RNAアプタマーの分子認識メカニズムの解明

• 研究課題/領域番号: 18K11536
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
• 研究機関: 日本大学
• 研究代表者: 山岸 賢司 日本大学, 工学部, 准教授 (90460021)
• 研究分担者: 坂本 泰一 千葉工業大学, 先進工学部, 教授 (40383369) ; 石川 岳志 鹿児島大学, 理工学域工学系, 教授 (80505909)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2021-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2020年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
• キーワード: RNAアプタマー / 計算化学 / 分子シミュレーション / 分子動力学計算 / フラグメント分子軌道計算 / 核酸 / シミュレーション / 分子認識

研究成果の概要

本研究では、抗体に特異的に結合できるRNAアプタマーの結合メカニズムを、計算化学的に以下の観点から明らかとした。まず、フラグメント分子軌道法を用いた相互作用解析により、アプタマーの7番のヌクレオチド(G7)が、抗体と最も強い相互作用を形成していることを明らかとした。G7リン酸基とLys340の間に働く静電力は特に強く、結合の駆動力になることが示唆された。次に、汎用的な方法では計算できない修飾RNAに対する分子動力学計算を、一義的に実行できる独自の解析手法を構築し、アプタマーのダイナミクスについて解析した結果、溶液中のイオン種が結合に重要な役割を持っていることが明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により、論理的根拠に基づいたRNAアプタマーの設計が可能になり、アプタマー開発の大きな部分を占めていた配列の最適化や修飾基の導入工程を飛躍的に効率化させることができる。今までの方法では予測できなかった修飾を加えることで、活性を向上・変化させることも可能となり、画期的なRNAアプタマーの開発につながる。これにより、これまで有効な治療法のなかった疾患に対する治療薬の開発も期待でき、社会的にも大きな意義を持つ。

研究成果

• [雑誌論文] Specific Inhibition of FGF5-induced Cell Proliferation by RNA Aptamers (2021)
  • 著者名/発表者名: Amano, R., Namekata, M., Horiuchi, M., Saso, M., Yanagisawa, T., Tanaka, Y., Ghani, F.I., Yamamoto, M., Sakamoto T.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 2976-2976
  • DOI: 10.1038/s41598-021-82350-w
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Silver‐Promoted Fluorination Reactions of α‐Bromoamides (2021)
  • 著者名/発表者名: Mizuta Satoshi、Kitamura Kanami、Kitagawa Ayako、Yamaguchi Tomoko、Ishikawa Takeshi
  • 雑誌名: Chemistry - A European Journal 巻: 27 号: 19 ページ: 5930-5935
  • DOI: 10.1002/chem.202004769
  • 査読あり
• [雑誌論文] FMO Interfaced with Molecular Dynamics Simulation (2021)
  • 著者名/発表者名: Komeiji Yuto、Ishikawa Takeshi
  • 雑誌名: Recent advances of the fragment molecular orbital method 巻: - ページ: 373-389
  • DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_19
  • ISBN: 9789811592348, 9789811592355
• [雑誌論文] PAICS: Development of an Open-Source Software of Fragment Molecular Orbital Method for Biomolecule (2021)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa Takeshi
  • 雑誌名: Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method 巻: 5 ページ: 69-76
  • DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_5
  • ISBN: 9789811592348, 9789811592355
• [雑誌論文] The ABINIT-MP Program (2021)
  • 著者名/発表者名: Mochizuki Yuji、Ishikawa Takeshi et al.
