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人工知能型自動NMRデータ解析システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 18K06152
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所 (2019-2020)
大阪大学 (2018)

研究代表者

小林 直宏  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 上級研究員 (80272160)

研究分担者 児嶋 長次郎  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 (50333563)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードNMR / 自動解析 / 人工知能 / 構造解析 / 自動化 / 高度化 / 深層学習 / 核磁気共鳴 / データベース
研究成果の概要

NMR法は他の方法、X線結晶解析、クライオ電子顕微鏡などと比較し、経験や手動解析に依存した部分が多い。研究代表者は更なる高度化のため人工知能の技術を取り入れる世界初の試みに成功し、経験が無い初学者も高速・高精度に解析可能なシステムとして公開した。研究代表者は世界に先駆けて人工知能によるノイズ除去を高精度に実行可能な機能を搭載した解析ツールを公開し、国際誌へ掲載した。また多次元スペクトルの非線型取り込み法により測定時間を25%まで短縮し、合計18件におよぶ新規NMR構造を自動解析により達成し、うち12件は測定から構造解析、データ検証の完了までわずか数日、さらに2件は完全自動化を実現した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

令和2年度までの成果として人工知能により高度化、高速化された解析システムが完成し、公開論文化された。公共データベースであるPDBへの述べ新規登録件数は18件以上にのぼり、そのうち13件は小型のタンパク質ながら新規フォールドであり測定、信号帰属解析、検証、登録には通常半年から1年を要することはごく普通である。今回の開発研究により大規模な測定期間短縮、解析やデータ検証の自動化が高度化されシステムとして統合され、その性能は世界最高レベルに達したと言っても過言ではない。この創薬研究などへの社会的インパクトは極めて大きいと考え、令和3年度内での国際学会発表、国際誌への投稿準備中である。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 6件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Mechanism of hERG inhibition by gating-modifier toxin, APETx1, deduced by functional characterization2021

    • 著者名/発表者名
      Matsumura Kazuki、Shimomura Takushi、Kubo Yoshihiro、Oka Takayuki、Kobayashi Naohiro、Imai Shunsuke、Yanase Naomi、Akimoto Madoka、Fukuda Masahiro、Yokogawa Mariko、Ikeda Kazuyoshi、Kurita Jun-ichi、Nishimura Yoshifumi、Shimada Ichio、Osawa Masanori
    • 雑誌名

      BMC Molecular and Cell Biology

      巻: 22 号: 1 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1186/s12860-020-00337-3

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Solution structure of Gaussia Luciferase with five disulfide bonds and identification of a putative coelenterazine binding cavity by heteronuclear NMR.2020

    • 著者名/発表者名
      N. Wu, N. Kobayashi, K. Tsuda, S. Unzai, T. Saotome, Y. Kuroda and T. Yamazaki.
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 10 号: 1 ページ: 20069-20069

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76486-4

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Nucleus Accumbens-Associated Protein 1 Binds DNA Directly through the BEN Domain in a Sequence-Specific Manner2020

    • 著者名/発表者名
      Nakayama Naomi、Sakashita Gyosuke、Nagata Takashi、Kobayashi Naohiro、Yoshida Hisashi、Park Sam-Yong、Nariai Yuko、Kato Hiroaki、Obayashi Eiji、Nakayama Kentaro、Kyo Satoru、Urano Takeshi
    • 雑誌名

      Biomedicines

      巻: 8 号: 12 ページ: 608-608

    • DOI

      10.3390/biomedicines8120608

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Robust folding of a de novo designed ideal protein even with most of the core mutated to valine.2020

    • 著者名/発表者名
      R. Koga, M. Yamamoto, K. Takahiro, N. Kobayashi, T. Sugiki, T. Fujiwara and N. Koga
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 117 号: 49 ページ: 31149-31156

    • DOI

      10.1073/pnas.2002120117

    • NAID

      120006952207

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] H, 13C and 15N resonance assignment of the YTH domain of YTHDC2.2020

    • 著者名/発表者名
      F. He, R. Endo, K. Kuwasako, M. Takahashi, K. Tsuda, T. Nagata, S. Watanabe, A. Tanaka, N. Kobayashi, T. Kigawa, P. Guentert, M. Shirouzu, S. Yokoyama and Y. Muto.
    • 雑誌名

      Biomol. NMR Assign.

