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XFEL時分割構造解析によるチトクロム酸化酵素の反応機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K14635
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関岐阜大学

研究代表者

島田 敦広  岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (80723874)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード膜タンパク質 / プロトンポンプ / 金属タンパク質 / ヘム / 酸素還元 / 生体エネルギー / 酸素代謝 / 電子伝達 / 中間体構造 / X線自由電子レーザー / 時分割構造解析
研究成果の概要

シトクロム酸化酵素(CcO)は呼吸で取り込んだ酸素からエネルギーを生み出すタンパク質であり、生体エネルギー生産の中心を担っている。最近、本酵素の活性を制御することで過剰なエネルギー生産や活性酸素種の発生を抑制し肥満や糖尿病の予防につながることが示唆されており、CcOの反応機構解明は創薬などへの応用も期待されている。本研究では、CcOの大型結晶を用いて、CcOの反応中間体構造を複数決定することに成功した。さらに、高輝度極短パルスX線であるX線自由電子レーザー(XFEL)を用いて、CcOの微結晶から3.0 A分解能程度の構造データの収集と、金属中心の価数データを収集することにも成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

シトクロム酸化酵素(CcO)はミトコンドリア内膜に存在しており、酸素を水へと還元することで生命活動に必須のATPを合成する駆動力を生み出す。そのため、生体エネルギー論分野において、CcOの反応機構解明は最重要課題であり続けている。また、CcOによる酸素還元反応過程でほとんど活性酸素種といった有害な物質を産生しない。そのため、CcOの酸素還元中心の構造をもとに高効率で安全な人工触媒の設計も期待される。CcOの反応機構を理解するためには、その反応中間体構造の解明が不可欠である。本研究では、初めてCcOの生理学的な反応中間体の構造を高分解能で決定した。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] X-ray structures of catalytic intermediates of cytochrome c oxidase provide insights into its O2 activation and unidirectional proton-pump mechanisms2020

    • 著者名/発表者名
      A. Shimada, Y. Etoh, R. Kitoh-Fujisawa, A. Sasaki, K. Shinzawa-Itoh, T. Hiromoto, E. Yamashita, K. Muramoto, T. Tsukihara, S. Yoshikawa
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 295 号: 17 ページ: 5818-5833

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.009596

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Low-dose X-ray structure analysis of cytochrome c oxidase utilizing high-energy X-rays.2019

    • 著者名/発表者名
      G. Ueno, A. Shimada, E. Yamashita, K. Hasegawa, T. Kumasaka, K. Shinzawa-Itoh, S. Yoshikawa, T. Tsukihara, M. Yamamoto.
    • 雑誌名

      J Synchrotron Radiat.

      巻: 26 号: 4 ページ: 912-921

    • DOI

      10.1107/s1600577519006805

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A temperature-controlled cold-gas humidifier and its application to protein crystals with the humid-air and glue-coating method2019

    • 著者名/発表者名
      Baba Seiki、Shimada Atsuhiro、Mizuno Nobuhiro、Baba Junpei、Ago Hideo、Yamamoto Masaki、Kumasaka Takashi
    • 雑誌名

      Journal of Applied Crystallography

      巻: 52 号: 4 ページ: 699-705

    • DOI

      10.1107/s1600576719006435

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] チトクロム酸化酵素によるプロトンポンプは,酸素結合によって誘起されるタンパク質内部の構造変化によって厳密に制御されている2019

    • 著者名/発表者名
      SHIMADA Atsuhiro
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 59 号: 2 ページ: 106-107

    • DOI

      10.2142/biophys.59.106

    • NAID

      130007620410

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] X-ray structural analyses of azide-bound cytochrome c oxidases reveal that the H-pathway is critically important for the proton-pumping activity.2018

    • 著者名/発表者名
      1.Shimada A, Hatano K, Tadehara H, Yano N, Shinzawa-Itoh K, Yamashita E, Muramoto K, Tsukihara T, Yoshikawa S.
    • 雑誌名

      J Biol Chem.

      巻: 293 号: 38 ページ: 14868-14879

    • DOI

      10.1074/jbc.ra118.003123

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] O2-activation and unidirectional proton transfer mechanism by cytochrome c oxidase elucidated by X-ray structures of its catalytic intermediate2020

    • 著者名/発表者名
      Shimada, A
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] The structural analysis of cytochrome c oxidase complexed with cytochrome c using cryo-electron microscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Shimada, A., Kozai, D., Nishikawa, K., Fujiyoshi, Y., Sho, G., Mizutani, T. and Tani, K
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] O2-activation and unidirectional proton-pump mechanisms of cytochrome c oxidase elucidated by X-ray structures of its catalytic intermediates2019

    • 著者名/発表者名
      Shimada Atsuhiro、Etoh Yuki、Shinzawa-Itoh Kyoko、Yamashita Eiki、Muramoto Kazumasa、Tsukihara Tomitake、Yoshikawa Shinya
    • 学会等名
      International Symposium on Diffraction Structural Biology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] チトクロム酸化酵素反応中間体の構造解析による、酸素還元と共役したプロトンポンプ機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      島田敦広、村本和優、伊藤-新澤恭子、月原冨武、吉川信也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] X線照射量の違いがチトクロム酸化酵素の結晶構造へ与える影響2019

    • 著者名/発表者名
      Gyokucho Sho、Akari Miyamoto、Kazuma ashida、Kyoko Ito-Shinzawa、Astuhiro Shimada、Tomitake Tsukihara、Shinnya yoshikawa
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] チトクロム酸化酵素によるプロトンポンプは、酸素結合によって誘起されるタンパク質内構造変化によって厳密に制御されている2018

    • 著者名/発表者名
      島田敦広、久保稔、馬場清喜、吾郷日出夫、吉川信也、月原冨武
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A nanosecond time-resolved XFEL structure analysis reveals the structural changes associated with CO release from Cytochroem c Oxidase2018

    • 著者名/発表者名
      Atsuhiro Shimada, Minoru Kubo, Seiki Baba, Hideo Ago, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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