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核酸の非構造部位の機能的役割と分子クラウディング効果の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K05325
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関甲南大学

研究代表者

中野 修一  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 教授 (70340908)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2019年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードDNA二重鎖 / グアニン四重鎖 / ハンマーヘッドリボザイム / 一本鎖ループ / 塩基性タンパク質 / テトラアルキルアンモニウムイオン / ポリアミン / 分子クラウディング / シトシン四重鎖 / キメラ核酸 / アルキルアンモニウム / DNA四重鎖 / テトラペンチルアンモニウムイオン / グアニン四重鎖結合タンパク質 / DNA四重鎖構造 / RGG配列ペプチド / DNAループ / 熱安定性 / 生体ポリアミン / DNA非標準構造 / ジアミン化合物 / DNA / RNA / 構造安定性
研究成果の概要

細胞内部のクラウディング環境が核酸の非構造部位に与える影響をin vitro実験により検討した。様々な種類の有機化合物あるいはタンパク質が作り出す分子環境における核酸構造の熱力学的安定性を調べた結果、嵩高いカチオン性物質は、DNAやRNAが形成する構造の非構造部位と優先的に結合し、長鎖の一本鎖ループ部位を有する二重鎖と四重鎖を安定化させることを見出した。さらに、ハンマーヘッドリボザイムの触媒活性を向上させることや、グアニン四重鎖の構造変化を引き起こすことも明らかにした。以上の成果から、細胞内部の分子環境では核酸の非構造部位は構造体形成に積極的に関わる可能性が示された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

カチオン性の有機化合物とタンパク質が大量に存在する分子環境は、核酸の構造形成、とくに長鎖ループ部位を有する非標準構造の形成に大きな影響を与えることを明らかにした。この知見は、細胞内部のクラウディング環境では核酸の非構造部位がこれまで考えられてきた以上に重要な役割をもつことを示唆している。本研究の成果は、核酸の構造と機能に関する分子クラウディング研究を進展させるとともに、細胞内の核酸構造の解明や機能性核酸の開発に役立つデータとしても有意義である。

報告書

(6件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Evaluation of weak interactions of proteins and organic cations with DNA duplex structures2022

    • 著者名/発表者名
      R. Morimoto, M. Horita, D. Yamaguchi, H. Nakai, and S. Nakano
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: 121 号: 15 ページ: 2873-2881

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.07.003

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 核酸医薬の効果に影響する細胞内物質のin vitro評価2022

    • 著者名/発表者名
      中野修一
    • 雑誌名

      Precision Medicine

      巻: 5 ページ: 64-67

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Enhancement of the catalytic activity of hammerhead ribozymes by organic cations2021

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, H. Yamashita, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 号: 17 ページ: 2721-2728

    • DOI

      10.1002/cbic.202100280

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 核酸医薬の配列設計のためのin vitro評価:細胞内物質との弱い相互作用の影響2021

    • 著者名/発表者名
      中野修一
    • 雑誌名

      BIO Clinica

      巻: 12 ページ: 82-84

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] 細胞の内部環境は核酸医薬に用いられるオリゴヌクレオチドにどのような影響を与えるか2020

    • 著者名/発表者名
      中野修一
    • 雑誌名

      月刊細胞

      巻: 52 ページ: 42-44

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Stabilization of DNA loop structures by large cations2019

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, T. Ayusawa, Y. Tanino, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 123 号: 36 ページ: 7687-7694

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b06074

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] DNAの構造遷移を促進する物質の探索2022

    • 著者名/発表者名
      梅野光莉、橋本留奈、中野修一
    • 学会等名
      第45回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内分子環境は不安定なDNA四重鎖の形成に有利に働く2021

    • 著者名/発表者名
      梅野光莉、宮嵜光一、林花莉、中野修一
    • 学会等名
      第44回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] What effects does intracellular environment have on nucleic acid structures?2021

    • 著者名/発表者名
      Shu-ichi Nakano
    • 学会等名
      Pacifichem2021(環太平洋国際化学会議)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 塩基性タンパク質を含む分子クラウディング環境におけるDNA四重鎖構造の安定化2020

    • 著者名/発表者名
      宮嵜光一、田辺一也、林花梨、武本満理奈、橋本留奈、梅野光莉、中野修一
    • 学会等名
      第43回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Stabilization of Noncanonical DNA Structures in the Presence of Bulky Cations2019

    • 著者名/発表者名
      Shu-ichi Nakano, Masao Horita, Kazuya Tanabe, Ryuta Morimoto, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細胞内分子環境が核酸の構造と機能に与える影響―モデル実験系を用いた解析2019

    • 著者名/発表者名
      中野修一
    • 学会等名
      新学術領域「分子夾雑の生命化学」第2回関東地区シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内分子環境がDNA四重鎖の形成に与える影響:モデル実験系による検討2019

    • 著者名/発表者名
      田辺和也、森田紗奈、橋本留奈、中野修一
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] カチオン性分子による不安定なDNA四重鎖構造の安定化2018

    • 著者名/発表者名
      森田紗奈、中野修一
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Influence of intracellular conditions on DNA and RNA: Insights from model studies2018

    • 著者名/発表者名
      Shu-ichi Nakano
    • 学会等名
      Konan Research Summit
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] 化学と工業(題「分子夾雑環境が制御する核酸分子の機能」)2019

    • 著者名/発表者名
      中野修一、杉本直己
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      日本化学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [備考] 甲南大学フロンティアサイエンス学部バイオ分子機能研究室

    • URL

      https://www.konan-u.ac.jp/hp/FIRST_bmflab/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2019 実施状況報告書
  • [備考] 甲南大学バイオ分子機能研究室ホームページ

    • URL

      https://www.konan-u.ac.jp/hp/FIRST_bmflab/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] バイオ分子機能研究室

    • URL

      https://www.konan-u.ac.jp/hp/FIRST_bmflab/

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.konan-u.ac.jp/hp/FIRST_bmflab/

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2024-01-30  

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