| 研究課題/領域番号 |
18K05587
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分39010:遺伝育種科学関連
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
市田 裕之 国立研究開発法人理化学研究所, 仁科加速器科学研究センター, チームリーダー (80513382)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2019年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | イネ / SNPタイピング / 重イオンビーム / 耐塩性 / 変異体 / 突然変異 / 一塩基多型 / ゲノム解析 / マッピング |
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| 研究成果の概要 |
研究目的に応じて一塩基多型などを含むターゲット領域を任意に選択して回収する、オープンソースのターゲット濃縮技術を開発した。イネ品種間に存在する一塩基多型（SNP）をモデルにターゲット濃縮を行い、得られたDNA配列を解析したところ、遺伝子型を決定するSNP領域の前後各50 bpをターゲットとすることで実用的な感度で遺伝子型が決定できることを示した。また、ミヤコグサの組換え自殖系統を用い、ランダムに抽出した22,327のSNP座位をターゲットにSNP濃縮を行った結果、8サンプルを予め混合してシーケンシングした場合でも大部分のSNP座の遺伝子型を正確に決定可能であり、本法の有用性を実証した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究では商用プラットフォームに依存しない、オープンソースなターゲット濃縮法を開発し、その有効性を複数の生物種で実証した。本研究で確立したターゲット濃縮法を用いることで、研究目的に応じて解析ターゲットを柔軟に設定し、ゲノム上に散在する2万ヶ所以上の領域における遺伝子型を一斉に解析することができる。これにより、従来のマーカー選抜育種では不可能であった、極めて多数の領域における遺伝子型を指標とした集団規模の系統選抜が可能となり、画期的な新品種などの創出に寄与することが期待できる。
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