  • 雑誌名: Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method 巻: 4 ページ: 53-67
  • DOI: 10.1007/978-981-15-9235-5_4
  • ISBN: 9789811592348, 9789811592355
• [雑誌論文] Synthesis and evaluation of (S)-5′-C-aminopropyl and (S)-5′-C-aminopropyl-2′-arabinofluoro modified DNA oligomers for novel RNase H-dependent antisense oligonucleotides (2020)
  • 著者名/発表者名: Zhou Yujun、Kajino Ryohei、Ishii Seiichiro、Yamagishi Kenji、Ueno Yoshihito
  • 雑誌名: RSC Advances 巻: 10 号: 68 ページ: 41901-41914
  • DOI: 10.1039/d0ra08468a
  • 査読あり
• [雑誌論文] 計算化学によるRNAアプタマーと標的タンパク質との分子間相互作用解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 山岸賢司
  • 雑誌名: アグリバイオ 巻: 48 ページ: 58-62
  • NAID: 40022320668
• [雑誌論文] A G-quadruplex-forming RNA aptamer binds to the MTG8 TAFH domain and dissociates the leukemic AML1-MTG8 fusion protein from DNA (2020)
  • 著者名/発表者名: Fukunaga, J., Nomura, Y., Tanaka, Y., Torigoe, H., Nakamura, Y., Sakamoto, T., Kozu, T.
  • 雑誌名: FEBS Letters 巻: 594 号: 21 ページ: 3477-3489
  • DOI: 10.1002/1873-3468.13914
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」の紹介 (2020)
  • 著者名/発表者名: 石川岳志
  • 雑誌名: 分子シミュレーション学会誌「アンサンブル」 巻: 22 ページ: 345-345
• [雑誌論文] A novel method for analysis of the electrostatic complementarity of protein-protein interaction based on fragment molecular orbital method (2020)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa Takeshi
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 761 ページ: 138103-138103
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2020.138103
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel and potent antimicrobial effects of caspofungin on drug-resistant Candida and bacteria (2020)
  • 著者名/発表者名: Sumiyoshi Makoto、Miyazaki Taiga、Makau Juliann Nzembi、Mizuta Satoshi、Tanaka Yoshimasa、Ishikawa Takeshi、Makimura Koichi、et al.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 号: 1 ページ: 17745-17745
  • DOI: 10.1038/s41598-020-74749-8
  • NAID: 120006988489
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Novel Compounds Identified by Structure-Based Prion Disease Drug Discovery Using In Silico Screening Delay the Progression of an Illness in Prion-Infected Mice (2020)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Ishibashi, Takeshi Ishikawa, Satoshi Mizuta, Hiroya Tange, Takehiro Nakagaki, Tsuyoshi Hamada, Noriyuki Nishida
  • 雑誌名: Neurotherapeutics 巻: 17(4) 号: 4 ページ: 1836-1849
  • DOI: 10.1007/s13311-020-00903-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] 計算化学を用いたRNAアプタマーの分子設計手法の確立に向けて (2020)
  • 著者名/発表者名: 山岸賢司, 吉田尚恵
  • 雑誌名: SAR News 巻: 38 ページ: 9-17
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] RNAアプタマーの分子認識メカニズムの解明 (2020)
  • 著者名/発表者名: 山岸賢司
  • 雑誌名: 月刊「細胞」 巻: 692 ページ: 45-47
• [雑誌論文] Binding interaction analysis of RNA aptamer-Fc region of human immunoglobulin G using fragment molecular orbital calculation (2020)
  • 著者名/発表者名: Yoshida Hisae, Sato Koki, Ishikawa Takeshi, Sakamoto Taiichi, Yamagishi Kenji
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 738 ページ: 136854-136854
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2019.136854
  • 査読あり
• [雑誌論文] Altered‐specificity mutants of the HIV Rev arginine‐rich motif‐RRE IIB interaction (2020)
  • 著者名/発表者名: Raad Nicole G., Ghattas Ingrid R., Amano Ryo, Watanabe Natsuki, Sakamoto Taiichi, Smith Colin A.
