| 研究課題/領域番号 |
18K08564
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分55010:外科学一般および小児外科学関連
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
坂東 裕子 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (00400680)
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| 研究分担者 |
野口 恵美子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40344882)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
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| キーワード | ネオアンチゲン / 乳癌 / RNAシークエンス / 全エクソンシークエンス / バイオインフォマティックス / molecular signature / がん特異的変異 / ネオ抗原 / 腫瘍特異的変異 / RNA-seq |
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| 研究成果の概要 |
癌固有の遺伝子変異から生じるネオアンチゲンは抗腫瘍免疫応答の中心的役割を担うと考えられている。一般的にネオアンチゲンの予測には腫瘍の全エクソンシークエンス（WES）とRNAシークエンス（RNA-seq）、正常サンプルのWESデータを用いるが、本研究では乳癌組織のRNA-seqと正常部のWESを用いてネオアンチゲンを予測する手法を確立した。本手法は発現している体細胞変異のみが検出されるため効率的なネオアンチゲンの予測手法であり、腫瘍のWESの省略することでコスト削減にも繋がるため費用対効果の高い手法であることが明らかとなった。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
近年の次世代シークエンス技術、バイオインフォマティクスの進歩によりネオアンチゲン予測手法の精度は向上しているものの、偽陽性率が依然として高いことや、複数のシークエンスデータを必要とすることからコスト面でも課題がある。ネオアンチゲンの予測は、免疫療法の治療ターゲットの探索や免疫チェックポイント阻害薬などの治療効果予測において重要である。腫瘍部のWESを省略する本手法は、より効率的で費用対効果の高い手法になる可能性があり、実臨床におけるネオアンチゲン予測手法として有用であると考える。
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