| 研究課題/領域番号 |
18K05556
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分38060:応用分子細胞生物学関連
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| 研究機関 | 島根大学 |
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研究代表者 |
加藤 太陽 島根大学, 学術研究院医学・看護学系, 准教授 (40548418)
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| 研究分担者 |
浦野 健 島根大学, 学術研究院医学・看護学系, 教授 (70293701)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | ヌクレオソーム / エピジェネティクス / DNA / ヒストン / ソフトウェア / DNA塩基配列 / クロマチン制御 |
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| 研究成果の概要 |
ヌクレオソームDNAの内部塩基配列がどのようにしてヌクレオソーム動的制御に関わるかを理解するためには、ヌクレオソーム配置を予測する信頼性の高いツールが必要です。このため我々は、nuCposというR/Bioconductorパッケージを開発し、様々な側面からこのツールを検証しました。MNase-seqに基づくツールに比べて、nuCposは高い精度でヌクレオソーム配置を予測します。詳細な調査は、ヌクレオソームのケミカルマップの高解像度がDNAのヒストンと接する面の認識に寄与することを示しました。このツールを使えば、自然配列および人口配列のヌクレオソーム形成への親和性を予測することができます。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ヒトを含む真核生物の染色体DNAは、ヒストンタンパク質にDNAが巻きついたヌクレオソームを基本単位として核の中に収納されています。ヌクレオソームの配置はエピジェネティクス制御に重要ですが、一見無秩序に並んでいるように見えるDNAの塩基配列が、ヌクレオソームの配置にどう寄与するのかわかっていません。本研究ではDNA配列からヌクレオソーム配置を予測するソフトウェアを開発しました。これは、DNA配列とヌクレオソーム配置の関係や、遺伝的多様性とエピジェネティクスの関係を、さらに詳細に理解するための手がかりになると期待されます。
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