胆道がんFFPE検体を用いたトランスクリプトーム解析による遺伝子診断

• 研究課題/領域番号: 18K07956
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分53010:消化器内科学関連
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 新井 康仁 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (80222727)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2020年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: 胆道がん / 分子標的 / 分子診断 / トランスクリプトーム / トランスクリプトーム解析 / FGFR2

研究成果の概要

胆道がんは、日本を始めアジアでの発症が比較的多い難治がんである。我々は以前の研究によって分子標的としてFGFR2融合遺伝子を同定している。本研究では、新しい分子診断系を確立する目的で、生検FFPE検体を用いてFISH法とRNAシークエンス解析によってFGFR2遺伝子の再構成を調べた。進行もしくは再発の日本人胆道がん患者445名を対象にした前向きスクリーニングを行い、23例をFGFR2遺伝子再構成陽性と判別した。FGFR2遺伝子再構成は、肝内胆管がんの7.4% (20/272)、肝門部胆管がんの3.6% (3/83)に見られ、65歳未満やHBV/HCV陽性症例に有意に多いことが明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

胆道がんは、日本を始めアジアでの発症が比較的多いものの予後不良な難治性の稀少がんであり、新たな治療法の開発が望まれている。我々は以前の研究によって胆道がんの新しい分子標的治療対象としてFGFR2融合遺伝子を同定している。本研究では、日常診療での生検FFPE検体を用いてFGFR2遺伝子の再構成をFISHとNGS解析による分子診断系を確立した。445名の進行/再発の日本人胆道がん患者を対象にした前向きスクリーニングを行い、FGFR2遺伝子再構成を同定して臨床試験に繋げることができた。

