測2019

    • 著者名/発表者名
      山本直樹
    • 学会等名
      テラヘルツ分光で水を研究する会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein hydration water dynamics probed by broadband dielectric spectroscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Naoki Yamamoto
    • 学会等名
      International Conference on Chemical and Environmental Sciences 2019, Kolkata
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 広帯域誘電分光による水和タンパク質ダイナミクスの評価2019

    • 著者名/発表者名
      山本直樹
    • 学会等名
      東京大学 物性研究所 極限コヒーレント光科学セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] temperature and hydration dependence of protein dynamics studied by broadband dielectric spectroscopy and neutron scattering2019

    • 著者名/発表者名
      Naoki Yamamoto
    • 学会等名
      Indo-Japan workshop, 2019, Kobe, Japan
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Broadband dielectric spectroscopy on hydrated proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Naoki Yamamoto, Shota Ito, Kaoru Ohta, Masahiro Nakanishi, Atsuo Tamura, Eri Chatani, Hideki Kandori, Keisuke Tominaga
    • 学会等名
      Symposium on Advanced Spectroscopic Techniques, University of the Philippines Los Banos
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Broadband dielectric spectroscopy on proteins from sub-GHz to THz regions2018

    • 著者名/発表者名
      Naoki Yamamoto
    • 学会等名
      Indo-Japan mini-workshop -Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamentals to Applications in Chemistry and Biology-、Kobe University
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 凍る水と凍らない水;タンパク質の機能に関わる動きを制御する水分子の同定に成功

    • URL

      https://www.jichi.ac.jp/news/research/20210309/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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