| 研究課題/領域番号 |
18K11680
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分64010:環境負荷およびリスク評価管理関連
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| 研究機関 | 宮崎大学 |
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研究代表者 |
鈴木 祥広 宮崎大学, 工学部, 教授 (90264366)
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| 研究分担者 |
真砂 佳史 国際連合大学サステイナビリティ高等研究所, サステイナビリティ高等研究, その他 (50507895)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2018年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 水系感染症 / 病原細菌 / 病原遺伝子 / 一斉検出・定量 / マルチプレックスPCR / NGSシーケンシング / コピー数 / リード数 / プライマー設計 / 一斉検出 / 次世代シーケンサー / 泡沫濃縮法 / 都市河川 / 菌叢解析 / 病原性細菌属 / 感染リスク / 河川水 / 病原細菌濃縮 / 細菌同時検出 |
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| 研究成果の概要 |
水環境中の病原性細菌による水系感染症は，世界の最重要問題となっている．そこで，水環境における病原性細菌の情報を正確，かつ一斉に取得できる手法の開発が必要である．本研究では，大腸菌病原遺伝子7種類を対象に，Multiplex PCR法による標的遺伝子の一斉増幅およびNGS法による塩基配列の一斉解析を組み合わせた検出法の開発を検討した．新規の遺伝子定量法であるデジタルPCR法のコピー数とNGS法のリード数の関係は，正の相関を示した．本研究のMultiplex PCR法とNGS法による一斉検出法は，7種類の標的遺伝子を一斉検出でき，かつNGS法のリード数からコピー数の推定が可能である．
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
病原性細菌の検出技術が発展しているにも関わらず，水環境において，それら病原性細菌の一斉検出法は確立されておらず，情報・知見が乏しいのが現状である．本研究では，Multiplex PCR法における多数の標的遺伝子を一斉に増幅させるプロセスとNGS法による塩基配列の一斉解析のプロセスを組み合わせて，水環境における病原性細菌の一斉検出法の開発した．この開発した方法によって，これまで得られていなかった水環境における病原遺伝子の存在実態と分布が追跡できる．
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