多剤耐性淋菌のゲノム解読に基づくサーベイランスと進化・伝播の解析

• 研究課題/領域番号: 18K17406
• 研究種目: 若手研究
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 小区分58030:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含まない
• 研究機関: 国立感染症研究所
• 研究代表者: 矢原 耕史 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 室長 (70542356)
• 研究期間 (年度): 2018-04-01 – 2024-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2022年度)
• 配分額: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2021年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2019年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2018年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
• キーワード: 淋菌 / 薬剤耐性 / サーベイランス / MIC / セフトリアキソン / 疫学 / 細菌検査 / ディスク法 / 進化 / 組換え / ゲノム / 系統 / 細菌 / ゲノム疫学

研究実績の概要

2022年度を通じて、民間検査センターに御協力を頂き、セフトリアキソンのMICが0.5μg/mLを示す株のスクリーニングを実施した。セフトリアキソンの阻止円直径が≦39mmで、かつセフィキシムの阻止円直径が≦23mmかどうかのスクリーニングを、同検査センターで日常細菌検査の対象であった合計311株について実施した。その結果、陽性株は1つも検出されず、セフトリアキソンのMICが0.5μg/mLを示す株は、現在の日本で拡散したり散見される状況ではないことが明らかになった。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初計画していた以上の研究成果を既に一昨年度までに国際誌に発表し、残りの研究期間で、セフトリアキソンのMICが0.5μg/mLを示す株のスクリーニングを継続実施できた。

今後の研究の推進方策

セフトリアキソンのMICが0.5μg/mLを示す株のスクリーニングを継続し、来年度で本研究を終了とする。

研究成果

• [国際共同研究] ハーバード大学(米国)
• [国際共同研究] オックスフォード大学(英国)
• [国際共同研究] ハーバード大学(米国)
• [国際共同研究] オックスフォード大学(英国)
• [国際共同研究] 国立公衆衛生研究所(ノルウェー)
• [国際共同研究] Imperial College London(英国)
• [雑誌論文] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes and mutations in Neisseria gonorrhoeae (2021)
  • 著者名/発表者名: Yahara Koji、Ma Kevin C.、Mortimer Tatum D.、Shimuta Ken、Nakayama Shu-ichi、Hirabayashi Aki、Suzuki Masato、Jinnai Michio、Ohya Hitomi、Kuroki Toshiro、Watanabe Yuko、Yasuda Mitsuru、Deguchi Takashi、Eldholm Vegard、Harrison Odile B.、Maiden Martin C. J.、Grad Yonatan H.、Ohnishi Makoto
  • 雑誌名: Genome Medicine 巻: 13 号: 1 ページ: 1-12
  • DOI: 10.1186/s13073-021-00860-8
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genomic surveillance of Neisseria gonorrhoeae to investigate the distribution and evolution of antimicrobial-resistance determinants and lineages (2018)
  • 著者名/発表者名: Yahara Koji、Nakayama Shu-ichi、Shimuta Ken、Lee Ken-ichi、Morita Masatomo、Kawahata Takuya、Kuroki Toshiro、Watanabe Yuko、Ohya Hitomi、Yasuda Mitsuru、Deguchi Takashi、Didelot Xavier、Ohnishi Makoto
  • 雑誌名: Microbial Genomics 巻: 4 号: 8 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1099/mgen.0.000205
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes and mutations in Neisseria gonorrhoeae (2022)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: NgoRS
  • 国際学会
• [学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes in Neisseria gonorrhoeae (2022)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会
• [学会発表] Emergence and evolution of antimicrobial resistance genes in Neisseria gonorrhoeae (2022)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: 日本細菌学会
• [学会発表] Emergence and evolution of cephalosporin-resistance genes and fluoroquinolone-resistance mutations spreading worldwide in Neisseria gonorrhoeae (2020)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Kevin C. Ma, Tatum D. Mortimer, Ken Shimuta, Shu-ichi Nakayama, Aki Hirabayashi, Masato Suzuki, Michio Jinnai, Hitomi Ohya, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Vegard Eldholm, Odile B. Harrison, Martin C. J. Maiden, Yonatan H. Grad, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: Wellcome Trust Conference "Antimicrobial Resistance - Genomes, Big Data and Emerging Technologies 2020
  • 国際学会
• [学会発表] Population genomic studies of microbial recombination, phylogeny, and population structure (2019)
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史
  • 学会等名: ゲノム微生物学会
  • 招待講演
• [学会発表] 種内・近縁種間での遺伝情報の水平移動 - ウイルスと薬剤耐性菌を例に - (2018)
  • 著者名/発表者名: 矢原耕史
  • 学会等名: 遺伝研・研究集会「自然界の生物種間における遺伝情報の多様性をもたらす"DNA水平伝播"の解析と活用法」
• [学会発表] Genomic surveillance of Neisseria gonorrhoeae to investigate the distribution and evolution of antimicrobial-resistance determinants and lineages (2018)
  • 著者名/発表者名: Koji Yahara, Shu-ichi Nakayama, Ken Shimuta, Ken-ichi Lee, Masatomo Morita, Takuya Kawahata, Toshiro Kuroki, Yuko Watanabe, Hitomi Ohya, Mitsuru Yasuda, Takashi Deguchi, Xavier Didelot, Makoto Ohnishi
  • 学会等名: 薬剤耐性菌研究会