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ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化

研究課題

研究課題/領域番号 18K11523
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関東京大学

研究代表者

山本 一樹  東京大学, アイソトープ総合センター, 特任助教 (90758301)

研究分担者 大上 雅史  東京工業大学, 情報理工学院, 助教 (50743209)
森脇 由隆  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (70751303)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードケムインフォマティクス / ソーシャルネットワーキングサービス / 分子構造 / 可視化 / 化合物空間 / オープンサイエンス / シチズンサイエンス / 創薬知 / 創薬計算科学 / バーチャルスクリーニング / ヒューマンコンピュテーション / ドラッグデザイン
研究成果の概要

化学系ソフトウェアツールとソーシャルネットワーキングサービスとの連携機能を,自前のポータルサイト chemical.space に実装し,一般提供した.当該機能を連携した bot 群を SNS 上にて運用し,オンライン創薬知共有プラットフォームとしての普及を図った.サービスは引き続き研究代表者が自費にて維持し,有用なツールについては内外問わず今後も随時追加してゆく.

研究成果の学術的意義や社会的意義

機械的な探索だけでは効率的に網羅し難い創薬探索空間を,人智を活用したヒューマンコンピュテーション(HC)技術と計算創薬との融合的実装によって開拓することを目的として,新規化合物構造を人智から創出・収集し,幅広く蓄積・シェアできるオンライン創薬知プラットフォームを実装した.これにより,現在の計算創薬の限界の打破に向けての端緒的基盤を提供した.

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 2件、 査読あり 1件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件) 備考 (6件)

  • [国際共同研究] University of Toronto(カナダ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Twitter Integration of Chemistry Software Tools2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshikawa Naruki、Kubo Ryuichi、Yamamoto Kazuki
    • 雑誌名

      ChemRxiv (査読誌投稿中)

      巻: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv.14394302.v1

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] ソーシャル創薬プロジェクト ─人智(創薬知)と計算(IT創薬)の融合,創薬エコシステムの社会実装を目指して─2018

    • 著者名/発表者名
      山本一樹
    • 雑誌名

      デジタルプラクティス

      巻: 9 ページ: 842-858

    • NAID

      170000149783

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 創薬における計算と人智の融合、群衆リソース活用の動向2020

    • 著者名/発表者名
      山本一樹
    • 学会等名
      第43回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Drug Discovery Raid Battle 2018: an open challenge to discover PD-1/PD-L1 small-molecule inhibitors2019

    • 著者名/発表者名
      山本一樹
    • 学会等名
      CBI 学会 2019 年大会「構造生物学と情報科学の真の融合を目指して ~AI 時代の新創薬化学~」
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] ソーシャル創薬プロジェクト: 人智(創薬知)と計算(IT創薬)の融合、創薬エコシステムの社会実装を目指して2018

    • 著者名/発表者名
      山本一樹
    • 学会等名
      第397回CBI学会講演会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ソーシャル創薬プロジェクト -人智(創薬知)と計算(IT創薬)の融合、創薬エコシステムの社会実装を目指して-2018

    • 著者名/発表者名
      山本一樹
    • 学会等名
      第17回情報科学技術フォーラム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] chemical.space: 化合物空間探索のためのウェブポータル

    • URL

      https://chemical.space/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] GitHub repository for chemical.space

    • URL

      https://github.com/ddquest/chemical.space

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] Bots bring chemistry research tools to Twitter

    • URL

      https://www.chemistryworld.com/news/bots-bring-chemistry-research-tools-to-twitter/4013601.article

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] ソーシャル創薬補助ウェブサイト: chemical.space

    • URL

      https://chemical.space/

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [備考] 分子構造表示 bot 機能付きSNSアカウント

    • URL

      https://twitter.com/souyakuchan

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [備考] 創薬レイドバトル

    • URL

      https://gist.github.com/souyakuchan/7f9add656d9d6b91f02f6939b88aa2c8

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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