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がんのエコシステム攻略に向けたブール関数上における統計的モデリング手法の構築

研究課題

研究課題/領域番号 18K18151
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関名古屋大学

研究代表者

松井 佑介  名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワードがんサブクローン進化 / Cancer hallmark / タンパク質複合体 / 共発現変動 / 擬似時間推定 / 次元縮小法 / 共発現変動解析 / コピュラ / がん / がんの進化 / 多領域シークエンシグ / プロテオゲノム解析 / 生命情報学 / バイオインフォマティクス / 不均一性 / 統計科学 / がん進化 / 生体生命情報学
研究成果の概要

がんの複雑なエコシステム攻略に向けて主に二つのアルゴリズム開発を行った。一つはパスウェイレベルにおけるがん進化構造の推定アルゴリズムの開発、もう一つはタンパク質複合体の脱制御を引き起こす原因タンパク質の予測アルゴリズムおよび変異効果の推定アプローチである。これらを実際の大規模がんオミクスのコホートデータに適用して有用性を確認した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

がんの進展に関わる複雑な生物学的現象を数理的にモデリングしていくことで、網羅的な解析のみでは理解できないがんシステムの複雑性を理解でき、がんのフェノタイプを規定する原因同定や薬剤候補スクリーニングへの応用が期待できる。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2022 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Meta-analysis integrated with multi-omics data analysis to elucidate pathogenic mechanisms of age-related knee osteoarthritis in mice2022

    • 著者名/発表者名
      Iijima Hirotaka、Gilmer Gabrielle、Wang Kai、Sivakumar Sruthi、Evans Christopher、Matsui Yusuke、Ambrosio Fabrisia
    • 雑誌名

      The Journals of Gerontology: Series A

      巻: glab386 号: 7 ページ: 1321-1334

    • DOI

      10.1093/gerona/glab386

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin.2021

    • 著者名/発表者名
      Shimizu D, Taniue K, Matsui Y, Haeno H, Araki H, Miura F, Fukunaga M, Shiraishi K, Miyamoto Y, Tsukamoto S, Komine A, Kobayashi Y, Kitagawa A, Yoshikawa Y, Sato K, Saito T, Ito S, Masuda T, Niida A, Suzuki M, Baba H, Ito T, Akimitsu N, Kodera Y, Mimori K.
    • 雑誌名

      Cancer Gene Ther.

      巻: Epub 号: 5 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1038/s41417-021-00401-w

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Increased BUB1B/BUBR1 expression contributes to aberrant DNA repair activity leading to resistance to DNA-damaging agents2021

    • 著者名/発表者名
      Komura Kazumasa、Inamoto Teruo、Tsujino Takuya、Matsui Yusuke et al.
    • 雑誌名

      Oncogene

      巻: 40 号: 43 ページ: 6210-6222

    • DOI

      10.1038/s41388-021-02021-y

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] RoDiCE: robust differential protein co-expression analysis for cancer complexome2021

    • 著者名/発表者名
      Matsui Yusuke、Abe Yuichi、Uno Kohei、Miyano Satoru
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: 5 ページ: 1269-1276

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab612

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pre-stimulus alpha oscillation and post-stimulus cortical activity differ in localization between consciously perceived and missed near-threshold somatosensory stimuli2021

    • 著者名/発表者名
      Uemura Jun-ichi, Hoshino Aiko, Igarashi Go, Matsui Yusuke, Chishima Makoto, Hoshiyama Minoru
    • 雑誌名

      EUROPEAN JOURNAL OF NEUROSCIENCE

      巻: 54 号: 4 ページ: 5518-5530

    • DOI

      10.1111/ejn.15388

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Meta-analysis and multi-omics to elucidate pathogenic mechanisms of age-related knee osteoarthritis2021

    • 著者名/発表者名
      Iijima Hirotaka、Gilmer Gabrielle、Wang Kai、Sivakumar Sruthi、Evans Christopher、Matsui Yusuke、Ambrosio Fabrisia
    • 雑誌名

      bioRxive

      巻: 0 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1101/2021.05.06.442993

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] RoDiCE: Robust differential protein co-expression analysis for cancer complexome2020

    • 著者名/発表者名
      Matsui Yusuke、Abe Yuichi、Uno Kohei、Miyano Satoru
    • 雑誌名

      bioRxive

      巻: 0 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1101/2020.12.22.423973

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-Wild-Type Diffuse Astrocytic Gliomas2019

    • 著者名/発表者名
      Ohka Fumiharu、Shinjo Keiko、Deguchi Shoichi、Matsui Yusuke et al.
    • 雑誌名

      Cancer Research

      巻: 79 号: 19 ページ: 4814-4827

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-19-1272

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A Network of Networks Approach for Modeling Interconnected Brain Tissue-Specific Networks.2019

    • 著者名/発表者名
      Kawakubo H, Matsui Y, Kushima I, Ozaki N, Shimamura T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: - 号: 17 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz032

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tumor subclonal progression model for cancer hallmark acquisition2019

    • 著者名/発表者名
      Matsu Y, Miyano S, Shimamura T
    • 雑誌名

      LNBI

      巻: 10834 ページ: 115-123

    • DOI

      10.1007/978-3-030-14160-8_12

    • ISBN
      9783030141592, 9783030141608
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] GIMLET: Identifying biological modulators in context-specific gene regulation using local energy statistics2019

    • 著者名/発表者名
      Shimamura T, Matsui Y, Kajino T, Ito S, Takahashi T, Miyano S
    • 雑誌名

      LNBI

      巻: 10834 ページ: 124-137

    • DOI

      10.1007/978-3-030-14160-8_13

    • ISBN
      9783030141592, 9783030141608
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of Cardiomyocyte-Fated Progenitors from Human-Induced Pluripotent Stem Cells Marked with CD822018

    • 著者名/発表者名
      Takeda Masafumi、Kanki Yasuharu、Masumoto Hidetoshi、Funakoshi Shunsuke、Hatani Takeshi、Fukushima Hiroyuki、Izumi-Taguchi Akashi、Matsui Yusuke、Shimamura Teppei、Yoshida Yoshinori、Yamashita Jun K.
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 22 号: 2 ページ: 546-556

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2017.12.057

    • NAID

      120006460050

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] DX時代における理学療法学 - データ科学との融合へ向けて -2021

    • 著者名/発表者名
      松井佑介
    • 学会等名
      第26回日本基礎理学療法学会学術大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大規模プロテオゲノミクスにおける数理解析アプローチ - cancer complexomeを例として –2021

    • 著者名/発表者名
      松井佑介
    • 学会等名
      第72回日本電気泳動学会総会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 個々のゲノム情報を考慮した変異ペプチドに基づく異常タンパク質の同定方法とアルツハイマー病への応用2021

    • 著者名/発表者名
      都築凛華、宇野光平、松井佑介
    • 学会等名
      2021年度日本分類学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病サブタイプにおけるデータ駆動型アプローチによる空間的バイオマーカー分布構造の検討2021

    • 著者名/発表者名
      山村柊平、宇野光平、松井佑介
    • 学会等名
      第26回日本基礎理学療法学会学術大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病の潜在的病態進行度を推定するための機械学習アプローチの検討2021

    • 著者名/発表者名
      林勇作、宇野光平、松井佑介
    • 学会等名
      第26回日本基礎理学療法学会学術大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Toward Achieving Precision Health Driven by Biomedical Informatics with Data Science2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Matsui
    • 学会等名
      Data Science, Statistics and Visualization 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 確率生成モデルを用いたRNA-seqデータの解析2019

    • 著者名/発表者名
      松井佑介
    • 学会等名
      統計関連学会連合大会2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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