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生物に必須なポルフィリン環の構築メカニズムの解明:テトラピロールの生成と環化

研究課題

研究課題/領域番号 18K05326
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関久留米大学

研究代表者

佐藤 秀明  久留米大学, 医学部, 准教授 (60271996)

研究分担者 杉島 正一  久留米大学, 医学部, 准教授 (30379292)
塚口 舞 (古澤舞)  久留米大学, 医学部, 助教 (40624094)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードヘム生合成 / ポルフィリン生合成 / テトラピロール / X線結晶構造解析 / 酵素反応機構 / 結晶構造解析 / タンパク質間相互作用
研究成果の概要

8種の酵素が進める動物のヘム生合成経路のうち、第3段階で働くヒドロキシメチルビランシンターゼ(HMBS)は、ジピロメタン補因子に4分子の基質を順次縮合して生成物を合成する。本研究では、テトラピロールの構築について理解を深めるため、HMBSの反応機構について構造生物学的手法により検討した。ホロ型および補因子に1~4分子の基質を連結した反応中間体(ES1~ES4)を単離し、そのうちのホロ型とES2、またそれらと基質誘導体との複合体について結晶構造解析に成功した。得られた立体構造からHMBS反応の分子機構を考察した。特にピロール鎖の構築は、単一の基質結合部位での縮合反応の繰り返しで進むと判明した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヘム生合成経路においてピロール環を含む基質4分子からテトラピロールを構築する酵素HMBSが、どのように基質を捕らえて連結していくのかについて、基質誘導体との複合体の立体構造に基づいて示すことができた。このHMBSの基質結合部位に基質誘導体が結合した複合体の立体構造は、本研究で初めて明らかになったものである。研究成果は、ヘム生合成が遺伝的に障害されてポルフィリン前駆体が蓄積するポルフィリン症の原因の理解につながるものと期待される。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 2件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 2件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Hideaki、Sugishima Masakazu、Tsukaguchi Mai、Masuko Takahiro、Iijima Mikuru、Takano Mitsunori、Omata Yoshiaki、Hirabayashi Kei、Wada Kei、Hisaeda Yoshio、Yamamoto Ken
    • 雑誌名

      Biochemical Journal

      巻: 478 号: 5 ページ: 1023-1042

    • DOI

      10.1042/bcj20200996

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Conformational equilibrium of NADPH-cytochrome P450 oxidoreductase is essential for heme oxygenase reaction2020

    • 著者名/発表者名
      Sugishima M., Taira J., Sagara T., Nakao R., Sato H., Noguchi M., Fukuyama K., Yamamoto K., Yasunaga T., Sakamoto H.
    • 雑誌名

      Antioxidants

      巻: 9 号: 8 ページ: 1-13

    • DOI

      10.3390/antiox9080673

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Functional diversification of two bilin reductases for light perception and harvesting in unique cyanobacterium Acaryochloris marina MBIC 110172020

    • 著者名/発表者名
      Miyake Keita、Fushimi Keiji、Kashimoto Tomonori、Maeda Kaisei、Ni‐Ni‐Win、Kimura Hiroyuki、Sugishima Masakazu、Ikeuchi Masahiko、Narikawa Rei
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: - 号: 18 ページ: 4016-4031

    • DOI

      10.1111/febs.15230

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Bilin-metabolizing Enzymes: Site-specific Reductions Catalyzed by Two Different Type of Enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Sugishima, M., Wada, K., Unno, M., Fukuyama, K.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 59 ページ: 73-80

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2019.03.005

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupling of Redox and Structural States in Cytochrome P450 Reductase Studied by Molecular Dynamics Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Iijima Mikuru、Ohnuki Jun、Sato Takato、Sugishima Masakazu、Takano Mitsunori
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 9341-9341

    • DOI

      10.1038/s41598-019-45690-2

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structure of phytochromobilin synthase in complex with biliverdin IXα, a key enzyme in the biosynthesis of phytochrome2019

    • 著者名/発表者名
      Sugishima Masakazu、Wada Kei、Fukuyama Keiichi、Yamamoto Ken
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 295 号: 3 ページ: 771-782

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.011431

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structure of a NADPH-cytochrome P450 oxidoreductase (CYPOR) and heme oxygenase 1 fusion protein implies a conformational change in CYPOR upon NADPH/NADP+ binding2019

    • 著者名/発表者名
      Sugishima Masakazu、Sato Hideaki、Wada Kei、Yamamoto Ken
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 593 号: 8 ページ: 868-875

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13360

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent Advances in the Understanding of the Reaction Chemistries of the Heme Catabolizing Enzymes HO and BVR Based on High Resolution Protein Structures2018

    • 著者名/発表者名
      Sugishima M, Wada K, Fukuyama K.
    • 雑誌名

      Current Medicinal Chemistry

      巻: 26 号: 21 ページ: 3499-3518

    • DOI

      10.2174/0929867326666181217142715

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal Growth of a Bilin Reductase PcyA I86D Mutant-Substrate Complex for Neutron Crystallography2018

    • 著者名/発表者名
      Igarashi Keisuke、Hagiwara Yoshinori、Sugishima Masakazu、Wada Kei、Fukuyama Keiichi、Ikeda Atsushi、Yano Naomine、Kusaka Katsuhiro、Ostermann Andreas、Unno Masaki
    • 雑誌名

