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RADseq比較ゲノム解析による照葉樹林の生物間ネットワークの変遷過程の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K06381
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分45030:多様性生物学および分類学関連
研究機関大阪大学

研究代表者

青木 京子  大阪大学, 大学院連合小児発達学研究科, 寄附講座助教 (70378537)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード照葉樹林 / レフュジア / 遺伝的多様性 / 次世代シーケンス / 分子生物地理 / 種内の遺伝的変異 / 生物地理 / 分子植物地理 / 系統地理 / 分子植物地理学
研究成果の概要

日本の照葉樹林の優占樹種であるシイ類とカシ類を対象とし,マイクロサテライトマーカーあるいは次世代シーケンサーのRADseq法による系統解析および遺伝子多型解析から集団変遷の歴史を推定した。シイ類は,遺伝的に異なる4グループ(琉球,太平洋岸の西側,東側,日本海側)に分けられた。これら4グループは最終氷期最寒冷期前には既に成立しており,それぞれの地域で独自に最寒冷期を生きのび,氷期後に暖かくなるにつれて個体数を増やしたと考えられる。このように照葉樹林構成種の氷期のレフュジアの位置や規模,その後の変遷過程を推定できた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

日本列島に分布する照葉樹林を構成する植物種について,種内多型量が多く得られる解析方法を用いて集団動態の解析を行うことによって照葉樹林構成種の氷期のレフュジアの位置や規模,その後の変遷過程を推定できた。照葉樹林を構成する複数種の地理的変異パターンを明らかすることで森林生態系の変遷過程を考察することができ,生物地理学的研究の発展へ貢献できる。また,多数の生物種群について地域ごとの遺伝的多様性のあり方が明らかになることで遺伝的多様性の保全や野生生物の移植に対して指針を与えられる。

報告書

(6件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2022 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 27 シイ類(ブナ科シイ属)2022

    • 著者名/発表者名
      青木京子
    • 雑誌名

      日本における森林樹木の遺伝的多様性と地理的遺伝構造

      巻: - ページ: 164-172

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] 【第 4 章】各樹種の遺伝的多様性と地理的遺伝構造27 シイ類(ブナ科シイ属)2022

    • 著者名/発表者名
      青木京子
    • 雑誌名

      日本における森林樹木の遺伝的多様性と地理的遺伝構造

      巻: - ページ: 155-162

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] 照葉樹林の基礎情報と歴史2020

    • 著者名/発表者名
      服部保・南山典子・浅見佳世・青木京子
    • 雑誌名

      兵庫自然研究会報告

      巻: 5 ページ: 1-44

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Approximate Bayesian computation analysis of EST associated microsatellites indicates that the broadleaved evergreen tree Castanopsis sieboldii survived the Last Glacial Maximum in multiple refugia in Japan2019

    • 著者名/発表者名
      Kyoko AOKI, Ichiro Tamaki, Katsuhiro Nakao, Saneyoshi Ueno, Takashi Kamijo, Hiroaki Setoguchi, Noriaki Murakami, Makoto Kato, Yoshihiko Tsumura
    • 雑誌名

      Heredity

      巻: 122 号: 3 ページ: 326-340

    • DOI

      10.1038/s41437-018-0123-9

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Phylogeography of broadleaved evergreen forests in Japan: parallel histories of Castanopsis and its seed-parasitic insect populations2018

    • 著者名/発表者名
      Kyoko AOKI, Noriaki Murakami, Makoto Kato
    • 学会等名
      The 2nd International Academic Conference on the Formation Mechanism of Plant Diversity and Conservation of Endangered Plants in East Asia
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 日本の常緑広葉樹は最終氷期をどこで生き延びたのか-遺伝的多様性の保全のための新しい根拠-

    • URL

      https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2018/20180928_1

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2024-01-30  

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