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琉球諸島ヒト集団における全ゲノム配列解析による環境適応の検証

研究課題

研究課題/領域番号 18K14805
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分45050:自然人類学関連
研究機関東京大学 (2020)
琉球大学 (2018-2019)

研究代表者

小金渕 佳江  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (10753593)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード人類学 / ゲノム / 集団構造 / 環境適応 / 琉球 / ヒト / 琉球列島 / 集団遺伝 / 琉球諸島 / 集団形成史 / 人口動態 / 遺伝的分化 / 移住 / 全ゲノム解析 / 感染症
研究成果の概要

本研究課題では、琉球諸島の地域集団に生じた適応進化の可能性を検証し、それらは現在の集団へはどのような影響を与えているのかを解明するために全ゲノム配列を用いた集団遺伝学解析を行った。結果として、琉球諸島人は列島内で地域によって遺伝的な分化が生じていること、また沖縄島と宮古諸島の人々の間の遺伝的相違は、グスク時代が始まった11世紀の頃には既に生じていたことが示唆された。また高Fst値だったサイトにアノテーションを付与し、その特徴を明らかにした。今後は複数の集団遺伝学統計量を用いて、環境適応の詳細を検証していく必要がある。

研究成果の学術的意義や社会的意義

集団レベルでのヒトゲノム配列解析が行われるようになり、ヒトは地域ごとの遺伝学的特徴を持つことが明らかとなった。この特徴は彼らがたどった歴史を反映している。本州日本では縄文人と渡来系弥生人の遺伝的な混ざり合いの証拠が遺伝学や形態学研究から多く報告されているが、琉球列島ではヒトの移住や人口動態に関する研究は少なかった。すなわち、本研究成果は琉球列島人の成り立ちの理解に貢献する。また琉球列島では本州とは異なる生活習慣病の傾向や地域特異的な疾患の報告があり、この地域での個別化医療を検討する上での基礎情報を提供できる。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 5件、 招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Paleogenomics of human remains in East Asia and Yaponesia focusing on current advances and future directions2021

    • 著者名/発表者名
      KOGANEBUCHI KAE、OOTA HIROKI
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 129 号: 1 ページ: 59-69

    • DOI

      10.1537/ase.2011302

    • NAID

      130008030445

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Fine-scale genetic structure and demographic history in the Miyako Islands of the Ryukyu Archipelago2021

    • 著者名/発表者名
      Matsunami, M., K. Koganebuchi, M. Imamura, H. Ishida, R. Kimura, and S. Maeda
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 2021 号: 5 ページ: 2045-2056

    • DOI

      10.1093/molbev/msab005

    • NAID

      120007170568

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Biomedical and genetic characteristics of the Ryukyuans: demographic history, diseases and physical and physiological traits.2019

    • 著者名/発表者名
      K Koganebuchi and R Kimura
    • 雑誌名

      Annals of Human Biology

      巻: 印刷中 号: 4 ページ: 354-366

    • DOI

      10.1080/03014460.2019.1582699

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new targeted capture method using bacterial artificial chromosome (BAC) libraries as baits for sequencing relatively large genes2018

    • 著者名/発表者名
      Kae Koganebuchi, Takashi Gakuhari, Hirohiko Takeshima, Kimitoshi Sato, Kiyotaka Fujii, Toshihiro Kumabe, Satoshi Kasagi, Takehiro Sato, Atsushi Tajima, Hiroki Shibata, Motoyuki Ogawa, Hiroki Oota
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 13 号: 7 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0200170

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Population Genomic Insights into the Ryukyu Islanders2021

    • 著者名/発表者名
      Kae Koganebuchi
    • 学会等名
      Studies in Asian and African Geolinguistics: the 2nd meeting
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 下戸遺伝子と琉球ゲノムで紐解くヒトの歴史2021

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江
    • 学会等名
      東京大学理学部公開講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 全ゲノム配列情報を用いた琉球列島におけるヒト移住史の推定2020

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江
    • 学会等名
      研究会「遺伝学・言語学・考古学の成果から見る宮古諸島の人の多様性」
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Demographic history of the Ryukyu islanders inferred from whole-genome sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      K Koganebuchi
    • 学会等名
      The 17th Asian Bioinformatics Consortium Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Reconstructing the population history in the Ryukyu Islands at the southern part of the Japanese Archipelago using whole-genome sequencing2019

    • 著者名/発表者名
      K Koganebuchi, M Matsunami, M Imamura, Y Kawai, K Tokunaga, S Maeda, H Ishida, R Kimura
    • 学会等名
      The Asia Pacific Conference on Human Evolution
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 琉球列島における全ゲノム配列データを用いたヒト集団史の推定2019

    • 著者名/発表者名
      小金渕 佳江、松波 雅俊、今村 美菜子、河合 洋介、徳永 勝士、前田 士郎、石田 肇、木村 亮介
    • 学会等名
      第73回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 琉球諸島ヒト集団の成立史の推定2019

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江
    • 学会等名
      第一回ヤポネシアゲノム若手研究集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 遺伝的多型に基づく琉球諸島の人々の集団形成史2019

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江
    • 学会等名
      新学術領域・ヤポネシアゲノム・言語班2018年度第二回研究集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A new targeted enrichment method, “BAC-double capture,” for ancient DNA analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Kae Koganebuchi, Takashi Gakuhari, Hirohiko Takeshima, Satoshi Kasagi, Takehiro Sato, Atsushi Tajima, Hiroki Shibata, Motoyuki Ogawa, Hiroki Oota
    • 学会等名
      8th International Symposium on Biomolecular Archaeology
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A new targeted-capture method using bacterial artificial chromosome (BAC) as baits exclusively developed for sequencing relatively large loci of ancient DNA2018

    • 著者名/発表者名
      Kae Koganebuchi, Takashi Gakuhari, Hirohiko Takeshima, Satoshi Kasagi, Takehiro Sato, Atsushi Tajima, Hiroki Shibata, Motoyuki Ogawa, Hiroki Oota
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 東アジア特異的もやもや病リスク変異RNF213 R4810Kの拡散史の推定2018

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江、佐藤公俊、藤井清孝、隈部俊宏、間野修平、小川元之、太田博樹
    • 学会等名
      第72回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [備考] Anthropological Science「ヤポネシアゲノム特集号」に掲載された6論文のご紹介

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2021/7305/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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