• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

複雑生物情報ネットワークにおけるダイナミクスと制御性の統合情報解析

研究課題

研究課題/領域番号 18K11535
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関東邦大学

研究代表者

ホセ ナチェル  東邦大学, 理学部, 教授 (60452984)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2021年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2020年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2019年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード制御性 / 情報解析 / 代謝経路 / タンパク質相互作用ネットワーク / 遺伝子発現データ / 支配集合 / 複雑生物情報ネットワーク / 可制御性 / たんぱく質相互作用ネットワーク / 最大マッチング / ネットワークダイナミクス
研究成果の概要

本研究では、ある状態から別の状態へ遷移・進化する生体システムにおける制御性を研究するために、さまざまな種類の生体データを調べ、いくつかの制御手法やアルゴリズムを提案した。代謝フラックス相関と制御理論アルゴリズムの統合により、健康な状態からがん状態へのダイナミックな移行に関する新しい知見を得ることができた。一方、老化現象については、遺伝子発現プロファイルを統合することで、生涯にわたって動的に生成される確率的なタンパク質ネットワークを分析する新しい制御性モデルを用いて調査した。さらに、感染していない細胞から感染した細胞への移行も研究された。また、多層ネットワーク制御モデルも提案された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

複雑なシステムの完全制御の実現は、生物学的、社会的に強い意味を持つかもしれない。車をコントロールできるのは、車のシステムを完全に理解しているからである。同じ原理が、複雑な生物学的プロセスやヒトの疾患にも適用されるはずである。したがって、提案するアルゴリズムと計算手法は、複雑な生物学的システムの知識と制御を強化するのに役立つと信じている。いくつかの論文や学会での発表に加え、制御やネットワーク、複雑系に関する深い知識を持たない社会人にも理解できるよう、主な研究成果を書籍にまとめた。

報告書

(6件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021 2019 2018

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Probabilistic Critical Controllability Analysis of Protein Interaction Networks Integrating Normal Brain Ageing Gene Expression Profiles2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Eimi、Akutsu Tatsuya、Nacher Jose C.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 18 ページ: 9891-9891

    • DOI

      10.3390/ijms22189891

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Uncovering and classifying the role of driven nodes in control of complex networks2021

    • 著者名/発表者名
      Yuma Shinzawa, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 9627-9627

    • DOI

      10.1038/s41598-021-88295-4

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Probabilistic controllability approach to metabolic fluxes in normal and cancer tissues2019

    • 著者名/発表者名
      Jean-Marc Schwartz, Hiroaki Otokuni, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 2725-2725

    • DOI

      10.1038/s41467-019-10616-z

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles2019

    • 著者名/発表者名
      Teppei Matsubara, Tomoshiro Ochiai, Morihiro Hayashida, Tatsuya Akutsu and Jose C. Nacher
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      巻: 17 号: 03 ページ: 1940007-1940007

    • DOI

      10.1142/s0219720019400079

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Finding and analysing the minimum set of driver nodes required to control multilayer networks2019

    • 著者名/発表者名
      Nacher Jose C.、Ishitsuka Masayuki、Miyazaki Shuichi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41598-018-37046-z

    • NAID

      120006818694

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Network controllability analysis of intracellular signalling reveals viruses are actively controlling molecular systems2019

    • 著者名/発表者名
      V. Ravindran, J. C. Nacher, T. Akutsu, M. Ishitsuka, A. Osadcenco, V. Sunitha, G. Bagler, J.-M. Schwartz, D. L. Robertson,
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-018-38224-9

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 生物学的なネットワークの制御におけるintermittent頂点の重要性の定量化アルゴリズム について2022

    • 著者名/発表者名
      W. Someya T. Akutsu and J.C. Nacher
    • 学会等名
      情報処理学会 第 72 回バイオ研究発表会情報処理学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 生物学的確率有向ネットワークにおける重要制御頂点の同定アルゴリズム2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Tokuhara, T. Akutsu and J.C. Nacher
    • 学会等名
      情報処理学会 第 72 回バイオ研究発表会情報処理学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Recent developments on controllability methods integrating gene expression profiles and biological networks2021

    • 著者名/発表者名
      Jose C. Nacher
    • 学会等名
      International Conference on Intelligent Computing 2021 -The 1st International Workshop on Mathematical Methods for Analyzing Biological Data-
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Controllability Methods and Convolutional Neural Network Approach for Precision Network Medicine2019

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 学会等名
      20th Int. Conf. on System Biology: Workshop Precision Network Medicine in the era of big data (PreMED '19)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Controllability and Data Mining Integrating Transcriptome Data and Biological Networks2018

    • 著者名/発表者名
      J.C. Nacher
    • 学会等名
      5th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering (ICBBE 2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 複雑ネットワークと制御理論2023

    • 著者名/発表者名
      阿久津 達也, ホセ・ナチェル
    • 総ページ数
      216
    • 出版者
      森北出版
    • ISBN
      4627818815
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2024-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi