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クリニカルメタゲノミクスと病原体ゲノミクスの高感度化

研究課題

研究課題/領域番号 18K08431
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分54030:感染症内科学関連
研究機関大阪大学

研究代表者

元岡 大祐  大阪大学, 微生物病研究所, 助教 (10636830)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードメタゲノム
研究成果の概要

本研究は、メタゲノム解析法により原因不明疾患の患者の臨床検体から網羅的かつ迅速な病原体の検出・同定を行い、感染症の原因を解明することを目的とする。しかし、臨床検体中に含まれる病原体由来の核酸は、極微量であり、検出感度向上、低コスト化や解析の高速化が課題である。そのため本研究では、臨床検体中における病原体の濃縮法、微量核酸に対応したライブラリ調製法、データ解析手法の開発に取り組み、感度向上を達成した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

新興・再興感染症は、いつどこで発生するか予想することは難しく、発生した場合に早期に診断、治療を行う体制をいかに構築するかが重要である。その対策として、網羅的に病原体を探索できるメタゲノム解析法(クリニカルメタゲノミクス)は病原体に関する前情報が不要であり有用である。本研究では、ウイルス検出の効率化に取り組み1000倍以上の検出感度向上に成功し、網羅的な病原体探索法の臨床応用にとって有用な成果が得られた。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] NIH(タイ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Whole-genome analyses of extended-spectrum or AmpC β-lactamase-producing Escherichia coli isolates from companion dogs in Japan2021

    • 著者名/発表者名
      Yasugi M, Hatoya S, Motooka D, Matsumoto Y, Shimamura S, Tani H, Furuya M, Mie K, Miyake M, Nakamura S, Shimada T
    • 雑誌名

      Plos One

      巻: 16 号: 2 ページ: e0246482-e0246482

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0246482

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Metagenome-Wide Association Study of Gut Microbiome in Patients With Multiple Sclerosis Revealed Novel Disease Pathology2020

    • 著者名/発表者名
      Kishikawa Toshihiro、Ogawa Kotaro、Motooka Daisuke、Hosokawa Akiko、Kinoshita Makoto、Suzuki Ken、Yamamoto Kenichi、Masuda Tatsuo、Matsumoto Yuki、Nii Takuro、Maeda Yuichi、Nakamura Shota、Inohara Hidenori、Mochizuki Hideki、Okuno Tatsusada、Okada Yukinori
    • 雑誌名

      Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

      巻: 10 ページ: 585973-585973

    • DOI

      10.3389/fcimb.2020.585973

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fecal Gram staining of phagocytosed bacteria to differentiate methicillin-resistant Staphylococcus aureus: A case report2020

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Kentaro、Takahashi Ayumi、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Tomono Kazunori、Ogura Hiroshi、Shimazu Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Infection and Chemotherapy

      巻: 26 号: 10 ページ: 1078-1081

    • DOI

      10.1016/j.jiac.2020.05.021

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The impact of adjuvant surgical treatment of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease on prognosis and outcome2020

    • 著者名/発表者名
      Fukushima Kiyoharu、Miki Mari、Matsumoto Yuki、Uda Emi、Yamamoto Yuji、Kogita Yuya、Kagawa Yuko、Matsuki Takanori、Kagawa Hiroyuki、Oshitani Yohei、Motooka Daisuke、Tsujino Kazuyuki、Yoshimura Kenji、Miki Keisuke、Hayashi Akio、Nakamura Shota、Kitada Seigo、Takeuchi Yukiyasu、Kida Hiroshi
    • 雑誌名

      Respiratory Research

      巻: 21 号: 1 ページ: 153-153

    • DOI

      10.1186/s12931-020-01420-1

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Host Immune Response and Novel Diagnostic Approach to NTM Infections2020

    • 著者名/発表者名
      Abe Yuko、Fukushima Kiyoharu、Hosono Yuki、Matsumoto Yuki、Motooka Daisuke、Ose Naoko、Nakamura Shota、Kitada Seigo、Kida Hiroshi、Kumanogoh Atsushi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 21 号: 12 ページ: 4351-4351

    • DOI

      10.3390/ijms21124351

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Lassa Virus Live-Attenuated Vaccine Candidate Based on Rearrangement of the Intergenic Region2020

    • 著者名/発表者名
      Cai Yingyun、Iwasaki Masaharu、Motooka Daisuke、Liu David X.、Yu Shuiqing、Cooper Kurt、Hart Randy、Adams Ricky、Burdette Tracey、Postnikova Elena N.、Kurtz Jonathan、St. Claire Marisa、Ye Chengjin、Kuhn Jens H.、Mart?nez-Sobrido Luis、de la Torre Juan Carlos
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 11 号: 2

    • DOI

      10.1128/mbio.00186-20

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles2019

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Yuki、Kinjo Takeshi、Motooka Daisuke、Nabeya Daijiro、Jung Nicolas、Uechi Kohei、Horii Toshihiro、Iida Tetsuya、Fujita Jiro、Nakamura Shota
    • 雑誌名

      Emerging Microbes & Infections

      巻: 8 号: 1 ページ: 1043-1053

    • DOI

      10.1080/22221751.2019.1637702

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] <p>Characterization of a carbapenem- and colistin-resistant<em> Enterobacter cloacae</em> carrying Tn<em>6901</em> in <em>bla</em><sub>NDM-1</sub> genomic context</p>2019

    • 著者名/発表者名
      Le-Ha Tam-Duong、Le Lien、Le-Vo Hong-Ngoc、Anda Mizue、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Tran Linh Khanh、Tran Phuong Thi-Bich、Iida Tetsuya、Cao Van
    • 雑誌名

      Infection and Drug Resistance

      巻: Volume 12 ページ: 733-739

    • DOI

      10.2147/idr.s194495

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of human pegivirus infection in liver transplantation recipients2019

    • 著者名/発表者名
      Izumi Takuma、Sakata Kazuhito、Okuzaki Daisuke、Inokuchi Shoichi、Tamura Tomokazu、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Ono Chikako、Shimokawa Masahiro、Matsuura Yoshiharu、Mori Masaki、Fukuhara Takasuke、Yoshizumi Tomoharu
    • 雑誌名

      Journal of Medical Virology

      巻: 91 号: 12 ページ: 2093-2100

    • DOI

      10.1002/jmv.25555

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Urinary tract infection due to anaerobic bacteria in a two-month-old infant2019

    • 著者名/発表者名
      Tao Chiaki、Kinoshita Noriko、Shoji Kensuke、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Eura Rumiko、Ueoka Katsuhiko、Kubota Mitsuru、Ishiguro Akira、Miyairi Isao
    • 雑誌名

      Journal of Infection and Chemotherapy

      巻: 25 号: 5 ページ: 368-370

    • DOI

      10.1016/j.jiac.2018.11.016

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] WU polyomavirus detected in children with severe respiratory failure2018

    • 著者名/発表者名
      Uda Kazuhiro、Koyama-Wakai Chitose、Shoji Kensuke、Iwase Noriyasu、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Miyairi Isao
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Virology

      巻: 107 ページ: 25-28

    • DOI

      10.1016/j.jcv.2018.08.003

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 高分解能解析が明らかにする細菌叢のダイナミックな変化の観測と常在腸内真菌叢の解析2019

    • 著者名/発表者名
      元岡大祐
    • 学会等名
      第42回分子生物学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 遺伝情報実験センター

    • URL

      http://ngs-service.biken.osaka-u.ac.jp/index.php/ja/publications-2/

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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