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日本人の遺伝背景を考慮した免疫細胞eQTLによる炎症性腸疾患関連遺伝子の機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 18K07929
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分53010:消化器内科学関連
研究機関東北大学

研究代表者

木内 喜孝  東北大学, 高度教養教育・学生支援機構, 教授 (20250780)

研究分担者 角田 洋一  東北大学, 大学病院, 助教 (50509205)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード炎症性腸疾患 / クローン病 / 潰瘍性大腸炎 / eQTL / 疾患感受性遺伝子
研究成果の概要

日本人炎症性腸疾患患者(20人)の腸管粘膜固有層単核球 (lamina propria mononuclear cells; LPMCs) のCD4陽性Effector Memory T細胞 (Tem) を採取しeQTLデータを作成し、さらに既存のeQTLデータとGWASデータを活用しtranscriptome-wide association study(TWAS)解析を行った。
炎症性腸疾患患者患者LPMCs由来TemのeQTLデータが構築した。さらに既存のeQTLデータベースとGWASを組み合わせたTWASにより、クローン病感受性因子として全血中のTNFSF15の発現が示された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

炎症性腸疾患に200以上のゲノム領域に疾患感受性があることが確認されているが、相関する多型と疾患発症のメカニズムが未解明のままである。近年、eQTL 解析が数多く行われ、これを活用すれば相関を示す遺伝子多型が、どの遺伝子の発現にどの程度影響しているか予測することが可能となった。本研究ではクローン病の病態に関連があると考えられる腸管粘膜固有層単核球のCD4陽性Effector Memory T細胞を採取し、eQTL解析を行い、さらに既存のeQTLデータも活用し、日本人クローン病発症にかかわる疾患感受性遺伝子の同定を行った。その結果、炎症性腸疾患の発病メカニズムを解明する有用な知見を報告した。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて 2020

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件)

  • [雑誌論文] An Integrated Genomic and Transcriptomic Analysis Reveals Candidates of Susceptibility Genes for Crohn’s Disease in Japanese Populations2020

    • 著者名/発表者名
      Kakuta Yoichi、Ichikawa Ryo、Fuyuno Yuta et al
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41598-020-66951-5

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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