  • 雑誌名: Journal of Molecular Recognition 巻: 33(6) 号: 6
  • DOI: 10.1002/jmr.2833
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A Quinolinone Compound Inhibiting the Oligomerization of Nucleoprotein of Influenza A Virus Prevents the Selection of Escape Mutants (2020)
  • 著者名/発表者名: Makau Juliann Nzembi, Watanabe Ken, Otaki Hiroki, Mizuta Satoshi, Ishikawa Takeshi, Kamatari Yuji O., Nishida Noriyuki
  • 雑誌名: Viruses 巻: 12 号: 3 ページ: 337-337
  • DOI: 10.3390/v12030337
  • NAID: 120006988247
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 分子動力学計算によるRNAアプタマーとヒト抗体の複合体形成におけるCa²⁺の役割の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: Ishii Seiichiro, Sekiguchi Masahiro, Yoshida Hisae, Masukawa Keisuke, Ishikawa Takeshi, Sakamoto Taiichi, Yamagishi Kenji
  • 雑誌名: Journal of Computer Chemistry, Japan 巻: 18 号: 5 ページ: 208-210
  • DOI: 10.2477/jccj.2019-0051
  • NAID: 130007815004
  • ISSN: 1347-1767, 1347-3824
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Characterization of Entamoeba histolytica adenosine 5′-phosphosulfate (APS) kinase; validation as a target and provision of leads for the development of new drugs against amoebiasis (2019)
  • 著者名/発表者名: Mi-ichi Fumika, Ishikawa Takeshi, Tam Vo Kha, Deloer Sharmina, Hamano Shinjiro, Hamada Tsuyoshi, Yoshida Hiroki
  • 雑誌名: PLOS Neglected Tropical Diseases 巻: 13 号: 8 ページ: e0007633-e0007633
  • DOI: 10.1371/journal.pntd.0007633
  • NAID: 120006988415
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Roles of YIGL sequence of Ebola virus VP40 on genome replication and particle production (2019)
  • 著者名/発表者名: Urata Shuzo, Ishikawa Takeshi, Yasuda Jiro
  • 雑誌名: Journal of General Virology 巻: 100 号: 7 ページ: 1099-1111
  • DOI: 10.1099/jgv.0.001286
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Synthesis and characterization of small interfering RNAs with haloalkyl groups at their 3′-dangling ends (2019)
  • 著者名/発表者名: Chandela Akash, Watanabe Taeko, Yamagishi Kenji, Ueno Yoshihito
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 27 号: 7 ページ: 1341-1349
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2019.02.037
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and Biophysical Characterization of RNAs Containing (R)- and (S)-5′-C-Aminopropyl-2′-O-methyluridines (2019)
  • 著者名/発表者名: Kajino Ryohei、Maeda Yusuke、Yoshida Hisae、Yamagishi Kenji、Ueno Yoshihito
  • 雑誌名: The Journal of Organic Chemistry 巻: 84 号: 6 ページ: 3388-3404
  • DOI: 10.1021/acs.joc.8b03277
  • 査読あり
• [雑誌論文] A designer molecular chaperone against transmissible spongiform encephalopathy slows disease progression in mice and macaques (2019)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Keiichi、Kamatari Yuji O.、Ono Fumiko、Shibata Hiroaki、Fuse Takayuki、Elhelaly Abdelazim Elsayed、Fukuoka Mayuko、Kimura Tsutomu、Hosokawa-Muto Junji、Ishikawa Takeshi、Tobiume Minoru、Takeuchi Yoshinori、Matsuyama Yutaka、Ishibashi Daisuke、Nishida Noriyuki、Kuwata Kazuo
