| 研究課題/領域番号 |
18K06176
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 弘前大学 |
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研究代表者 |
藤田 敏次 弘前大学, 医学研究科, 准教授 (10550030)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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| キーワード | ChIP / ChIP-Seq / locus-specific ChIP / CRISPR / enChIP / in vitro enChIP / in vitro enChIP-Seq / ゲノム機能解析 / 染色体 / 染色体三次元構造 / 遺伝子発現制御 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、細胞から標的とするゲノム領域を特異的に単離できるin vitro enChIP法と次世代シーケンス解析（NGS解析）を組み合わせること（in vitro enChIP-Seq法）で、B細胞特異的な染色体三次元構造の解析を行った。具体的には、B細胞分化制御転写因子Pax5をコードするPax5遺伝子に焦点を当て、当該遺伝子にヒトおよびマウスB細胞で共通して相互作用しているゲノム領域の網羅的同定を行った。さらに、ChIP-Seq法によるヒストン修飾解析やゲノム編集によるゲノム領域欠損実験を行い、ゲノム領域間相互作用の生理的意義について解析した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究成果は、in vitro enChIP-Seq法が、特定遺伝子座を中心とした染色体三次元構造の解析に有用な技術であることを示している。in vitro enChIP-Seq法は、高度なバイオインフォマティクス処理を必要せずにゲノム領域間相互作用が解析できる技術であることから、3C法やその派生法と比較して汎用性が高い技術と考える。Pax5遺伝子座の転座が、B細胞リンパ腫に関連することが報告されていることから、本研究成果は、B細胞特異的な染色体三次元構造の生理的意義の解明のみならず、染色体三次元構造と転座の関連性の解明につながる可能性も秘めている。
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