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受精ダイナミクスに潜む連続体の数理:実験データに基づいた理論的アプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 18K13456
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分12040:応用数学および統計数学関連
研究機関京都大学 (2019-2023)
東京大学 (2018)

研究代表者

石本 健太  京都大学, 数理解析研究所, 准教授 (00741141)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2019年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2018年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
キーワード流体力学 / 連続体力学 / 数理モデル
研究成果の概要

精子に代表される微小生物の流体中のダイナミクスに対し、実験データに基づく弾性体と流体の両方を考慮した連続体の数理モデリング手法の開発に取り組んだ。顕著な成果として、バクテリアのフックの柔軟性によって起こる弾性流体不安定性を理論的に解明した。また、鞭毛波形を自動検出できる手法を開発し、多数の精子サンプルの解析が可能になった。微小生物の遊泳ダイナミクスにおける弾性・流体の結合問題の遊泳公式の導出に成功し、適切な形状空間の設計指針を与えることに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

精子を含む微生物の遊泳ダイナミクスは、感染症や不妊治療といった医学的観点だけでなく、細胞スケールのマイクロロボットの開発の基礎ともなる。このような複合的な学際領域における、数理的な基盤やモデリング手法の基礎づけは、広範囲の学術的分野を支える知見となる。特に成果のあったバクテリアの壁面近傍の挙動に関しては、バイオフィルムの形成メカニズムを理解する上でも重要だと考えている。

報告書

(7件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (51件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (9件) 雑誌論文 (25件) (うち国際共著 19件、 査読あり 24件、 オープンアクセス 22件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 8件、 招待講演 9件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Oxford/University of Birmingham(英国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Oxford/University College London/University of Bath(英国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] UCAS(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Oxford/University College London(英国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] オックスフォード大学(英国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ノースカロライナA&T大学(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] オックスフォード大学/ケンブリッジ大学(英国)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] INRIA/ストラスブール大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Oxford/University of Cambridge(英国)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] A Multiscale Numerical Simulation of Quasi-Two-Dimensional Bacterial Turbulence Using a Regularized Stokeslet Representation2023

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta
    • 雑誌名

      Springer Proceedings in Mathematics & Statistics

      巻: 429 ページ: 215-226

    • DOI

      10.1007/978-3-031-35871-5_11

    • ISBN
      9783031358708, 9783031358715
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Squirmer hydrodynamics near a periodic surface topography2023

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.、Smith David J.
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 11 ページ: 1123446-1123446

    • DOI

      10.3389/fcell.2023.1123446

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Jeffery’s Orbits and Microswimmers in Flows: A Theoretical Review2023

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 92 号: 6 ページ: 062001-062001

    • DOI

      10.7566/jpsj.92.062001

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Onsager’s Variational Principle for Nonreciprocal Systems with Odd Elasticity2023

    • 著者名/発表者名
      Lin Li-Shing、Yasuda Kento、Ishimoto Kenta、Hosaka Yuto、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 92 号: 3 ページ: 033001-033001

    • DOI

      10.7566/jpsj.92.033001

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Hydrodynamic slender-body theory for local rotation at zero Reynolds number2023

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 8 号: 3 ページ: 034101-034101

    • DOI

      10.1103/physrevfluids.8.034101

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Systematic parameterizations of minimal models of microswimming2023

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 8 号: 3 ページ: 034102-034102

    • DOI

      10.1103/physrevfluids.8.034102

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The control of particles in the Stokes limit2022

    • 著者名/発表者名
      Walker B.J.、Ishimoto K.、Gaffney E.A.、Moreau C.
    • 雑誌名

      Journal of Fluid Mechanics

      巻: 942

    • DOI

      10.1017/jfm.2022.253

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Self-organized swimming with odd elasticity2022

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta、Moreau Clement、Yasuda Kento
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 105 号: 6 ページ: 064603-064603

    • DOI

      10.1103/physreve.105.064603

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Emergent rheotaxis of shape-changing swimmers in Poiseuille flow2022

    • 著者名/発表者名
      Walker B.J.、Ishimoto K.、Moreau C.、Gaffney E.A.、Dalwadi M.P.
    • 雑誌名

      Journal of Fluid Mechanics

      巻: 944

    • DOI

      10.1017/jfm.2022.474

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Time-correlation functions for odd Langevin systems2022

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Kento、Ishimoto Kenta、Kobayashi Akira、Lin Li-Shing、Sou Isamu、Hosaka Yuto、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 157 号: 9 ページ: 095101-095101

    • DOI

      10.1063/5.0095969

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Most probable path of an active Brownian particle2022

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Kento、Ishimoto Kenta
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 106 号: 6 ページ: 064120-064120

    • DOI

      10.1103/physreve.106.064120

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Modelling Motility: The Mathematics of Spermatozoa2021

    • 著者名/発表者名
      Gaffney Eamonn A.、Ishimoto Kenta、Walker Benjamin J.
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 9 ページ: 710825-710825

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.710825

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Computer-assisted beat-pattern analysis and the flagellar waveforms of bovine spermatozoa2020

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Phuyal Shiva、Ishimoto Kenta、Tung Chih-Kuan、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Royal Society Open Science

