| 研究課題/領域番号 |
18K06405
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分45040:生態学および環境学関連
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| 研究機関 | 北海道大学 |
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研究代表者 |
小泉 逸郎 北海道大学, 地球環境科学研究院, 准教授 (50572799)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2019年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2018年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
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| キーワード | 繁殖時期 / 回遊多型 / 小進化 / 局所適応 / サケ科魚類 / メタ個体群 / 適応進化 / 遺伝的基盤 / 生態-進化動態 / 集団ゲノム学 / 河川性サケ科魚類 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では、大規模かつ長期的なデータが蓄積されている河川性サケ科魚類を対象にゲノム解析を行い、効率的な集団ゲノミクスを行うためのプラットフォームを構築した。これまでに収集した20年間50個体群のデータを整理し、滝の上下の個体群、および繁殖時期が早い個体と遅い個体を78個体選び、low coverage 全ゲノム解析を行った。さらにGWAS により残留型と回遊型（それぞれ滝の上と下の個体群）、および繁殖期時期に関連すると考えられる遺伝子座が見つかった。これにより今後、ターゲットとなる遺伝子座を絞って多数個体を解析することにより、数万個体規模の集団ゲノム解析が期待できる。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
次世代シーケンサー（NGS）の普及により非モデル生物でもゲノム構造や適応遺伝子が調べられるようになってきた。しかし、NGS解析はいまだ高額であり、数万個体の解析はあまり現実的ではない。近年、1個体当たり多数の遺伝子座を読むのではなく、遺伝子座を絞って多数個体を解析するreduced representation sequencingという手法が考案された。本研究では、20年50個体群以上で詳細な生態データが蓄積されている調査系において、本手法を行う基盤を整えた。これにより今後数万個体規模で適応遺伝子と個体群動態を付き合わせて解析することで、野外における小進化過程を解明することが期待できる。
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