      Crystal Growth & Design

      巻: 18 号: 9 ページ: 5174-5181

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.8b00607

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 光応答タンパク質フィトクロムの発色団合成機構2020

    • 著者名/発表者名
      杉島 正一、和田 啓、福山 恵一、山本 健
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] フィトクロム発色団合成酵素HY2の結晶大型化に向けて2020

    • 著者名/発表者名
      杉島正一、和田啓、齋藤夏希、海野昌喜、福山恵一、山本健
    • 学会等名
      日本結晶学会 令和2年(2020年)度年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ヒドロキシメチルビラン合成酵素の反応中間体と基質誘導体との複合体の結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀明,杉島 正一,塚口 舞,増子 隆博,小俣 義明,和田 啓,久枝 良雄,山本 健
    • 学会等名
      2019年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] フィトクロム発色団合成酵素のX線結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      杉島 正一,和田 啓,山本 健
    • 学会等名
      2019年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 基質誘導体を結合したヒト由来ヒドロキシメチルビランシンターゼ反応中間体の結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀明,杉島 正一,塚口 舞,増子 隆博,小俣 義明,和田 啓,久枝 良雄,山本 健
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 基質誘導体を結合したヒドロキシメチルビランシンターゼ反応中間体の構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀明,杉島 正一,塚口 舞,増子 隆博,小俣 義明,和田 啓,久枝 良雄,山本 健
    • 学会等名
      第43回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] フィトクロモビリン合成酵素の酵素反応と立体構造2019

    • 著者名/発表者名
      杉島 正一,和田 啓,山本 健
    • 学会等名
      第43回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] ヘム生合成経路におけるピロール結合反応の分子機構2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀明
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] ヘム分解酵素HO-1によるCOとO2の厳密な識別機構2019

    • 著者名/発表者名
      杉島 正一
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 赤色光受容体フィトクロムの光受容色素合成に必須な酵素の立体構造と機能2019

    • 著者名/発表者名
      杉島 正一,和田 啓,福山 恵一,山本 健
    • 学会等名
      日本結晶学会令和元年(2019年)度年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒドロキシメチルビランシンターゼの反応中間体と基質類似体との複合体の結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤秀明,杉島正一,塚口 舞,増子隆博,小俣義明,和田 啓,久枝良雄,山本 健
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 基質を2分子結合したヒドロキシメチルビラン合成酵素のX線結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤秀明,杉島正一,塚口 舞,増子隆博,小俣義明,和田 啓,久枝良雄,山本 健
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] NADP添加によるNADPH-シトクロムP450還元酵素とヘムオキシゲナーゼ間の相互作用増大の構造的要因2018

    • 著者名/発表者名
      杉島正一,佐藤秀明,和田 啓,平 順一,坂本 寛,山本 健
    • 学会等名
      平成30年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 構造変化を伴うNADPH-シトクロムP450還元酵素とヘムオキシゲナーゼ-1の複合体形成の沈降平衡法による解析2018

    • 著者名/発表者名
      平 順一、相良達哉、杉島正一、坂本 寛
    • 学会等名
      平成30年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ヘム分解関連酵素間の特異的相互作用を基盤とする分子内FRETヘムプローブの開発2018

    • 著者名/発表者名
      松田和也、井之上実希、平 順一、小松英幸、杉島正一、坂本 寛
    • 学会等名
      平成30年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Coupling of the Redox and Structural States in Cytochrome P450 Reductase Studied by Molecular Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Iijima M, Ohnuki J, Sato T, Sugishima M, Takano M
    • 学会等名
      The 32nd Annual Symposium of The Protein Society
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ヒドロキシメチルビラン合成酵素(HMBS)の酵素反応と構造変化2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤秀明,杉島正一,塚口 舞,増子隆博,小俣義明,和田 啓,久枝良雄,山本 健
    • 学会等名
      第42回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 2分子の基質を結合したヒトヒドロキシメチルビランシンターゼの結晶構造2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤秀明,杉島正一,塚口 舞,増子隆博,小俣義明,和田 啓,久枝良雄,山本 健
    • 学会等名
      第91回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] HO-CPR人工融合タンパク質の結晶構造2018

    • 著者名/発表者名
      杉島正一,佐藤秀明,和田 啓,平 順一,坂本 寛,山本 健
    • 学会等名
      日本結晶学会2018年度年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Crystal structure of the substrate bound form of biliverdin reductase with unpredicted substrate-stacked geometry revealed unique reaction mechanism2018

    • 著者名/発表者名
      Haruna Takao, Kei Hirabayashi, Jiro Harada, Hideaki Sato, Keiichi Fukuyama, Masakazu Sugishima, Kei Wada
    • 学会等名
      AsCA 2018/CRYSTAL 32: The combined conference of the Asian Crystallographic Association (AsCA) and the Society of Crystallographers in Australia and New Zealand (SCANZ)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 久留米大学研究者紹介:佐藤秀明

    • URL

      http://research.kurume-u.ac.jp/data.php?scode=54025632885110

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 久留米大学研究者紹介:佐藤秀明

    • URL

      http://research.kurume-u.ac.jp/data.php?scode=54025632885110

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [備考] 久留米大学研究者紹介:佐藤秀明

    • URL

      http://research.kurume-u.ac.jp/data.php?scode=62235632885110

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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