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高効率バイオプロセスに向けた代謝制御リプログラムによる微生物表現型の可塑的制御

研究課題

研究課題/領域番号 18K14065
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
研究機関九州大学

研究代表者

相馬 悠希  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (80781955)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード合成生物学 / 人工遺伝子回路 / 人工代謝経路 / バイオプロセス / クオラムセンシング / 代謝工学 / 進化工学 / 実験室適応進化 / バイオリファイナリー / 代謝フラックス / 微生物代謝 / バイオプロダクション / 代謝アダプテーション / 代謝動態リプログラム
研究成果の概要

バイオプロセスにおいて宿主内在性代謝経路と物質生産経路は直接的な競合関係にあり,「菌体増殖能の高い表現型」と「物質生産性の高い表現型」はトレードオフ関係にあり,バイオプロセスにおける生産性の向上の障害となっている.そこで本研究では,バイオプロセスの進行度に応じて表現型を最適に自己制御可能な微生物の設計・構築を目的とした新規代謝工学戦略の開発に取り組んだ.大腸菌において菌体増殖を制御する人工遺伝子回路を構築することで,様々な有用化合物生産において生産性の向上に成功した.また,人工合成クオラムセンシング機構に基づく振動回路を構築し,流加培養においても継続的に高い生産性を維持させることに成功した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

化石資源に依存しない持続可能な資源の活用を目指して,微生物などを用いたバイオプロセスによる再生可能資源からの有用物質生産の工業化 (バイオリファイナリー) が注目されている.しかしながら,実用コストを満足する様な十分な生産性を得られていない場合が多く,現状はバイオリファイナリーの実現には至っていない.本研究では,バイオプロセスにおいて普遍的な課題である生産ユニットたる“菌体数”を効率的に確保と生産ユニットあたりの生産効率である“比生産性・比収率”の競合を解消し,生産性の効率化に資する方法論を考案・実証した.本研究は,再生可能資源を原料とした持続可能な有用化合物生産の基盤構築に貢献した.

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件) 備考 (4件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Quantitative metabolomics for dynamic metabolic engineering using stable isotope labeled internal standards mixture (SILIS).2022

    • 著者名/発表者名
      Soma Y#, Takahashi M#, Fujiwara Y, Tomiyasu N, Goto M, Hanai T, Izumi Y, Bamba T*.
    • 雑誌名

      J. Biosci. Bioeng.

      巻: 133(1) 号: 1 ページ: 46-55

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.09.009

    • NAID

      40022801277

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic metabolic engineering of Escherichia coli improves fermentation for the production of pyruvate and its derivatives2022

    • 著者名/発表者名
      Soma Yuki、Yamaji Taiki、Hanai Taizo
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 133 号: 1 ページ: 56-63

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.09.015

    • NAID

      40022801279

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Calibration-curve-locking database for semi-quantitative metabolomics by gas chromatography/mass spectrometry.2021

    • 著者名/発表者名
      Hata K#, Soma Y#, Yamashita T, Takahashi M, Sugitate K, Serino T, Miyagawa H, Suzuki K, Yamada K, Kawamukai T, Shiota T, Izumi Y*, Bamba T*.
    • 雑誌名

      Metabolites

      巻: 11(4) 号: 4 ページ: 207-207

    • DOI

      10.3390/metabo11040207

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Metabolic alteration of Methylococcus capsulatus str. Bath during a microbial gas-phase reaction.2021

    • 著者名/発表者名
      Chen Y-Y#, Soma Y#, Ishikawa M#, Takahashi M, Izumi Y, Bamba T, Hori K*.
    • 雑誌名

      Bioresour. Technol.

      巻: 330 ページ: 125002-125002

    • DOI

      10.1016/j.biortech.2021.125002

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of synthetic quorum sensing achieving induction timing-independent signal stabilization for dynamic metabolic engineering of E. coli.2021

    • 著者名/発表者名
      Soma Y, Takahashi M, Fujiwara Y, Shinohara T, Izumi Y, Hanai T*, Bamba T*.
    • 雑誌名

      ACS Synth. Biol.

