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古細菌CMGヘリカーゼとDNAポリメラーゼDの相互作用に関する構造生物学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 18K06081
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関山梨大学

研究代表者

大山 拓次  山梨大学, 大学院総合研究部, 准教授 (60423133)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2018年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードDNA複製 / CMGヘリカーゼ / 超好熱古細菌 / 結晶構造解析 / CMGヘリカーゼ複合体 / X線結晶構造解析 / DNAポリメラーゼD / X線結晶構造解析 / 古細菌
研究成果の概要

DNA複製開始初期過程では、MCMヘリカーゼ(6量体)をコアとして活性化因子GINS(4量体)、Cdc45(古細菌ではGAN)を伴った総分子量約30万のCMG複合体が鋳型DNAを解きほぐす。本研究は、真核生物と良く似たDNA複製機構を持つ古細菌に着目し(1)真核生物と共有するCMGと (2)古細菌固有のDNAポリメラーゼDについて、生化学解析により明らかとなった新規複合体間相互作用の機能的重要性を原子レベルで解明するため、機能相互作用を含む部分複合体の結晶構造解析を目指した。部分複合体の再構成、結晶構造決定に成功し、相互作用の詳細をアミノ酸レベルで解明し、生化学解析によりその重要性を確認した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

古細菌が持つDNA複製に関わるタンパク質の構造と機能は、真核生物由来のものに似ており、複合体はしばしば簡略化されているため、ヒトを含む真核生物の複雑なシステムを理解するための有用なモデルである。超好熱古細菌由来タンパク質は熱安定性に優れ、構造解析に有利である。一方、古細菌は他生物界と異なる独自システムも併せ持ち、構造生物学的に興味深い。本研究でターゲットとしたDNAポリメラーゼDは古細菌固有酵素であるが、古細菌としてのユニークな特性に加え、構造機能解析を通して真核生物システムとの類似性を見出せれば、学術的に意義高く、生物種間の進化上の関連まで視野を広げれば、知の蓄積の観点で社会的意義に富む。

報告書

(5件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果発表報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (2件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] Family D DNA polymerase interacts with GINS to promote CMG-helicase in the archaeal replisome.2022

    • 著者名/発表者名
      Oki, K., Nagata, M., Yamagami, T., Numata, T., Ishino, S., Oyama, O., and Ishino, Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 50 号: 7 ページ: 3601-3615

    • DOI

      10.1093/nar/gkab799

    • 関連する報告書
      研究成果発表報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Preparation of co-crystals of human PPARα-LBD and ligand for high-resolution X-ray crystallography2021

    • 著者名/発表者名
      Kamata Shotaro、Oyama Takuji、Ishii Isao
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 2 号: 1 ページ: 100364-100364

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100364

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PPARα Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates2020

    • 著者名/発表者名
      Kamata Shotaro、Oyama Takuji、Saito Kenta、Honda Akihiro、Yamamoto Yume、Suda Keisuke、Ishikawa Ryo、Itoh Toshimasa、Watanabe Yasuo、Shibata Takahiro、Uchida Koji、Suematsu Makoto、Ishii Isao
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 23 号: 11 ページ: 101727-101727

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101727

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A crystallization and preliminary X-ray diffraction study of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen (PCNA2) alone and in a complex with a PIP-box peptide from Flap endonuclease 12020

    • 著者名/発表者名
      Kowalska Ewa、Strza?ka Wojciech、Oyama Takuji
    • 雑誌名

      Acta Biochimica Polonica

      巻: 67 ページ: 49-52

    • DOI

      10.18388/abp.2020_2896

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct visualization of DNA baton pass between replication factors bound to PCNA2018

    • 著者名/発表者名
      Mayanagi Kouta、Ishino Sonoko、Shirai Tsuyoshi、Oyama Takuji、Kiyonari Shinichi、Kohda Daisuke、Morikawa Kosuke、Ishino Yoshizumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 16209-16209

    • DOI

      10.1038/s41598-018-34176-2

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ブタンジオール生産能に関わるSerratia marcescens由来ニコチンアミダーゼのX 線結晶構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      大山 拓次、大槻 隆司
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第33回大会ポスター
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 結晶構造解析より明らかになったブタンジオール生産に重要なSerratia marcescens ニコチンアミダーゼの多量体構造2019

    • 著者名/発表者名
      大山 拓次、大槻 隆司
    • 学会等名
      日本結晶学会 2019年度年会ポスター
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [備考] 文部科学省「大学における新型コロナウイルス感染症対策の好事例について」授業事例掲載

    • URL

      https://www.yamanashi.ac.jp/27474

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 国立情報学研究所サイバーシンポジウムにて遠隔・対面ハイブリッド講義の事例紹介を発表

    • URL

      https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/#16

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 研究成果発表(高脂血症治療薬標的分子の構造機能相関に関する論文が国際学術誌iScienceに掲載)

    • URL

      https://www.yamanashi.ac.jp/28446

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 日本化学連合シンポジウム「化学研究・教育マネジメント」にて新型コロナ禍でのハイブリッド授業の事例紹介

    • URL

      https://catsj.jp/wp/wp-content/uploads/2020/11/14th_JUCST_sympo.pdf

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] プレスリリース : アーキア(古細菌)のDNA合成酵素が鋳型DNAの二本鎖を解く機能に貢献! ~アーキア(古細菌)がどのようにDNAを複製するのかを解明~ https://www.yamanashi.ac.jp/wp-content/uploads/2021/09/20210929pr.pdf 2021年9月29日発表

    • 関連する報告書
      研究成果発表報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2024-03-28  

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