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数理手法を用いたオートファジー・ダイナミクスの解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K14693
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分44010:細胞生物学関連
研究機関東京大学

研究代表者

境 祐二  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 助教 (70631779)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2018年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードオートファジー / 膜リモデリング / オルガネラ / 理論生物学 / 定量生物学 / ソフトマター物理学 / 膜物理学 / 生物物理学 / 数理生物学 / 曲率因子 / イメージング / 膜物理 / 形の相転移 / 相分離 / 細胞生物 / 数理生物 / ソフトマター物理
研究成果の概要

オートファゴソーム形成時における隔離膜の膜動態を説明する数理モデルを構築した。膜の高曲率を安定化させる曲率因子を想定し、隔離膜の成長に伴う膜形態変化ダイナミクスに与える影響について、数理モデルを用いて解析した。その結果、曲率因子がディスク状の隔離膜の最も膜曲率が大きい部分(エッジ)に自発的に局在し、ディスク状の隔離膜を安定化させていることを示した。さらに、隔離膜の成長に伴い曲率因子の分布が変化し、この分布の変化が中間状態のカップ状の形態を安定化させ、隔離膜の成長を安定化させていることを示した。理論モデルの予測は、生細胞ライブイメージングで得られた隔離膜の形態変化と定量的に一致する。

研究成果の学術的意義や社会的意義

オートファジー研究は、今まで生化学や遺伝学など実験を主導として行われてきた。しかし、その機構についてはまだ未解決な問題が多くある。本研究では、物理モデル、すなわち膜の形に基づくエネルギーを考慮する数理解析から、オートファゴソームの形態変化を理解することを試みた。本研究を通して、オートファジー分野に対して理論的取り組みの有効性を示すことができた。オートファジー分野における理論研究の可能性を示し、実験と理論の融合により新たな知見を得ることができた。

報告書

(3件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 7件)

  • [国際共同研究] Max Planck Institute(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical modeling for autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      EMBO Workshop: Membrane shaping and remodeling by proteins
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical modeling for autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      China-Japan-Korea Symposium on Autophagy
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Modeling autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      Joint 12th EBSA / 10th ICBP-IUPAP Biophysics Congress
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Modeling morphological change during autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Roland L. Knorr, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      EMBO Workshop: Autophagy: From molecular principles to human diseases
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical modeling for autophagosome formation2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二,本田-小山郁子, 立川正志, Roland Knorr, 水島昇
    • 学会等名
      第19回東京大学生命科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] オートファゴソーム形成の理論モデル2019

    • 著者名/発表者名
      境祐二,本田-小山郁子, 立川正志, Roland Knorr, 水島昇
    • 学会等名
      第12回オートファジー研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Physical modeling for autophagosome formation2018

    • 著者名/発表者名
      境祐二
    • 学会等名
      細胞システムの動態と論理X
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Mathematical modelling for autophagosome formation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      2018 Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology & the Japanese Society for Mathematical Biology
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Physical Modeling for autophagosome formation2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      Physics of living matter
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Model of autophagosome formation regulated by curvature-generators2018

    • 著者名/発表者名
      Yuji Sakai, Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Noboru Mizushima
    • 学会等名
      Advances in Physics of Emergent orders in Fluctuations 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2021-02-19  

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