      巻: 10(6) 号: 6 ページ: 1384-1393

    • DOI

      10.1021/acssynbio.1c00008

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enhancement of acetyl-CoA flux for photosynthetic chemical production by pyruvate dehydrogenase complex overexpression in Synechococcus elongatus PCC 7942.2020

    • 著者名/発表者名
      Hirokawa, Y., Kubo, T. (co-first author), Soma, Y., Saruta, F., Hanai, T.
    • 雑誌名

      Metab. Eng.

      巻: 57 ページ: 23-30

    • DOI

      10.1016/j.ymben.2019.07.012

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthetic microbial consortium with specific roles designated by genetic circuits for cooperative chemical production.2019

    • 著者名/発表者名
      Honjo, H., Iwasaki, K. (co-first author), Soma, Y., Tsuruno, K., Hamada, H., Hanai, T.
    • 雑誌名

      Metab. Eng.

      巻: 55 ページ: 268-275

    • DOI

      10.1016/j.ymben.2019.08.007

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 油糧糸状菌 Mortierella alpina の分子育種による遊離脂肪酸生産株のリピドーム解析2020

    • 著者名/発表者名
      島田 良美1,下平 武彦2,相馬 悠希2,和泉 自泰2,安藤 晃規1,岸野 重信1,阪本 鷹行3,馬場 健史2,小川 順1,櫻谷 英治3
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2020年度大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 異なる人工遺伝子回路持つ二つの大腸菌による共培養系の構築2019

    • 著者名/発表者名
      岩崎 建史朗1,本庄 宏1,相馬 悠希2,鶴野 圭悟1,盧 鎮栄1,濱田 浩幸1,花井 泰三1
    • 学会等名
      第71回 日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 次世代定量メタボローム解析に資する安定同位体標識内部標準品群調製法の開発2019

    • 著者名/発表者名
      相馬 悠希1,2 ,藤原 由梨2,高橋 政友1,後藤 麻衣子1,下平 武彦1,池田 明夏里3,寺内 勉3,和泉 自泰1,2,馬場 健史1,2
    • 学会等名
      第71回 日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 代謝動態制御を介して菌体集団規模を制御するQuorum Sensing型遺伝子回路の構築とメタボローム解析による機能評価2018

    • 著者名/発表者名
      相馬 悠希,篠原 玉樹,藤原 由梨,角田 一真,秦 康祐, 和泉 自泰,花井 泰三,馬場 健史
    • 学会等名
      第70回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 絶対定量メタボローム解析の実用化に向けた安定同位体内部標準群のバイオプロダクション2018

    • 著者名/発表者名
      藤原由梨,相馬悠希,高橋政友,和泉自泰,馬場健史
    • 学会等名
      第25回日本生物工学会 九州支部鹿児島大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Dynamic metabolic engineering harnessing synthetic biological tools and metabolomic analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Soma, Yuri Fujiwara, Kohsuke Hata, Yoshihiro Izumi, Takeshi Bamba, Taizo Hanai.
    • 学会等名
      Metabolic Engineering 12
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Design of Microbial Cell Factories with Dynamic Gene Regulation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Soma
    • 学会等名
      The Asian Synthetic Biology Association (ASBA 2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] Google Scholar

    • URL

      https://scholar.google.com/citations?user=tqoJYggAAAAJ&hl=en

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 研究者プロファイリングツール 九州大学Pure

    • URL

      https://kyushu-u.pure.elsevier.com/ja/persons/yuki-soma

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 個人HP

    • URL

      https://y-soma.wixsite.com/home

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考]

    • URL

      https://y-soma.wixsite.com/home

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [産業財産権] 質量分析用標識組成物,代謝物の定量分析法,及び代謝物の動態解析法2019

    • 発明者名
      脇村明夏里,寺内勉,馬場健史,和泉自泰,相馬悠希
    • 権利者名
      脇村明夏里,寺内勉,馬場健史,和泉自泰,相馬悠希
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2019-090121
    • 出願年月日
      2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [産業財産権] 標識代謝物の製造方法、代謝物の定量方法、及び標識代謝物製造キット2018

    • 発明者名
      寺内 勉,脇村 明夏里,馬場 健史,和泉 自泰,相馬 悠希
    • 権利者名
      寺内 勉,脇村 明夏里,馬場 健史,和泉 自泰,相馬 悠希
    • 産業財産権種類
      特許
    • 公開番号
      2019-024326
    • 出願年月日
      2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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