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生物分子マシンの作動原理を理解する:共振現象による計測と制御

研究課題

研究課題/領域番号 18K18731
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分13:物性物理学およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

今清水 正彦  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (90465930)

研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2020年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2019年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2018年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードテラヘルツ波 / 酵素反応正確性 / RNAポリメラーゼ / 生物ナノマシン / 熱ゆらぎ / 水和 / 不均質性 / 誘電緩和 / 非熱的効果 / テラヘルツ / 転写複合体 / 熱揺らぎ / ハイスループットDNAシーケンシング / ハイスループットシーケンシング / resonance
研究成果の概要

酵素反応が熱揺らぎと同程度の低いエネルギーで極めて正確に行われる原理は、明らかにされていない。本研究では、物理化学的解析が進んだポリメラーゼ反応をモデルとし、室温の熱エネルギー以下のエネルギーを持つテラヘルツ(THz)波を、酵素反応への摂動として利用した新手法を開発した。そして、特定波長のTHz波照射が温度上昇とは質的に反対の作用をポリメラーゼ反応に及ぼし、その反応を正確にするという新しい現象を見出した。また、水溶液中のタンパク質運動へのTHz波照射作用を溶液NMR法により原子レベルで観測する方法を開発し、熱とは質的に異なるプロトン交換へのTHz励起作用を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生物の分子機能を考える上で、多くの場合、水分子の熱運動は均質なものとして捉えられてきた。しかし、生体高分子表面の水分子集団の熱運動は、均質ではない。生体高分子の特性を反映した形で不均質になる。その不均質性は、熱運動を利用しながら正確な分子機能を生み出す酵素反応機構と深く関わっている。不均質性の微視的詳細を明らかにし、それを生物学的理解に結びつける新しいアプローチが必要になる。本研究は、生体試料にTHz波を照射し、その応答を構造ダイナミクス・化学反応など複数の指標で調べるアプローチを構築した。水運動の不均質性を加味した形で正確な酵素反応機構の記述を深め、今後のTHz波制御の可能性を明確にした。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Nonthermal excitation effects mediated by subterahertz radiation on hydrogen exchange in ubiquitin2021

    • 著者名/発表者名
      Tokunaga Yuji、Tanaka Masahito、Iida Hitoshi、Kinoshita Moto、Tojima Yuya、Takeuchi Koh、Imashimizu Masahiko
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 120 号: 12 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.04.013

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gre factors prevent thermal and mechanical stresses induced by terahertz irradiation during transcription2020

    • 著者名/発表者名
      Imashimizu Masahiko、Tanaka Masahito、Hoshina Hiromichi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 26 号: 2 ページ: 56-64

    • DOI

      10.1111/gtc.12822

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Control of Transcription Initiation by Biased Thermal Fluctuations on Repetitive Genomic Sequences2020

    • 著者名/発表者名
      Imashimizu Masahiko、Tokunaga Yuji、Afek Ariel、Takahashi Hiroki、Shimamoto Nobuo、Lukatsky David B.
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 10 号: 9 ページ: 1299-1299

    • DOI

      10.3390/biom10091299

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The role of pyrophosphorolysis in the initiation-to-elongation transition by E. coli RNA polymerase2019

    • 著者名/発表者名
      Masahiko Imashimizu, Maria L. Kireeva, Lucyna Lubkowska, Mikhail Kashlev and NobuoShimamoto
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: - 号: 14 ページ: 2528-2542

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2019.04.020

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] テラバイオロジーとテラバイオテクノロジーの創出2020

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、田中 真人、杉山 順一、保科宏道、竹内 恒
    • 学会等名
      超異分野学会 関西フォーラム 2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝情報とDNAの物性をつなげる:DNAと水の水素結合ダイナミクスから見た転写調節機能2020

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、徳永 裕二 、田中 真人、 高橋弘喜
    • 学会等名
      第92回日本遺伝学会(現地開催中止)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Efects of Nonthermal Excitation Mediated by Terahertz Radiation on Biomolecular Dynamics and Reactions2020

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、徳永 裕二、竹内 恒、田中 真人、保科宏道、山口裕資
    • 学会等名
      The 8th International Workshop on Far-Infrared Technologies (IW-FIRT2021)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] テラバイオロジー:テラヘルツ領域の分子運動から生物機能を理解する2020

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、徳永 裕二、田中 真人、竹内 恒、保科宏道
    • 学会等名
      第10回 超異分野 学会 本大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Terahertz radiation and temperature increase: Opposite effect on transcription by RNA polymerase2019

    • 著者名/発表者名
      今清水正彦, 田中真人, 杉山順一、保科宏道, 竹内恒
    • 学会等名
      9th ILANIT/FISEB Conference
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 反復DNA配列にコードされた生物の熱揺らぎ利用戦略:転写調節の統計的解釈によって見えてきたこと。2019

    • 著者名/発表者名
      今清水正彦, 高橋弘喜, David B. Lukatsky
    • 学会等名
      第91回日本遺伝学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Terahertz wave irradiation and temperature increase differently affect transcription by RNA polymerase.2019

    • 著者名/発表者名
      今清水正彦, 田中真人, 保科宏道, 竹内恒
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] テラヘルツ光照射が生化学反応に及ぼす影響:転写をモデルとした研究2019

    • 著者名/発表者名
      今清水正彦, 田中真人, 田上 俊輔, 保科宏道, 竹内恒
    • 学会等名
      第13回日本電磁波エネルギー応用学会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Understanding of biomolecular functions that utilize thermal fluctuations.2019

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦
    • 学会等名
      Mini-Symposium "Biophysics of Genome",Ben-Gurion University of the Negev
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Terabiology: Understanding of biomolecular functions that utilize thermal fluctuations in the terahertz region.2019

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、田中 真人、保科宏道、竹内 恒
    • 学会等名
      The 84th Annual Meeting of the Israel Chemical Society
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 遺伝子発現のテラバイオロジー:テラヘルツ領域のゆらぎ運動から遺伝子発現の分子機能を理解する。2019

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、田中 真人、保科宏道、竹内 恒
    • 学会等名
      第13回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] テラバイオロジー:テラヘルツ領域のゆらぎ運動から生物機能を理解する。2018

    • 著者名/発表者名
      今清水 正彦、田中 真人、保科宏道、竹内 恒
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-07-25   更新日: 2022-01-27  

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