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量子化学計算とプローブ分子を用いた分子相互作用場の算出と構造活性相関への応用研究

研究課題

研究課題/領域番号 18K14887
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分47020:薬系分析および物理化学関連
研究機関昭和大学

研究代表者

早川 大地  昭和大学, 薬学部, 講師 (20761141)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2019年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2018年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
キーワード分子相互作用場 / ハロゲン結合 / 弱い水素結合 / インシリコ創薬 / 構造活性相関 / 分子モデル / 分子力場関数 / 分子間相互作用 / ポテンシャル関数 / 分子力学 / 非典型非共有結合 / 量子化学計算 / インシリコ装薬 / in silico 創薬
研究成果の概要

分子相互作用場(Molecular interaction field: MIF)は、対象とする化合物の周囲に形成される相互作用を記述する三次元的なポテンシャルマップである。MIFは定量的構造活性相関モデル構築の際の記述子に用いられるなど、インシリコ創薬における重要な概念の一つである。近年、構造ベースの薬物設計において、ハロゲン結合や弱い水素結合などの分子間相互作用(非典型相互作用)の重要性が高まっている。本研究では、量子化学計算とprobe分子を用いて、非典型相互作用を記述可能なMIF計算法を開発した。加えて、MIF計算の高速化を目指し、ハロゲン結合を評価可能な新規分子モデルを考案した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

非典型分子間相互作用を記述可能なMIF計算法が確立されたことにより、構造活性相関研究において、非典型相互作用を考慮することが可能となった。これによって、コンピュータを用いて薬物分子をスクリーニングしたり設計したりする際に、従来法では取りこぼしてしまっていた化合物も適切に評価できる可能性がある。従来の化合物デザインでは、主に水素結合やイオン結合を形成する官能基を付加することを考慮していた。本手法によって、ハロゲン結合や弱い水素結合を形成するような官能基の付加も含めてデザインできるため、より多様な分子設計が可能になると期待される。新薬開発を後押しする新規手法としての活用が期待される。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Unpolarizable molecular model describing electron distribution for treating halogen bonds2021

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa Daichi、Watanabe Yurie、Gouda Hiroaki
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 779 ページ: 138824-138824

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2021.138824

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A molecular interaction field describing nonconventional intermolecular interactions and its application to protein-ligand interaction prediction2020

    • 著者名/発表者名
      Daichi Hayakawa, Nahoko Sawada, Yurie Watanabe, Hiroaki Gouda
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Graphics and Modelling

      巻: 96 ページ: 107515-107515

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2019.107515

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 電荷分布を明示的に記述する分子モデル構築のための電子密度フィッティング法2021

    • 著者名/発表者名
      早川大地
    • 学会等名
      第49回構造活性相関シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Probe-based QM modelingによるタンパク質/リガンド相互作用計算法の検証2020

    • 著者名/発表者名
      早川大地、渡邉友里江、合田浩明
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質-リガンド相互作用解析のためのprobe-based QM modeling 法2019

    • 著者名/発表者名
      早川大地、合田浩明
    • 学会等名
      第63回日本薬学会関東支部大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 高精度タンパク質-リガンド相互作用解析を目指したprobe-based QM modeling法の考案と検証2019

    • 著者名/発表者名
      早川大地、渡邉友里江、合田浩明
    • 学会等名
      第47回構造活性相関シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 薬学に関連した生体高分子のin silico解析2019

    • 著者名/発表者名
      早川大地
    • 学会等名
      日本薬学会東海支部特別講演会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Non-conventional 相互作用を記述可能な分子相互作用場計算法の構築とタンパク質-リガンド相互作用解析への応用2019

    • 著者名/発表者名
      早川大地、渡邉友里江、合田浩明
    • 学会等名
      日本薬学会第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 量子化学計算とプローブ分子に基づいた分子相互作用場の算出とタンパク質-リガンド相互作用解析への応用2018

    • 著者名/発表者名
      早川大地、渡邉友里江、合田浩明
    • 学会等名
      第46回構造活性相関シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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