| 研究課題/領域番号 |
18K15783
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分53010:消化器内科学関連
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| 研究機関 | 岡山大学 |
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研究代表者 |
松下 浩志 岡山大学, 医学部, 客員研究員 (20786107)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
中途終了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2020年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | シングルセルRNAseq / 細菌叢解析 / 膵臓癌 / シングルセルRNAシークエンス / リキッドバイオプシー |
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| 研究実績の概要 |
膵癌の超音波内視鏡下針生検(EUS-FNA)材料を用いたsingle cell RNAseqを試みたが、近年、膵癌診断目的のEUS-FNAは25G針を用いる頻度が増加し、当初本研究に使用可能な検体量を確保することが困難であった。経過で切除不能膵癌患者に対する抗PD-1抗体薬使用が、microsatellite instability highの患者で使用可能となり、ある程度の組織量確保が可能となった。その後single cell化を試みたが難渋した。マウス肝細胞と同様にCollagenase type IV, DNase Iを使用してのsingle cell化を試みたが、線維芽細胞やextracellular matrixが多いためか、十分なsingle cell化が不能であった。次いでpancreatic stellate cellのisolationで用いられるCollagenase Pなどを使用、他膵島細胞のisolation方法を試したが、cell viabilityが頻回に50%を切り、回収可能な細胞数が5000を切るなど、安定したsingle cell化、十分な細胞数を確保するためのプロトコールを確立することができず、single cell RNA seqは断念した。EUS-FNA検体(組織以外の穿刺針内容物)を用いた細菌叢解析も試したが、腸内細菌叢との鑑別が困難であり、診断・予後予測に有用な結果を得ることができなかった。
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