      巻: 15 号: 1 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1007/s12104-020-09974-3

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal contact-free conformation of an intrinsically flexible loop in protein crystal: Tim21 as the case study2020

    • 著者名/発表者名
      Bala Siqin、Shinya Shoko、Srivastava Arpita、Ishikawa Marie、Shimada Atsushi、Kobayashi Naohiro、Kojima Chojiro、Tama Florence、Miyashita Osamu、Kohda Daisuke
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129418-129418

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.129418

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] BioMagResBank (BMRB) as a Resource for Structural Biology2020

    • 著者名/発表者名
      Romero Pedro R.、Kobayashi Naohiro、Wedell Jonathan R.、Baskaran Kumaran、Iwata Takeshi、Yokochi Masashi、Maziuk Dimitri、Yao Hongyang、Fujiwara Toshimichi、Kurusu Genji、Ulrich Eldon L.、Hoch Jeffrey C.、Markley John L.
    • 雑誌名

      Methods Molelcular Biology

      巻: 14 ページ: 187-218

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-0270-6_14

    • ISBN
      9781071602690, 9781071602706
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] How Does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM22019

    • 著者名/発表者名
      Yamada Tatsuya、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Kobayashi Naohiro、Yanagawa Hiroshi、Ikeguchi Mitsunori、Katahira Masato、Nagata Takashi、Kinoshita Masahiro
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 59 号: 8 ページ: 3533-3544

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b00226

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Noise peak filtering in multi-dimensional NMR spectra using convolutional neural networks2018

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, N., Hattori, Y., Nagata, T., Shinya, S., Guentert, P., Kojima, C., Fujiwara, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 34 号: 24 ページ: 4300-4301

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bty581

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 高速・高精度な MagRO による NMR 構造解析の完全自動化2020

    • 著者名/発表者名
      小林直宏,杉木俊彦,南慎太朗,佐久間航也,長島敏雄,児嶋長次郎,藤原敏道,小杉貴洋,古賀理恵,古賀信康,山崎俊夫
    • 学会等名
      第59回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ヒト脂質輸送蛋白質CERがクラミジア封入体の膜蛋白Incにハイジャックされる分子機序の溶NMR解析2020

    • 著者名/発表者名
      杉木俊彦,熊谷圭悟,新家粧子,小林直宏,藤原敏道,花田賢太郎,児嶋長次郎
    • 学会等名
      第59回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 多次元固体 MAS-NMR を用いたヘリオロドプシンの立体構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      鈴木しぶき,長島敏雄, 金子莉奈, 沖津貴志, 和田昭盛, 小林直宏, 山崎俊夫, 井上圭一, 神取秀樹, 川村出
    • 学会等名
      第59回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Structural differences and Novel Polymorphs of Synthetic and brain-derived Aβ42 Fibrils by1H-detected SSNMR2020

    • 著者名/発表者名
      A. Wickramasinghe, Y. Xiao, N. Kobayashi, T. Yamazaki and Y. Ishii
    • 学会等名
      第59回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 生体系NMRの最前線 基礎から学ぶー構造解析自動化2020

    • 著者名/発表者名
      小林直宏
    • 学会等名
      令和2年蛋白研セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Design of Globin-like Complicated Folds2020

    • 著者名/発表者名
      佐久間航也、小林直宏、杉木俊彦、鈴木かの、小林直也、小杉貴洋、村田武士、古賀理恵、古賀信康
    • 学会等名
      64th BioPhysical Society Annual Meeting, SanDiego
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploration of novel αβ protein folds by de novo design2020

    • 著者名/発表者名
      南慎太郎、小林直宏、杉木俊彦、鈴木かの、千見寺浄慈、古賀理恵、古賀信康
    • 学会等名
      64th BioPhysical Society Annual Meeting, SanDiego
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Nearly complete assignments for 23kDa membrane protein by solid-state NMR using MagRO system assisted by Graph_Robot based on finite automaton theory.2019

    • 著者名/発表者名
      小林直宏、長嶋敏夫、山崎俊夫
    • 学会等名
      第58回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural characterization of Aβ(1-42) fi brils in nano-mole scale by 1H-detected SSNMR under UFMASStructural characterization of Aβ(1-42) fi brils in nano-mole scale by 1H-detected SSNMR under UFMAS2019

    • 著者名/発表者名
      Ayesha Wickramasinghe, Yiling Xiao、小林直宏、石井佳誉
    • 学会等名
      第58回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Deep-MagRO: 深層学習を応用した高速かつ高精度な統合的NMR解析システム2018

    • 著者名/発表者名
      小林直宏、杉木俊彦、永田崇、Peter Guentert, 児嶋長次郎、藤原敏道
    • 学会等名
      第57回NMR討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Application of Deep Neural Networks for Highly Accurate NMR Structure Analysis by Deep-MagRO2018

    • 著者名/発表者名
      Naohiro Kobayashi, Toshihiko Sugiki, Yoshikazu Hattori, Takashi Nagata, Shoko Shinya, Julia M. Wuerz, Rie Koga, Nobuyasu Koga, Peter Guentert, Chojiro Kojima and Toshimichi Fujiwara
    • 学会等名
      ICMRBS2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] NMR Tool Box

    • URL

      https://bmrbdep.pdbj.org/en/nmr_tool_box.html

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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