沖縄遺跡群より出土するジュゴン骨の遺伝的解析

• 研究課題/領域番号: 18K05685
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分39060:生物資源保全学関連
• 研究機関: 山梨大学
• 研究代表者: 角田 恒雄 山梨大学, 大学院総合研究部, 特任助教 (80446575)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2020年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2018年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: 古代DNA / 生物多様性保全 / 海生哺乳類 / ジュゴン / 遺伝的多様性 / 基礎的遺伝情報 / 絶滅危惧生物

研究成果の概要

本研究は沖縄各地の遺跡より発掘されるジュゴン骨の古代DNAを対象とし、遺伝的多様性の推定を目的とした。沖縄県の遺跡から出土した骨試料を対象に実験を行なった結果、数十塩基対程度の古代DNAを抽出に成功した。本ミトコンドリアDNAデータと海外データを比較したところ、少なくともフィリピンを除く他海域集団とは異なるSNPを持つという結果が得られた。一方、NGSによる分析を試みた結果、対象由来のDNA回収量が予想を超えて遥かに微量であったことが影響し、詳細な分析が困難であった。2021年度からの研究課題では、ジュゴンのゲノムデータ取得と利用を予定しており、NGSによる詳細な分析の実施ができると考える。

研究成果の学術的意義や社会的意義

国際自然保護連合によって絶滅危惧種に指定されている本種は、各国で食性や生息域といった生態調査から、個体群や地域集団のDNA分析など活発な研究活動が幅広く行われている。一方、わが国では目視観察や鳴音探知調査といった生息状況調査の他は、環境省（2004）以降行われていなかった。現生ジュゴン最北の生息地である沖縄近海を対象とし、かつ遺跡時代の個体を対象とした本DNA分析での成果は、得られたデータは僅かであったが、遺跡骨から抽出できるDNAの状態を把握し、現在進めているNGS分析の貴重な基礎データとして活用されている。

研究成果

• [雑誌論文] Shinohara A, IbukiI S, Kakuda T, Kameda Y. Pamphilius japonicus feeds on Cornus: the first Old World record of Pamphiliidae (Hymenoptera) associated with Cornaceae (2019)
  • 著者名/発表者名: Shinohara A, IbukiI S, Kakuda T, Kameda Y
  • 雑誌名: Zootaxa 巻: 4585(2) 号: 2 ページ: 343-350
  • DOI: 10.11646/zootaxa.4585.2.7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 韓国加徳島項遺跡出土人骨のDNA分析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一，神澤秀明，角田恒雄，安達登
  • 雑誌名: 文物 (Mumuru) 巻: 9 ページ: 167-206
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] 西北九州弥生人の遺伝的な特徴 (2019)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一，神澤秀明，角田恒雄，安達登
  • 雑誌名: Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ （Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｓｅｒｉｅｓ） 巻: 127 号: 1 ページ: 25-43
  • DOI: 10.1537/asj.1904231
  • NAID: 130007668339
  • ISSN: 1344-3992, 1348-8813
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mitochondrial DNA analysis of the skeletal remains excavated from the old Tokijin tomb, located in the Nakijin village of Okinawa Island (2019)
  • 著者名/発表者名: Shinoda K, Kakuda T, Doi N
  • 雑誌名: Bull. Natl. Mus. Nat. Sci. 巻: Ser. D, 44 ページ: 1-8
  • NAID: 40021883800
  • 査読あり
• [雑誌論文] ranio-morphometric and aDNA corroboration of the Austronesian dispersal model in ancient Island Southeast Asia: Support from Gua Harimau, Indonesia (2018)
  • 著者名/発表者名: Matsumura H, Shinoda K, Shimanjuntak T, Oktaviana A A, Noerwidi S, SofianH O, Prastiningtyas D, NguyenL C, Kakuda T, Kanzawa-Kiriyama H, Adachi N, Hung H-C, Fan X, Wu X, Willis A and Oxenham MF
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 13(6) 号: 6 ページ: 1-25
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0198689
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] DNA Barcodes Identify the Larvae and Unassociated Male of Three Onycholyda Sawflies (Hymenoptera, Pamphiliidae) from China (2018)
  • 著者名/発表者名: Shinohara A, Kakuda T, Wei M, Kameda Y
  • 雑誌名: Zootaxa 巻: 4403(1) 号: 1 ページ: 123-132
  • DOI: 10.11646/zootaxa.4403.1.7
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] ミトコンドリアDNA分析からみた日本人の起源 (2019)
  • 著者名/発表者名: 角田恒雄
  • 学会等名: 湘南ひらつかキャンパス開設３０年記念 理学部・理学研究科卒業生による講演会（第4回）
  • 招待講演
• [学会発表] 新規プライマーセットを用いた高感度性別判定法の開発 (2019)
  • 著者名/発表者名: 藤本佳那, 藤井元人, 猩々英紀, 角田恒雄,上木耕一郎, 安達登
  • 学会等名: 日本DNA多型学会第28回学術集会
• [学会発表] 日本列島古代人のCPT1A欠損症関連遺伝子変異の分布 (2019)
  • 著者名/発表者名: 安達登，神澤秀明，佐藤丈寬，角田恒雄，篠田謙一
  • 学会等名: 第73回人類学会大会
• [図書] 真珠道跡・松崎馬場跡 沖縄県立埋蔵文化財センター調査報告書 (2020)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一，神澤秀明，安達登，角田恒雄，土肥直美
  • 出版者: 沖縄県立埋蔵文化財センター
• [図書] 国立歴史民俗博物館研究報告 第219集 (2020)
  • 著者名/発表者名: 篠田謙一，神澤秀明，角田恒雄，安達登，土肥直美
  • 出版者: 国立歴史民俗博物館
• [図書] 平成30年度 千葉県旭市内発掘調査報告書 後田遺跡 (2019)
  • 著者名/発表者名: 神澤英明、角田恒雄
  • 出版者: 旭市教育委員会
• [図書] 良文貝塚出土遺物報告書 (2019)
  • 著者名/発表者名: 神澤英明、角田恒雄
  • 出版者: 香取市教育委員会
• [備考]
  • URL: https://www.med.yamanashi.ac.jp/social/legal0me/
• [産業財産権] 核酸抽出装置 及び核酸抽出方法 (2020)
  • 発明者名: 石原敬三、赤池東、細谷明宏、安達登、角田恒雄、田中隆弘
  • 権利者名: 石原敬三、赤池東、細谷明宏、安達登、角田恒雄、田中隆弘
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2020-029141
  • 出願年月日: 2020