研究成果

• [雑誌論文] Molecular detection and clinicopathological characteristics of advanced/recurrent biliary tract carcinomas harboring the FGFR2 rearrangements: a prospective observational study (PRELUDE Study) (2021)
  • 著者名/発表者名: Maruki Y, Morizane C, Arai Y, Ikeda M, Ueno M, Ioka T, Naganuma A, FurukawaM, Mizuno N, Uwagawa T, Takahara N, Kanai M, Asagi A, Shimizu S, Miyamoto A, Yukisawa S, Kadokura M, Kojima Y, Furuse J, Eguchi-Nakajima T, Sudo K, Kobayashi N, Hama N, Yamanaka T, Shibata T and Okusaka T.
  • 雑誌名: Journal of Gastroenterology 巻: 56 号: 3 ページ: 250-250
  • DOI: 10.1007/s00535-020-01735-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The potential application of PD-1 blockade therapy for early-stage biliary tract cancer. (2020)
  • 著者名/発表者名: Umemoto K, Togashi Y, Arai Y, Nakamura H, Takahashi S, Tanegashima T, Kato M, Nishikawa T, Sugiyama D, Kojima M, Gotohda N, Kuwata T, Ikeda M, Shibata T, Nishikawa H.
  • 雑誌名: Int Immunol. 巻: 32 号: 4 ページ: 273-281
  • DOI: 10.1093/intimm/dxz080
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] E74-Like Factor 3 Is a Key Regulator of Epithelial Integrity and Immune Response Genes in Biliary Tract Cancer (2020)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Masami、Saito-Adachi Mihoko、Arai Yasuhito、Fujiwara Yuko、Takai Erina、Shibata Shinsuke、Seki Masahide、Rokutan Hirofumi、Maeda Daichi、Horie Masafumi、Suzuki Yutaka、Shibata Tatsuhiro、Kiyono Tohru、Yachida Shinichi
  • 雑誌名: Cancer Research 巻: 81 号: 2 ページ: 489-500
  • DOI: 10.1158/0008-5472.can-19-2988
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Expanding the clinicopathologic and molecular spectrum of BCOR-associated sarcomas in adults. (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshida A, Arai Y, Hama N, Chikuta H, Bando Y, Nakano S, Kobayashi E, Shibahara J, Fukuhara H, Komiyama M, Watanabe SI, Tamura K, Kawai A, Shibata T.
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 76 号: 4 ページ: 509-520
  • DOI: 10.1111/his.14023
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Sarcoma with MGA-NUTM1 fusion in the lung: an emerging entity. (2020)
  • 著者名/発表者名: Goto T, Arai Y, Shibata T, Oyama T, Yoshida A.
  • 雑誌名: Virchows Archiv 巻: 476 号: 2 ページ: 317-322
  • DOI: 10.1007/s00428-019-02623-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] KMT2A (MLL) fusions in aggressive sarcomas in young adults. (2019)
  • 著者名/発表者名: Yoshida A, Arai Y, Tanzawa Y, Wakai S, Hama N, Kawai A, Shibata T.
  • 雑誌名: Histopathology 巻: 75 号: 4 ページ: 508-516
  • DOI: 10.1111/his.13926
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A computational tool to detect DNA alterations tailored to formalin-fixed paraffin-embedded samples in cancer clinical sequencing (2018)
  • 著者名/発表者名: Kato M, Nakamura H, Nagai M, Kubo T, Elzawahry A, Totoki Y, Tanabe Y, Furukawa E, Miyamoto J, Sakamoto H, Matsumoto S, Sunami K, Arai Y, Suzuki Y, Yoshida T, Tsuchihara K, Tamura K, Yamamoto N, Ichikawa H, Kohno T and Shibata T
  • 雑誌名: Genome Medicine 巻: 10 号: 1 ページ: 44-44
  • DOI: 10.1186/s13073-018-0547-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epigenetic landscape influences the liver cancer genome architecture (2018)
  • 著者名/発表者名: Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Fumihito Miura, Kenji Tatsuno, Mihoko Saito-Adachi, Hiromi Nakamura, Yasuhito Arai, Fumie Hosoda, Tomoko Urushidate, Shoko Ohashi, Wakako Mukai, Nobuyoshi Hiraoka, Hiroyuki Aburatani , Takashi Ito and Tatsuhiro Shibata
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 9 号: 1 ページ: 1643-1643
  • DOI: 10.1038/s41467-018-03999-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Integrated genetic and epigenetic analysis of myxofibrosarcoma (2018)
  • 著者名/発表者名: Koichi Ogura, Fumie Hosoda, Yasuhito Arai, Hiromi Nakamura, Natsuko Hama, Yasushi Totoki, Akihiko Yoshida, Momoko Nagai, Mamoru Kato, Erika Arakawa, Wakako Mukai, Hirofumi Rokutan, Akira Kawai, Sakae Tanaka and Tatsuhiro Shibata
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 9 号: 1 ページ: 2765-2765
  • DOI: 10.1038/s41467-018-03891-9
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Molecular genetic analysis of BCOR-rearranged sarcoma (2020)
  • 著者名/発表者名: 新井康仁、 吉田朗 彦、 濱 奈津子、 知久田大史、小林英介、坂東良美、柴原純二、川井 章、柴田龍弘
  • 学会等名: 日本癌学会学術総会
• [学会発表] Frequency and clinicopathological characteristics of biliary tract carcinomas harboring the FGFR2-fusion gene: a prospective observational study (PRELUDE study). (2019)
  • 著者名/発表者名: M. Ikeda, Y. Maruki, M. Ueno, T. Ioka, A. Naganuma, M. Furukawa, N. Mizuno, T. Uwagawa, Y. Nakai, M. Kanai, A. Asagi, S. Shimizu, A. Miyamoto, S. Yukisawa, M. Kadokura, T. Yamanaka, Y. Arai, T. Shibata, C. Morizane, T. Okusaka.
  • 学会等名: ESMO
  • 国際学会
• [学会発表] 肉腫におけるCIC遺伝子再構成の分子遺伝学的解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 新井康仁、吉田朗彦、濱 奈津子、向 和加子、知久田大史、十時 泰、小倉浩一、小林英介、元井 亨、川井 章、平岡伸介、柴田龍弘
  • 学会等名: 日本癌学会学術総会