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遺伝統計学的手法によるカンキツ在来品種の類縁関係推定とゲノム伝達様式の評価

研究課題

研究課題/領域番号 18K05634
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分39030:園芸科学関連
研究機関国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構

研究代表者

清水 徳朗  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 果樹茶業研究部門, 上級研究員 (90355404)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード果樹 / カンキツ / 育種 / 系譜 / DNAマーカー / 多型 / ゲノム / バイオインフォマティクス / DNAマーカー分析 / ゲノム解析 / 栽培化 / 遺伝資源 / 遺伝子型 / 遺伝的多様性 / 親子関係 / 遺伝 / 品種分化
研究成果の概要

カンキツ在来品種2,000点以上の網羅的遺伝子型解析から、ナツミカン系統の同一性を確認するとともに、新規な親子関係を見出した。国内自生タチバナの調査から、自生地内でクローンとして個体が維持されていることを確認し、また新規8系統を含む11系統のタチバナを見出した。これらタチバナ系統の遺伝的類似性や地理的分布から、タチバナは主に宮崎県で発生し、タチバナ-Bがヤマトタチバナであることを見出した。系譜情報の育種実装を図るためにゲノムワイド多型の抽出法を確立し、従来の育種の制約を回避する新規な手法「カンキツ2.0」を提唱するとともに、GRAS-Diを利用したゲノムワイド多型推定法の開発を開始した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

遺伝子型をもとにカンキツの品種、系統の同一性を示すことで、品種異名の混乱を回避することが可能となった。また、従来一つとされてきたタチバナで11の系統が確認され、それらの発生地が宮崎県と推定されたことや、ヤマトタチバナを特定することができたことで、カンキツ研究に新ページを開いただけでなく、人文や歴史研究の深化にも貢献する。また、解明された系譜とゲノム情報を統合することで従来のカンキツ育種の制約の回避と効率化が可能となる。ゲノムワイド多型を利用して形質予測精度を向上する手法の開発にも着手し、カンキツを始めとする育種を効率化する。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] General Utilities for Genotyping Study (GUGS): A Comprehensive Application in Genotype and Sequence Data Manipulation2021

    • 著者名/発表者名
      Shimizu, T
    • 雑誌名

      JARQ: Japan Agricultural Research Quarterly

      巻: 55(2)

    • NAID

      130008112930

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Markers, Maps, and Marker-Assisted Selection2020

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Tokurou、Aka Kacar Y?ld?z、Cristofani-Yaly Mari?ngela、Curtolo Maiara、Machado Marcos Antonio
    • 雑誌名

      The Citrus Genome (Gentile A, La Malfa S and Deng Z eds.)

      巻: 7 ページ: 107-139

    • DOI

      10.1007/978-3-030-15308-3_7

    • ISBN
      9783030107994, 9783030153083
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 静岡県沼津市戸田の自生タチバナ群落の多様性解析とその維持機構の推定2020

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗、長倉建治、奥田薫樹、稲木博文、奥田勇、遠藤重由
    • 雑誌名

      園芸学研究

      巻: 19 ページ: 141-149

    • NAID

      130007866838

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A model for the domestication and diversification processes of modern citrus cultivars in Japan2019

    • 著者名/発表者名
      Shimizu T.、Kitajima A.、Nonaka K.、Yoshioka T.、Ohta S.、Goto S.、Kaminuma E.、Nakamura Y.
    • 雑誌名

      Acta Horticulturae

      巻: 1230 号: 1230 ページ: 7-14

    • DOI

      10.17660/actahortic.2019.1230.2

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Determining the parental combinations of the triploid acid citrus cultivars ‘Yellow Bell’ and ‘Tahiti lime’ using DNA marker analyses2019

    • 著者名/発表者名
      Nakano Michiharu, Shimizu Tokurou(CA), Sugawa Shun,Kaneyoshi Junko, Kita Masasyuki, Yoshioka Terutaka, Kitajima Akira
    • 雑誌名

      Scientia Horticulturae

      巻: 246 ページ: 893-897

    • DOI

      10.1016/j.scienta.2018.11.071

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 静岡県沼津市戸田の自生タチバナ群落の多様性解析とその維持機構の推定2020

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗、長倉建治、奥田薫樹、稲木博文、奥田勇、遠藤重由
    • 学会等名
      園芸学会2020年春季大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 在来カンキツ品種の来歴と系譜から推定した日本における多様性拡大と栽培化のモデル2018

    • 著者名/発表者名
      清水徳朗・北島宣・野中圭介・吉岡照高・太田智・後藤新悟・神沼英理・中村保一
    • 学会等名
      園芸学会平成30年度秋季大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [図書] 果樹 vol.12 主要品種の来歴と栽培化の過程2019

    • 著者名/発表者名
      農文協編
    • 総ページ数
      220
    • 出版者
      農山漁村文化協会
    • ISBN
      9784540190551
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 果樹 vol.12 国内での品種伝搬と在来品種の多様性拡大2019

    • 著者名/発表者名
      農文協編
    • 総ページ数
      220
    • 出版者
      農山漁村文化協会
    • ISBN
      9784540190551
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-12-28  

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