  • 雑誌名: Nature Biomedical Engineering 巻: 3 号: 3 ページ: 206-219
  • DOI: 10.1038/s41551-019-0349-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance (2019)
  • 著者名/発表者名: Okada Koutaroh、Araki Mitsugu、Sakashita Takuya、Ma Biao、Kanada Ryo、Yanagitani Noriko、Horiike Atsushi、Koike Sumie、Oh-hara Tomoko、Watanabe Kana、Tamai Keiichi、Maemondo Makoto、Nishio Makoto、Ishikawa Takeshi、Okuno Yasushi、Fujita Naoya、Katayama Ryohei
  • 雑誌名: EBioMedicine 巻: 41 ページ: 105-119
  • DOI: 10.1016/j.ebiom.2019.01.019
  • NAID: 120006892063
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Crystal structure and calcium-induced conformational changes of diacylglycerol kinase α EF-hand domains (2019)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Daisuke、Suzuki Kano、Sakamoto Taiichi、Iwamoto Takeo、Murata Takeshi、Sakane Fumio
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 28 号: 4 ページ: 694-706
  • DOI: 10.1002/pro.3572
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] アプタマー創薬と構造生物学 (2018)
  • 著者名/発表者名: SAKAMOTO Taiichi
  • 雑誌名: 日本結晶学会誌 巻: 60 号: 2-3 ページ: 129-134
  • DOI: 10.5940/jcrsj.60.129
  • NAID: 130007383392
  • ISSN: 0369-4585, 1884-5576
  • 年月日: 2018-05-31
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Synthesis of 4′- C -aminoalkyl-2′- O -methyl modified RNA and their biological properties (2018)
  • 著者名/発表者名: Koizumi Kana、Maeda Yusuke、Kano Toshifumi、Yoshida Hisae、Sakamoto Taiichi、Yamagishi Kenji、Ueno Yoshihito
  • 雑誌名: Bioorganic & Medicinal Chemistry 巻: 26 号: 12 ページ: 3521-3534
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2018.05.025
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of analysis toolkit to visualize interaction energies generated by fragment molecular orbital calculations (2018)
  • 著者名/発表者名: Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Takeshi Ishikawa, Sohei Ito, Vladimir Sladek, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Hiroaki Tokiwa, Fuminori Misaizu, and Yasuteru Shigeta
  • 雑誌名: J. Chem. Info. Model 巻: 59(1) 号: 1 ページ: 25-30
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00649
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Fragment Molecular Orbital Study of the Interaction between Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase and its Inhibitor Thapsigargin toward Anti-Malarial Development (2018)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa Takeshi、Mizuta Satoshi、Kaneko Osamu、Yahata Kazuhide
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 122 号: 33 ページ: 7970-7977
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b04509
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] RI-MP3 calculations of biomolecules based on the fragment molecular orbital method (2018)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa Takeshi、Sakakura Kota、Mochizuki Yuji