      巻: 7 号: 6 ページ: 200769-200769

    • DOI

      10.1098/rsos.200769

    • NAID

      120006879512

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Efficient simulation of filament elastohydrodynamics in three dimensions2020

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 5 号: 12 ページ: 123103-123103

    • DOI

      10.1103/physrevfluids.5.123103

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Regularized representation of bacterial hydrodynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.、Walker Benjamin J.
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 5 号: 9 ページ: 093101-093101

    • DOI

      10.1103/physrevfluids.5.093101

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Helicoidal particles and swimmers in a flow at low Reynolds number2020

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta
    • 雑誌名

      Journal of Fluid Mechanics

      巻: 892

    • DOI

      10.1017/jfm.2020.142

    • NAID

      120007142252

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 微生物の流体力学2020

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 雑誌名

      数理科学

      巻: 682 ページ: 67-74

    • NAID

      120006936354

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] The N-flagella problem: Elastohydrodynamic motility transition of multi-flagellated bacteria2019

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta、Lauga Eric
    • 雑誌名

      Proceedings of the Royal Society A

      巻: 印刷中 号: 2225 ページ: 20180690-20180690

    • DOI

      10.1098/rspa.2018.0690

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pairwise hydrodynamic interactions of synchronized spermatozoa2019

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 4 号: 9 ページ: 093101-093101

    • DOI

      10.1103/physrevfluids.4.093101

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Bacterial spinning top2019

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta
    • 雑誌名

      Journal of Fluid Mechanics

      巻: 880 ページ: 620-652

    • DOI

      10.1017/jfm.2019.714

    • NAID

      120006731561

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Filament mechanics in a half-space via regularised Stokeslet segments2019

    • 著者名/発表者名
      Walker B. J.、Ishimoto K.、Gad?lha H.、Gaffney E. A.
    • 雑誌名

      Journal of Fluid Mechanics

      巻: 879 ページ: 808-833

    • DOI

      10.1017/jfm.2019.723

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Boundary behaviours of Leishmania mexicana: A hydrodynamic simulation study2019

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Wheeler Richard J.、Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 462 ページ: 311-320

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2018.11.016

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Automated identification of flagella from videomicroscopy via the medial axis transform2019

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Ishimoto Kenta、Wheeler Richard J.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 5015-5015

    • DOI

      10.1038/s41598-019-41459-9

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Hydrodynamic Clustering of Human Sperm in Viscoelastic Fluids2018

    • 著者名/発表者名
      Ishimoto Kenta、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 号: 1 ページ: 15600-15600

    • DOI

      10.1038/s41598-018-33584-8

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Response of monoflagellate pullers to a shearing flow: A simulation study of microswimmer guidance2018

    • 著者名/発表者名
      Walker Benjamin J.、Ishimoto Kenta、Wheeler Richard J.、Gaffney Eamonn A.
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 98 号: 6 ページ: 063111-063111

    • DOI

      10.1103/physreve.98.063111

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Self-organised microswimming of active soft matter2022

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      9th World Congress of Biomechanics
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Emergence of motility pattern in elastohydrodynamic cell swimming2021

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      RIMS International Conference: Modeling and Mathematical Analysis of Dynamics of Pattern
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 流体方程式から見る微生物の対称性2021

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 流れ場中の螺旋微生物の運動2020

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      日本流体力学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Microswimming stability via fluid-structure interactions2020

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      Fluid-structure interactions: From engineering to biomimetic systems
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] バクテリア独楽の流体力学的安定性2020

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      RIMS研究集会「生物数学の理論と応用」
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] A data-driven multi-scale modelling for collective dynamics of human sperm2019

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto, B. J. Walker and E. A. Gaffney
    • 学会等名
      Emerging behaviour in active matter: computational challenges
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] N鞭毛問題:バクテリア遊泳の安定性2019

    • 著者名/発表者名
      石本健太、E. Lauga
    • 学会等名
      日本流体力学会年会2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Elastohydrodynamic stability problems in bacterial swimming2019

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      RIMS Workshop "Mathematical Methods in Biofluid Mechanics
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞運動と流れのダイナミクス2019

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      メカノバイオロジー研究を学ぶ2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Hydrodynamics of bacterial spinning top2019

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      Annual Meeting of American Physical Society Division of Fluid Dynamics
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ストークス流れにおける流体運動的対称性2019

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      現象と数理モデル2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 受精ダイナミクスの流体数理2019

    • 著者名/発表者名
      石本健太
    • 学会等名
      反応拡散系と実験の融合2
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Mathematical methods of fluid mechanics at the scale of the cell2019

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      Interdisciplinary Workshop "Mathematics and Pharmaceutical Sciences"
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Hydrodynamic modelling of human sperm clustering2018

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Collective dynamics of human sperm swimming in a viscoelastic medium2018

    • 著者名/発表者名
      K. Ishimoto
    • 学会等名
      71st Annual Meeting of American Physical Society Division of Fluid Dynamics
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] 研究者の個人webページ

    • URL

      https://www.kurims.kyoto-u.ac.jp/~ishimoto/jp/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2025-01-30  

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