伊茶仁カリカリウス遺跡から出土した焼骨片を用いたサケの太古からの遺伝的履歴の解明

研究課題

研究課題/領域番号	18K05698
研究種目	基盤研究(C)
配分区分	基金
応募区分	一般
審査区分	小区分39060:生物資源保全学関連
研究機関	国立研究開発法人水産研究・教育機構
研究代表者	柳本卓国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水研機構(横浜), 主任研究員 (30443386)
研究分担者	丹羽洋智国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水研機構(横浜), 主幹研究員 (60372083)
研究期間 (年度)	2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス	完了 (2020年度)
配分額 *注記	4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円) 2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円) 2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円) 2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード	サケ / 伊茶仁カリカリウス遺跡 / 焼骨片 / 遺伝的多様性 / コアレセントシミュレーション解析 / 環境ゲノム分析 / 環境ゲノム / 多様性 / 標津町 / サケ科魚類 / カラフトマス / 遺伝的履歴 / アイヌ
研究成果の概要	約500年前の焼骨片について、既報の方法でDNA分析をすることができた。その焼骨片の種判別を行ったところ、サケとカラフトマスであることが分かった。しかし、より古い年代のものはDNA分析ができなかった。損傷が激しいと推測された。そのため、2008年、2019年、2020年のサケのD-Loop領域の塩基配列のコアレセントシミュレーション解析を行い、遺伝的多様性の変化を調べた。サケ系統樹はXi-コアレセントと呼ばれる樹形に大きく歪められ、人工種苗放流によりサケ集団内の対立遺伝子頻度が短期間のうちに大きく変化したことを示している。また、伊茶仁川の環境ゲノム分析を行い、魚種組成を明らかにした。
研究成果の学術的意義や社会的意義	焼骨片の分析はDNAの損傷が激しく、うまく分析できなかった。しかし、2008年、2019-2020年のサケの遺伝的多様性をコアレセントシュミレーション解析し、集団内の対立遺伝子頻度が短期間のうちに大きく変化していることが分かった。このことにより、人工種苗放流が大きく影響していることが明らかになった。このことが、サケの漁獲量の減少と何らかの関係がある可能性がある。また、伊茶仁川の環境ゲノム分析を行い、魚種組成が明らかになった。今後、焼骨片の種判別に利用できるデータベースとなる。また、魚類調査が難しい伊茶仁川の有効なモニタリング手法になると考えられた。