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 39 号: 24 ページ: 1970-1978
  • DOI: 10.1002/jcc.25368
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Polyamines stimulate the CHSY1 synthesis through the unfolding of the RNA G-quadruplex at the 5′-untraslated region (2018)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Katsutoshi、Asakura Kiryu、Imamura Masataka、Kawai Gota、Sakamoto Taiichi、Furihata Tomomi、Linhardt Robert J.、Igarashi Kazuei、Toida Toshihiko、Higashi Kyohei
  • 雑誌名: Biochemical Journal 巻: 475 号: 23 ページ: 3797-3812
  • DOI: 10.1042/bcj20180672
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] Molecular Dynamics Simulation of the Effect that Ca2+ has on the Tertiary Structure of an RNA Aptamer (2020)
  • 著者名/発表者名: Kazuki Kaneda, Seiichiro Ishii, Hisae Yoshida, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi
  • 学会等名: 第２０回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] NMR analysis for the development of artificial RNAs to control biomolecular functions (2020)
  • 著者名/発表者名: Kazuyuki Kumagai, Takuya Suzuki, Yuto Sekikawa, Keisuke Kamba, Li Wan, Kayoko Nagata, Akifumi Takaori-Kondo, Masato Katahira, Takashi Nagata, Taiichi Sakamoto
  • 学会等名: The 11th International Symposium of Advanced Energy Science
  • 国際学会
• [学会発表] Vif-CBFβ-CUL5-ELOB-ELOC複合体に結合するアプタマーのNMR解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 熊谷紀志，鈴木拓也，関川湧斗，神庭圭介，万里，永田佳代子，高折晃史，片平正人，永田崇，坂本泰一
  • 学会等名: 第59回NMR討論会
• [学会発表] 線維芽細胞増殖因子5（FGF5）に対するAptamerアプタマーの解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 笹生みなみ ，天野亮 ，行方昌人，堀内正隆，柳澤拓也，西本翔，田中陽一郎，GHANI Farhana Ishrat，山本昌邦，坂本 泰一
  • 学会等名: 第43回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 歯周病細菌叢の病原性を抑える試み (2020)
  • 著者名/発表者名: 佐藤啓子, 納屋昌実, 近藤好夫, 武部克希, 内藤真理子, 鈴木守, 今田勝巳, 石川岳志, 佐藤主税
  • 学会等名: 第94回日本細菌学会総会
• [学会発表] フラグメント分子軌道法に基づく静電相互作用解析法の開発とSARS-CoV-2スパイクタンパク質への応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 石川岳志, 大園紘貴, 小原弘樹, 秋澤和輝, 畑田崚, 奥脇弘次, 望月祐志
  • 学会等名: 第68回応用物理学会春季学術講演会
• [学会発表] 抗体医薬品開発をめざしたFMO法に基づくタンパク質間相互作用解析法の開発と応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 大園紘貴, 石川岳志
  • 学会等名: 日本化学会第101春季年会
• [学会発表] FMO法を用いたタンパク質間相互作用解析法の開発と免疫チェックポイント阻害剤への応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 大園紘貴, 石川岳志
  • 学会等名: 2020年日本化学会九州支部秋期研究発表会
• [学会発表] 塩基触媒による不斉Diels-Alder(DA)反応のMO法シミュレーションによる定量的解析と展開 (2020)
  • 著者名/発表者名: 染川賢一, 上田岳彦, 吉留俊史, 石川岳志, 錦織寿, 岡村浩昭
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会2020年秋季年会
• [学会発表] 生命科学を指向した量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と応用 (2020)
  • 著者名/発表者名: 石川岳志
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会2020年秋季年会
  • 招待講演
• [学会発表] Phylogenetic classifier of bacterial genomes based on nucleotide pentamer profiles (2020)
  • 著者名/発表者名: 中野善夫，土門優作，山岸賢司，渡辺孝康
  • 学会等名: 第93回日本細菌学会総会
• [学会発表] ポリアミン・ゆず種子抽出物の食餌による中枢神経変性疾患モデルマウスの病態抑制に向けた腸内免疫グロブリンA（IgA）と腸内細菌の相互作用に関する研究 (2020)
  • 著者名/発表者名: 笠原希，佐藤佑真，坂本泰一，南澤麿優覽
