| 研究課題/領域番号 |
18K06396
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分45030:多様性生物学および分類学関連
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| 研究機関 | 東京大学 (2020-2022)
国立遺伝学研究所 (2019)
沖縄科学技術大学院大学 (2018) |
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研究代表者 |
井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (10596779)
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| 研究分担者 |
西野 敦雄 弘前大学, 農学生命科学部, 教授 (50343116)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2018年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | ゲノム比較 / 解析パイプライン / オタマボヤ類 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 / 分子系統解析 / 全タンパク質遺伝子解読 / オタマボヤ / ゲノム系統解析 / 尾索類 / 遺伝子系統樹 / トランスクリプトーム / 脊索動物 |
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| 研究成果の概要 |
ゲノムに含まれるすべてのタンパク質コード遺伝子について系統樹を推定する解析パイプライン、ORTHOSCOPE* (star) を開発した (https://github.com/jun-inoue/ORTHOSCOPE_STAR)。ユーザーは、web version に保存されている動植物 600 種のデータから注目する分類群の遺伝子モデルデータを利用できる。このデータをスーパーコンピューターで解析してすべての遺伝子の系統樹を推定し結果を統合することで、種の系統関係をより正確に推定する。その過程では、オタマボヤ類など特定の系統で進化速度が加速した遺伝子を除外できる。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
学術的意義：分子系統解析を専門としない研究者であっても，遺伝子系統樹に基づいてゲノムの進化を考察できるようになった点。
社会的意義：いまだに「解析スピードが速いため巨大なデータを解析できる」だけで正確さを追求しない解析ツールが出回る本研究分野に、50 年以上の歴史をもつ分子系統解析を取り入れた解析ツールを提供することで、軌道修正のチャンスを提供した点。
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