  • 学会等名: 日本ポリアミン学会第11回年会
• [学会発表] ポリアミン・ゆず種子抽出物の食餌による中枢神経変性疾患モデルマウスの病態抑制に向けた腸内環境の研究 ～次世代シークエンスを用いたマウス腸内細菌叢解析に及ぼす細菌由来DNA抽出条件の影響～ (2020)
  • 著者名/発表者名: 佐藤佑真，笠原希，石黒栄太郎，坂本泰一，南澤麿優覽
  • 学会等名: 日本ポリアミン学会第11回年会
• [学会発表] 抗体に結合するアプタマーと金属イオンの相互作用解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 古峰真樹，吉田尚恵，関口真裕，石川岳志，山岸賢司，坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] In-cell NMR法によるヒト生細胞内における核酸‐リガンド相互作用観測の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 高見昇平，山置佑大， 加納ふみ，村田昌之，坂本秦一，原田和雄，永田崇，片平正人
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC 複合体と2'F 修飾aptamerの相互作用解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 関川湧斗，横山達摩，河村伶美，神庭圭介，万里，永田佳代子，高折晃史，片平正人，永田崇，坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] SELEX実験におけるGRPタグの利用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 大久保広稀，天野亮，堀内正隆，坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC 複合体に結合するアプタマーの解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 熊谷紀志，鈴木拓也，関川湧斗，神庭圭介，万里，永田佳代子，高折晃史，片平正人，永田崇，坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 線維芽細胞増殖因子（FGF）5に対するアプタマーの取得と解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 笹生みなみ，天野亮，行方昌人，堀内正隆，柳澤拓也，西本翔，田中陽一郎，Farhana Ishrat Ghani，山本昌邦，坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] AML1タンパク質とアプタマーの複合体のX線結晶構造解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田川恭志郎，杉山成，天野亮，神津知子，坂本泰一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 短塩基連続出現頻度あるいは隣接遺伝子出現頻度に基づくバクテリアゲノム系統解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 土門優作，山岸賢司，中野善夫
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 薬剤耐性RNAウイルス出現予測法の確立と迅速制御のためのインシリコ創薬 (2019)
  • 著者名/発表者名: 西田教行，田中義正，石川岳志，水田賢志，大滝大樹，鎌足雄司，渡邊健
  • 学会等名: J-PRIDE 研究成果発表会 「重症・難治性感染症の理解と予防・治療法の開発に向けて～若手研究者たちの挑戦～」
• [学会発表] PEGを付加したアプタマーのNMR解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 坂本泰一
  • 学会等名: 第58回ＮＭＲ討論会
• [学会発表] フィロウイルスVP40による粒子形成を阻害する新規化合物の同定 (2019)
  • 著者名/発表者名: 浦田秀造，石川岳志，水田賢志，Omotuyi Olaposi，水谷龍明，植田弘師，田中義正，安田二朗
  • 学会等名: 第67回日本ウイルス学会学術集会
• [学会発表] Selection and characterization of aptamers against fibroblast growth factor (FGF) 5 (2019)
  • 著者名/発表者名: Saso Minami, Amano Ryo, Namekata Masato, Horiuchi Masataka, Yanagisawa Takuya, Nishimoto Kakeru, Tanaka Yoichiro, Ghani Farhana Ishrat, Yamamoto Masakuni, Sakamoto Taiichi
  • 学会等名: The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • 国際学会
• [学会発表] 分子シミュレーションによるRNAアプタマー- IgG複合体の相互作用解析および複合体形成におけるCa2+の影響 (2019)
  • 著者名/発表者名: 石井清一郎，吉田尚恵，増川恵介，石川岳志，坂本泰一，山岸賢司
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会2019秋季年会
• [学会発表] Combined computational and experimental study on the binding mechanism of RNA aptamer to human Immunoglobulin G (2019)
  • 著者名/発表者名: Masukawa Keisuke, Yoshida Hisae, Ishii Seiichiro, Yatabe Yuuki, Ishikawa Takeshi, Sakamoto Taiichi, Yamagishi Kenji
  • 学会等名: CBI（情報計算化学生物）学会2019年大会
• [学会発表] 分子動力学計算を用いた修飾核酸の立体構造解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山崎翔，吉田尚恵，増川恵介，石井清一郎，山岸賢司
  • 学会等名: 第57回 日本薬学会東北支部大会
• [学会発表] バイオインフォマティクス研究における種々のライフサイエンスデータベースの高度利用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 石井清一郎, 土門優作, 吉田尚恵, 武田伊織, 小野洋一, 中野善夫, 山岸賢司
  • 学会等名: トーゴーの日 －バイオデータベース：つないで使う－
• [学会発表] Quantum Chemical Calculation of biomolecule with Fragment Molecular Orbital Method: Program Development and Application to Drug Discovery (2019)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa Takeshi
  • 学会等名: NDSU KU Joint Symposium on Biotechnology, Nanomaterials and Polymers
  • 国際学会
• [学会発表] AML1アプタマーに対する動的構造活性相関の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田中淳，山岸賢司
  • 学会等名: RNAフロンティアミーティング 2019
• [学会発表] 分子シミュレーションを用いたRNAアプタマーとヒト抗体(IgG)の結合メカニズムの解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 石井清一郎，山岸賢司
  • 学会等名: RNAフロンティアミーティング 2019
• [学会発表] 新規RNAアプタマーの設計を目指したRNAアプタマーと標的分子との結合メカニズム解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 増川恵介，吉田尚恵，石井清一郎，矢田部優貴， 石川岳志，坂本泰一，山岸賢司
  • 学会等名: RNAフロンティアミーティング 2019
• [学会発表] クラスター解析を用いたMDトラジェクトリー解析プロトコルの構築と応用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 土門優作，増川恵介，金田一樹，佐藤壱成, 山岸賢司
  • 学会等名: 化学系学協会東北大会
• [学会発表] 計算化学を利用した薬剤耐性変異予測法の開発とオセルタミビル耐性インフルエンザウイルスでの検証 (2019)
  • 著者名/発表者名: 石川岳志，大滝大樹，J. N. Makaub，渡邊健，水田賢志，鎌足雄司，田中義正，西田教行
  • 学会等名: 第72回日本細菌学会・第56回日本ウイルス学会九州支部総会
• [学会発表] マウス腸内細菌叢解析のための細菌由来DNA抽出条件と測定方法の比較 (2019)
  • 著者名/発表者名: 佐藤佑真，坂本泰一，南澤麿優覽
  • 学会等名: 日本分析化学会第86年会
• [学会発表] Development of RNAs that bind to the Vif - CBFβ - CUL 5 - ELOB - ELOC complex (2019)
  • 著者名/発表者名: Kumagai Kazuyuki, Suzuki Takuya, Sekikawa Yuto, Kamba Keisuke, Wan Li, Nagata Kayoko, Takaori-Kondo Akifumi, Katahira Masato, Nagata Takashi, Sakamoto Taiichi
  • 学会等名: The 10th International Symposium of Advanced Energy Science
  • 国際学会
• [学会発表] RNA アプタマーと標的分子の結合メカニズムの解明 (2019)
  • 著者名/発表者名: 増川恵介，吉田尚恵，田中淳，石井清一郎，矢田部優貴，石川岳志，坂本泰一，山岸賢司
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] AML1 アプタマーの動的構造と結合親和性との相関 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田中淳，増川恵介，吉田尚恵，石川岳志，坂本泰一，山岸賢司
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 3-ヒドロキシ-2-ピリドン等の塩基触媒下, 立体選択的Diels-Alder（DA）反応機構の分子軌道法シミュレーションによる解析と展開 (2019)
  • 著者名/発表者名: 染川賢一，上田岳彦，吉留俊史，石川岳志，錦織寿，岡村浩昭
  • 学会等名: 日本コンピュータ化学会2019年春季年会
• [学会発表] フラバノン配糖体の消化による抗アレルギー活性の発現に関する研究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 白土心，田中守，山岸賢司，岡本威明
  • 学会等名: 第23回生物機能研究会
• [学会発表] 分子動力学計算によるIgGアプタマーの構造特性の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 石井清一郎, 吉田尚恵, 増川恵介, 矢田部優貴, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司
  • 学会等名: 日本化学会第99回春季大会
• [学会発表] 抗体に結合する化学修飾アプタマーの熱力学的解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 矢田部優貴・吉田尚恵・関口 真裕・秋田一雅・猪股恵美礼・野村祐介・石川岳志・山岸賢司・坂本泰一
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 分子シミュレーション解析を用いた生体分子の構造と機能の解明 (2018)
  • 著者名/発表者名: 山岸賢司
  • 学会等名: 第1回SPERC計算化学講演会・第3回岩手量子化学計算講演会
  • 招待講演
• [学会発表] ライフサイエンスデータベースを利活用したバイオインフォマティクス研究 (2018)
  • 著者名/発表者名: 渡邊妙子, 吉田尚恵, 武田伊織, 小野洋一, 中野善夫, 山岸賢司
  • 学会等名: トーゴーの日 －バイオデータベース：つないで使う－
• [学会発表] 化学教育への展開を目指した分子構造AR表示システムの開発 (2018)
  • 著者名/発表者名: 武田伊織, 山岸賢司
  • 学会等名: 化学系学協会東北大会
• [学会発表] MECHANISM OF MOLECULAR RECOGNITION OF RNA APTAMER TO HUMAN IMMUNOGLOBULIN G (2018)
  • 著者名/発表者名: Hisae YOSHIDA, Takeshi ISHIKAWA, Taiichi SAKAMOTO, Kenji YAMAGISHI
  • 学会等名: EFMC-ISMC 2018[XXV EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry
  • 国際学会
• [学会発表] Efficient implementation of FMO-RI-MP3 method in PAICS (2018)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Ishikawa, Kota. Sakakura, Yuji Mochizuki
  • 学会等名: 2018年CBI学会
• [学会発表] 核酸アプタマーの医療への応用～核酸医薬品から機能性材料まで～ (2018)
  • 著者名/発表者名: 坂本泰一
  • 学会等名: Active agingを支援するバイオメディカル工学の研究拠点
  • 招待講演
• [学会発表] New biophysical approaches to study IRES/ribosome interactions (2018)
  • 著者名/発表者名: Emma Schenckbecher, Benoit Meyer, Guillaume Bec, Taiichi Sakamoto, Philippe Dumas, Eric Ennifar
  • 学会等名: RNA2018
  • 国際学会
• [学会発表] スプライシング因子の複合体に結合するaptamerの結合能の解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 佐藤謙太郎，柳澤拓也，瀧澤将行，天野亮，武藤裕，桑迫香奈子，坂本泰一
  • 学会等名: 平成30年度日本生化学会関東支部例会
• [学会発表] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC複合体に対するアプタマーの取得と解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 鈴木拓也，万里，関川湧斗，田中陽一郎，神庭圭介，片平正人，永田崇，坂本泰一
  • 学会等名: 平成30年度日本生化学会関東支部例会
• [学会発表] HIV-1 RRE由来のRNA断片と人工ペプチドの相互作用の解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 野村祐介，渡邊なつき，木名瀬智章，永田崇，片平正人，原田和雄，坂本泰一
  • 学会等名: 第20回日本RNA学会年会
• [学会発表] Development of functional peptides that bind to RNA (2018)
  • 著者名/発表者名: Natsuki Watanabe, Tomoaki Kinase, Yusuke Nomura, Takashi Nagata, Masato Katahira, Kazuo Harada, Taiichi Sakamoto
  • 学会等名: The 9th International Symposium of Advanced Energy Science
  • 国際学会
• [学会発表] siRNAを安定化するカチオン性分子と二本鎖RNAのNMRによる相互作用解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 坂本泰一，原倫太朗，前田雄介，和田 猛
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会年会
• [学会発表] スプライシング因子の複合体に結合するaptamerの特性解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 佐藤謙太郎，柳澤拓也，瀧澤将行，天野亮，武藤裕，桑迫香奈子，坂本 泰一
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC 複合体に対するアプタマーの取得と解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 鈴木拓也，万里，関川湧斗，田中陽一郎，神庭圭介，片平正人，永田崇，坂本泰一
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Vif - CBFβ - CUL5 - ELOB - ELOC 複合体に結合する2’F 化した aptamer の取得 (2018)
  • 著者名/発表者名: 関川湧斗，水澤果那，神庭圭介，鈴木拓也，万里，片平正人，永田崇，坂本泰一
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [図書] RNA Chaperones - Methods and Protocols, "Kinetic and Thermodynamic Analyses of RNA Protein Interactions" (2020)
  • 著者名/発表者名: Amano Ryo, Sakamoto Taiichi
  • 総ページ数: 310
  • 出版者: Humana Press
  • ISBN: 9781071602317
• [図書] 医薬品開発における中分子領域(核酸医薬・ペプチド医薬)の開発戦略, "核酸医薬品の構造と物理化学的特性の解析-核酸医薬品の論理的な開発を目指して-" (2019)
  • 著者名/発表者名: 坂本泰一
  • 総ページ数: 206
  • 出版者: 情報機構
  • ISBN: 9784865021769